多位点序列分型(MLST)及其应用

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1、塑生—旦箜23鲞箜~—]DiseaseSurveillan———～ce,0ct．3，，Vol一．23,No．10DOh10．3784~．issn．1003-9961．2008．10．020·综述·多位点序列分型及其应用张少敏(综述)，徐建国(指导)摘要：多位点序列分型(muhilocussequencetyping，MLST)是一种基于核酸序列测定的细菌分型方法。这种方法通过PCR扩增多个管家基因内部片段并测定其序列，分析菌株的变异。MLST操作简单，结果能快速得到并且便于不同实验室的比较，已经用于

2、多种细菌的流行病学监测和进化研究。随着测序速度的加快和成本的降低，以及分析软件的发展，MLST逐渐成为细菌的常规分型方法。关键词：管家基因；多位点序列分型；应用中图分类号：R34文献标识码：A文章编号：1003—9961(2008)10—0648—03MultilocussequencetypinganditsapplicationZHANGShao—min，XUJian—guo．InstituteofCommunicableDiseaseControlandPrevention，ChineseCe

3、nterforDiseaseControlandPrevention，Beijing102206，ChinaCorrespondingauthor：ZHANGShao—min，Email：zhang—shaomin@163．cornAbstract：Muhilocussequencetyping(MLST)wasproposedasanucleotidesequence—basedapproachthatcouldbeappliedtomanybacterialpathogens．Itanalyze

4、dallelicvariationatmultiplehousekeepinglocibynucleotidesequencingofinternalfragments．MLSTcombineddevelopmentsinhigh—throughputsequencingandbioinformaticswithestablishedpopulationgeneticstechniquestoprovideaportable，reproducible，andscalabletypingsystemt

5、hatreflectedthepopulationandevolutionarybiologyofbacterialpathogens．Keywords：housekeepinggene；muhilocussequencetyping；apply多位点序列分型(muhilocussequencetyping，酸序列信息。因为这种基于核苷酸序列测定的方法MLST)是一种通过直接测定多个管家基因的核苷酸可以准确地记录细菌基因水平上的变异，并且核酸序序列来发现细菌变异的分型方法。它由Maiden等Ⅲ列可以

6、通过互联网方便地传递，所以MLST被用于研于1998年首次运用于脑膜炎奈瑟菌的分型，后来由究细菌的流行病学、群体生物学、致病『生和进化_11。于其结果精确并且易于传递而广泛应用于其他致病1MLST方案设计菌、真菌以及一些非致病菌。MLST由多位点酶电泳(muhilocusenzymeelectrophoresis，MLEE)方法发展1．1菌株的选择为了尽量反映细菌的多态性，即而来，后者根据多种代谢相关酶的电泳迁移率的不涵盖尽量多的信息，一般根据已有的分型方法和流同来描述它们的变异，MLST则通过直接

7、测定表达行病学资料，选择100株左右具有代表性的菌株作这些酶的管家基因的核苷酸序列来发现它们基因水为分析对象。理论上，这些选定的菌株要代表所研究平上的不同。MLST方法一般测定610个管家基因细菌的群体，而不是仅仅包含那些对人致病的克3】。内部400～600bp片段的核苷酸序列，每个位点的序1．2管家基因的确定全基因组序列的测定大大列根据其发现的时间顺序赋予一个等位基因编号，方便了MLST位点的选择，一般选择l0到20株菌每一株菌的等位基因编号按照指定的顺序排列就是评价l0到15个备选位点_2l。M

8、LST最早应用于脑膜它的等位基因谱，也即是这株菌的sT(sequence炎奈瑟菌就是从11个备选基因中选出6个基因[1]，后type)。这样得到的每个ST均代表一组单独的核苷来出于流行病学原因增加一个位点(fumC)。以后的大多数MLST方案都采用7个位点进行后续实验和作者单位：传染病预防控制国家重点实验室中国疾病预防控制中心分析。如果需要提高分辨力，可以加入那些非保守的传染病预防控制所，北京102206基因，例如表面抗原基因或者毒力基因_5_，这样比增作者简介：张少