资源描述：
《1型鸭肝炎病毒R株全基因组分析与检测技术的研究》由会员上传分享，免费在线阅读，更多相关内容在工程资料-天天文库。
1、9期罗玉均等：1型鸭肝炎病毒R株全基因组分析与检测技术的研究28431型鸭肝炎病毒R株全基因组分析与检测技术的研究罗玉均1,2，张桂红1，陈建红2，廖明1，徐小芹1，任涛1，张济培2，罗开健1（1华南农业大学兽医学院，广州510642；2佛山科学技术学院生命科学学院，广东南海528231）摘要：【目的】测定1型鸭肝炎病毒（DHV1）毒株R全基因组，建立鸭肝炎病毒1型巢式PCR与实时荧光定量RT-PCR。【方法】设计特异性引物测定DHV1毒株R全基因组，以3D为靶基因序列的引物P1和P2，P3和P4进行巢式PCR，引物F和R进行实时荧光定量RT-PCR。【
2、结果】序列分析发现该毒株与其它GenBank上发表的DHV1毒株基因组核苷酸序列同源性为94.2%～99.2%，编码聚合蛋白氨基酸序列同源性为98%～98.8%，表明DHV1-R株与其它DHV1毒株之间病毒基因组一级结构有较高的同源性。基因组结构5′UTR-VP0-VP3-VP1-2A1-2A2-2B-2C-3A-3B-3C-3D-3′UTR在遗传进化关系上与副肠孤病毒属（Parechovirus）亲缘关系较近。参照鸭肝炎病毒1型基因序列设计特异性引物,分别进行巢式PCR和SYBRGreenⅠ实时荧光定量RT-PCR方法检测鸭肝炎病毒1型,结果表明巢式P
3、CR敏感性为6pg·ml-1。实时荧光定量RT-PCR确定特异性产物的Tm值,同时做普通RT-PCR。试验结果表明,特异性产物的Tm值为85.6℃,最低能检测到含0.015fg·μl-1阳性质粒标准品。【结论】建立的巢式PCR与SYBRGreenⅠ实时荧光定量RT-PCR检测方法显示了较好的特异性、敏感性，为鸭肝炎病毒1型的临床检测和流行情况调查提供了新的技术手段。关键词：1型鸭肝炎病毒；全基因组；巢式PCR；荧光定量RT-PCRGenomicAnalysisandEstablishmentofDiagnosticTechnologyforDuckHep
4、atitisVirusType1LUOYu-jun1,2,ZHANGGui-hong1,CHENJian-hong2,LIAOMing1,XUXiao-qin1,RENTao1,ZHANGJi-pei2,LUOKai-jian1(1CollegeofVeterinaryMedicine,SouthChinaAgriculturalUniversity,Guangdong510642;2CollegeofLifeandScience,FoshanUniversity,Nanhai528231,Guangdong)Abstract:【Objective】To
5、determinethegenomicsequenceofaduckhepatitisvirustype1(DHV-1)strainandestablishnestedPCRandreal-timePCR.【Method】Real-timequantitativepolymerasechainreaction(RTQ-PCR)assaybasedonSYBRGreenItechnologyandnestedPCRweredevelopedtotarget3DgeneofDHV-1.【Result】Comparativesequenceanalysissh
6、owedthatthegenomehasatypicalpicornarivusgeneticorganization,andstrainDHV1-Rgeneticorganizationis5′UTR-VP0-VP3-VP1-2A1-2A2-2B-2C-3A-3B-3C-3D-3′UTR,DHV1-RhasacloserealationshipwithParechovirus,DHV1-Rhas94.2%-99.2%nucleotidesequenceidentityandhas98%-98.8%aminoacididentitywithotherDH
7、V-1strains.BasedontheDHV-1sequencesinGenBank,threepairsofspecificprimersweredesignedtoamplifyDHV-1usingnestedPCRandreal-timePCR.TheresultsshowedthatsensitivityofnestedPCRis6pg·ml-1,andreal-timePCRTmvalueis85.6℃,andthedetectedlimitofpostiveplasmidis0.015fg·μl-1.【Conclusion】Allresu
8、ltsshowedthatthenestedPCRandreal-timePCR
