蛋白酶体酶切位点预测的研究进展_生物学_自然科学_专业资料

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1、[文章编号100028861(2004)0120078203蛋白酶体酶切位点预测的硏究进展黄健游自立(电子科技大学牛命科学与技术学院，四川成都610054)［摘要］蛋白酶体负贲生成竣基末端正确的To表位或其前体。它対抗原的酶切作用，既可能产生形成又可能破坏、摧毁lc表位。目前，已经有几种基于互联网的蛋白酶体酶切位点预测工具;拟酶切”已经越來越广泛地应用于lc表位的筛选确定与疫苗硏究中。［关键词］彊白酚体;酚切基序;人工神经网络［中图分类号］R392［文献标识码］APredictionofproteasomalcleavagesHUANGJian,YDUZ21

2、i(Sch(x)l(/LifeScienceandTechnology,UniwisityrfEectmnicScienceandTechnologyifChina,Chengdu610054,China)[Abstract]Protcasonxisarcrc^onsiblcforgeneratingtheCtcnniiiiofcytotoxicTcellepitopes.ThecytotoxicTcellepitopesorcorrafpondingprogenitorscanbeproducedordestivyedbythepeptidaseactiv

3、itiesofpiuteasonie・Atpresent,thereareseveralweEbasedtoolsthacanbeusedforpredictingpiotcasoinalcleavages・MoreandmoreextensivelyisVirtualProtcasonialDigestionusedinmapingandfiltrationacytotoxicTcellepitopesandthedesignofvaccines・[Keywords]Proteasome;Cleavagemotif;Artificialneuialnehw

4、rk蛋白酶体(Protcasome)是一类具有广泛酶解活性的巨大多蛋白酗复合体，多以20S及26S形式存在于细胞质和细麗核中。蛋白酶体是众多细胞内蛋白质降解转化的回收站，影响广泛，涉及细胞周期控制转录因了激活抗原递呈

5、。養白酶体对抗原的酶切作用，既可能产牛形成又可能破坏摧毁叱表位。因此，対蛋白酗体卿切位点进行预测具有重要港义。本文对其基础方法及应用研究进展进行了综述。1蛋白酶体酶切位点预测的基础26S蛋白酶体由具有酶解活性的核匚、(20S蛋白酶体)与19S的帽状复合物装配形成；PA28等调节因子也能与20S蛋白酚体结合。20S蛋白酗体是由4个7价环共28个亚

6、单位於砂)堆疊形成的桶状复合物。其中,2个外环各由7锂亚基堆叠而成，所形成的2个空腔控制着底物的进出；2个内环分别由7个0亚基堆蓉形成，它们组成一个空腔，空腔内侧为催化活性位点所在。2个内环的01亚基禺亚荃、烧亚基具有蛋白水解酶活性，活性位点为上述亚基氨墓端的苏氨酸e。烧亚基主要与蛋白酶体的糜蛋白酶样活性有关,能够识别蛋白质或多肽底物中大的疏水性氨墓酸残基，并切断该残［收稿日期］2003-06-26;［修回日期］2003-09-27［基金项目］电子科技大学弓I进人才科硏启动基金资助项目(W2002010901001)［作者简介］黄健(1973・)，男，四川成

7、都市人,副教授，博士，主要从事免疫信息学的硏究。Tel:(028)83200461;E2mai1:lij@ucstc.cdu.cn墓后的肽键。炀亚基主要与蛋白酶体的胰蛋白酶样活性有关，能够识别蛋白质或多肽底物中的碱性氨基酸残基，并切断该残基后的肽键询亚基主要与蛋白酶体的P3H(肽2谷氨醮2肽水解活性)样蛋白水解愉舌性有关，能够识别蛋白质或多肽底物中的酸性氨基酸残基,并切断该残基石的肽键。」••述'II邃的活性位点并非各行其事。硏究发现:多肽底物匀糜蛋白酚样位点结合吋，另2个位点的活性增迎;而当肽与另外2个位点结合时，糜蛋白酶样位点的活性下降，提示底物般先由

8、糜蛋白酶样活性位点切剧，接着再由其它位点切割，直到产生足以释放的小寡肽。在脊椎动物中JFN27诱导产生/31i(LMP2);95i(LMP7)烷i(MECLl)分别置换皿烧应后形成免疫蛋白酶体。各种爰白酶体对抗原的酶切处理虽然可能直接形成lc表位，但更多时候只负责生成竣基末端正确的lc表位前体;氨基端往往还要经过内质网或胞浆内氨駄酶的进一步修剪-4。2蛋白爾体爾切位点预测的方法目前,预测蛋白酶体酶切位点的方法可分为基序法和人工神经网络2类"所谓基序，就是蛋白质一级结构所具有的•些特定序列特征。大量的硏究表明，蛋白酶体对抗原的酶切处理并不是随机的，而是有-定模

9、式和选择性的。恐大量酚切片段的统计分析表明：蛋白酚体