版纳微型猪近交系FANK1基因CDS克隆、qPCR表达及功能生物信息学分析

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1、版纳微型猪近交系FANK1基因CDS克隆、qPCR表达及功能生物信息学分析霍晋华张霞王配华中农业大学生命科学技术学院云南农业大学动物科学技术学院摘要：【目的】获得猪FANK1基因CDS序列、组织表达和蛋白质功能信息。【方法】以GenBank下载的猪及近缘物种的FANK1mRNA序列为参考序列，设计特异引物从版纳微型猪近交系（BMI）睾丸组织中扩增FANK1基因完全编码序列及部分侧翼序列。应用实时荧光定量PCR技术检测BMI15个重要组织的FANK1mRNA转录表达水平，并对FANK1翻译的蛋口质序列

2、进行多种功能生物信息学分析，预测FANK1蛋白质的功能，最后构建FANK1多物种氨基酸系统进化树。【结果】获得TBMIFANK1编码区序列长1041bp,编码346个氨基酸，序列己提交GenBank,基因登录号为KU705617和KU705618,对应的氨基酸登录号为A0C89035和A0C89036o基因组结构分析表明FANK1基因定位于猪14号染色体，有11个外显子和10个内含子。多组织相对荧光定量表达分析表明FANK1基因在睾丸、尿道球腺和精囊腺中呈高表达水平;在其他组织中呈中低表达水平。功能

3、生物信息学分析表明FANK1蛋白质含有2种保守结构域FN3和ANK,无跨膜螺旋结构，无N端信号肽序列，二级结构以无规卷曲为主，N末端和C末端均亲水，有4类功能活性位点。系统进化分析表明，FANK1基因在进化屮高度保守，且与牛、羊的亲缘关系最近，符合物种的系统分类学。【结论】成功克隆了版纳微型猪近交系FANK1基因的CDS序列并进行了多种组织表达分析，为后续研究FANK1基因在小型猪精细胞分裂及调节信号通路方面的作用及功能奠定基础。关键词：纤连蛋口3（FN3）;锚蛋口重复（ANK）;版纳微型猪近交系;

4、组织表达;生物信息学；作者简介：霍晋华，本科，主要从事生物技术研究，E-mail:jinhuahuo2016@163.com,作者简介：王配，博士，实验师，主要从事动物分子遗传学研究，E-mail:peipei99999@126.com。收稿日期：2017-02-24基金：国家自然科学基金项目(31660637;31460580;31660650)CDSCloning,qPCRExpressionandFunctionalBioinformaticsAnalysisofFANK1GenefromBa

5、nnaMini-pigInbredLineHUOJin-huaZHANGXiaWANGPeiFacultyofLifeScienceandTechnology,HuazhongAgriculturalUniversity;FacultyofAnimalScienceandTechnology,YunnanAgriculturalUniversity;Abstract：[Objective]InordertoobtaintheCDSsequence,tissueexpressionprofileand

6、proteinfunctioninformationofswineFANK1gene.[Methods]TheFAXK1mRNAsequencesofpigandrelatedspeciesfromGenBankwereusedasrefereneesequences,wedesignedspecificprimersandamplifiedthecodingsequencesandflankingsequenceofFANK1genefromBannamini-piginbredline(BM1)

7、testistissues.Real-timequalitativePCRwasappliedtoanalysetheFANK1geneexpressionprofilesof15importanttissues.FAXK1proteinsequencewasusedtocarryoutfunctionalbioinformaticsanalysisandconstructmultiplespeciesphylogenetictree.【ResuIts】Acodingsequenceof1041bp

8、ofBMIFANK1genewasobtainedwithGcnBankaccessionnumberKU705617andKU705618,whichencodedaproteinof346aminoacids,withGenBankaccessionnumberA0C89035andAOC89036.GenomicstructuralanalysisrevealedthattheFANK1genewaslocatedonporcinechromosome14and