转录组测序结题报告

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1、今年以来我们在上级党组织的领导和区精神文明办的关心支持指导下坚持以邓小平理论和三个代表重要思想为指导认真落实科学发展观转录组测序结题报告篇一：转录组测序问题集锦　　转录组测序问题集锦　　转录组是某个物种或者特定细胞类型产生的所有转录本的集合，转录组测序(RNA-seq)是最近发展起来的利用深度测序技术进行转录分析的方法,可以对全转录组进行系统的研究。　　RocheGSFLXTitanium、IlluminaSolexaGAIIx和ABSOLID4均可以对转录组进行测序，RocheGSFLXTitanium与IlluminaSolexaGAIIx和ABS

2、OLID4相比，拥有更长的读长和较小的数据量，适用于表达量较高基因的RNA全长测序。但是对低表达丰度的基因，可能需要多次测序才能得到足够的数据，成本比较高，而IlluminaSolexaGAIIx和ABSOLID4数据读取量大，能够得到较高的覆盖率，可以较好的降低成本。若是位置基因组序列的物种，则RocheGSFLXTitanium测序更有优势，其较长的读长便于拼接，获得更好的转录本数据。　　转录组测序可以供研究者在转录本结构研究（基因边界鉴定、可变剪切研究等），转录本变异研究（如基因融合、编码区SNP研究），非编码区域功能研究（Non-codingR

3、NA研究、miRNA前体研究等），基因表达水平研究以及全新转录本发现等方面进行深入研究。紧紧围绕中心工作以创建区级文明单位活动为载体切实加强思想道德建设和企业文化建设深入开展群众性的精神文明创建活动今年以来我们在上级党组织的领导和区精神文明办的关心支持指导下坚持以邓小平理论和三个代表重要思想为指导认真落实科学发展观　　研究转录组的方法有哪些？　　目前研究转录组的方法主要三种，基于杂交技术的cDNA芯片和寡聚核苷酸芯片，基于sanger测序法的SAGE(serialanalysisofgeneexpression)、LongSAGE和MPSS(massi

4、velyparallelsignaturesequencing)，基于第二代测序技术的转录组测序，又称为RNA-Seq。　　转录组测序比其他研究方法有哪些优势?　　（1）可以直接测定每个转录本片段序列、单核苷酸分辨率的准确度，同时不存在传统微阵列杂交的荧光模拟信号带来的交叉反应和背景噪音问题；　　（2）灵敏度高，可以检测细胞中少至几个拷贝的稀有转录本；　　（3）可以对任意物种进行全基因组分析，无需预先设计特异性探针，因此无需了解物种基因信息，能够直接对任何物种进行转录组分析，同时能够检测未知基因，发现新的转录本，并准确地识别可变剪切位点及cSNP，UT

5、R区域。　　（4）检测范围广，高于6个数量级的动态检测范围，能够同时鉴定和定量稀有转录本和正常转录本。　　转录组测序有什么样的样品要求？　　（1）样品纯度要求：OD值应在1.8至2.2之间；电泳检测28S:18S至少大于　　1.8。紧紧围绕中心工作以创建区级文明单位活动为载体切实加强思想道德建设和企业文化建设深入开展群众性的精神文明创建活动今年以来我们在上级党组织的领导和区精神文明办的关心支持指导下坚持以邓小平理论和三个代表重要思想为指导认真落实科学发展观　　（2）样品浓度：totalRNA浓度不低于400ng/μg。　　（3）totalRNA样品请置

6、于-20℃保存；请提供totalRNA样品具体浓度、体积、制备时间、溶剂名称及物种来源。请同时附上QC数据，包括电泳胶图、分光光度或Nanodrop仪器检测数据。　　（4）样品请置于1.5ml管中，管上注明样品名称、浓度以及制备时间，管口使用Parafilm封口。建议使用干冰运输，并且尽量选用较快的邮递方式，以降低运输过程中样品降解的可能性。　　mRNA的纯化分离方法？　　进行mRNA研究中，首先需要对样本进行总RNA抽提，抽提得到的RNA除含有mRNA外，还含有rRNA和tRNA，为防止这两类RNA对转录组研究的影响，因此我们需要对mRNA进行分离纯

7、化。真核细胞的mRNA分子最显著的结构特征是具有5’端帽子结构（m7G）和3’端的Poly(A)尾巴。绝大多数哺乳类动物细胞mRNA的3’端存在20-30个腺苷酸组成的Poly（A）尾，通常用Poly（A+）表示。这种结构为真核mRNA的提取，提供了极为方便的选择性标志，寡聚（dT）纤维素或寡聚（U）琼脂糖亲合层析分离纯化mRNA的理论基础就在于此。mRNA的分离方法较多，其中以寡聚（dT）-纤维素柱层析法最为有效，已成为常规方法。此法利用mRNA紧紧围绕中心工作以创建区级文明单位活动为载体切实加强思想道德建设和企业文化建设深入开展群众性的精神文明创建

8、活动今年以来我们在上级党组织的领导和区精神文明办的关心支持指导下坚持以邓小平理论和三个代表重要