同源模建评价方法

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1、同源模建评价方法评价方法立体化学RMSDPROSA程序评价Verify3D碳骨架二面角立体化学PROCHECK:对于模型中残基与残基之间的立体化学性质作出评价，用Ramachandran图表示。ERRAT：评价原子间非键相互作用的整体性质。α-碳原子的二面角在肽单位中，α-碳原子左边的N-C键是普通的单间，可以自由旋转，其旋转的角度可以用Ф表示，α-碳原子右边的的C-C键是普通的单间，也可以自由旋转，其旋转的角度可以用Ψ表示。Ф和Ψ合起来称为α-碳原子的二面角。图1氨基酸α-碳原子的二面角非键合原子之间的最小接触距离键合原子:肽链上彼此用共价键连接的

2、原子.非键合原子:肽链上彼此不用共价键连接的原子.非键合原子之间的最小接触距离α-碳原子的二面角旋转时,会带动其它原子和相应的基团一齐转动,因而使肽链上处于不同位置上的非键合原子之间的距离发生改变.这样就导致肽链构象的改变.若两个非键合原子之间的距离太小,两个原子就会产生推斥力,使距离变大.科学家Ramachandran研究了非键合原子之间的距离对构象的影响,提出了各种非键合原子之间距离不能小于某种数字,这个数字称为非键合原子之间的最小接触距离.Ramachandran图Ramachandran将二面角Φ的角度为横坐标,以Ψ的角度为纵坐标作图,所得到

3、的图形叫Ramachandran图,也叫典型构象图.Ramachandran图图2Ramachandran图评价方法RMSD:是评价最普遍的标准，它是目标蛋白与模版蛋白结构之间对应原子间的均方差。PROSA:是模型能量方面的评价，用于评价每个残基之间的相互作用是否在一个合理的范围内。Verify3D：比较模型和氨基酸一级结构的关系。