《生物分子数据库》PPT课件

《《生物分子数据库》PPT课件》由会员上传分享，免费在线阅读，更多相关内容在教育资源-天天文库。

1、第二章生物分子数据库第一节引言生物分子数据高速增长分子生物学及相关领域研究人员迅速获得最新实验数据建立生物分子数据库数据库记录(entry,item)通常包括两部分原始数据(序列组成等)对这些数据进行的生物学意义的注释一个数据库通常链接了多个相关数据库核苷酸数据库－水稻抗病相关基因OsDR8DQ176424Taxonomy数据库Pubmed数据库NCBI-Protein数据库其他数据库Cross-Reference生物分子数据库分类一级数据库（有冗余）数据库中的数据直接来源于实验获得的原始数据，只经过简单的归类整理和注释二级数据库（专业数据库）对原始生物分子数

2、据进行整理、分类的结果，是在一级数据库、实验数据和理论分析的基础上针对特定的应用目标而建立的常用的生物分子数据库三大核酸序列数据库：Genbank、EMBL、DDBJ特殊类型的核酸序列数据库：非编码RNA数据库（ncRNA）、表达序列标签数据库（dbEST）、miRNA、tRNAdb蛋白质序列数据库：PIR、SWIS-PROT、MIPS核酸和蛋白质三维结构数据库：核苷酸三维结构数据库（NDB）、普纳大学核酸结构数据库（BNASDB）、蛋白质结构数据库（PDB,MMDB）基因组相关数据库：人类基因组数据库（HGD）、基因组序列数据库（GSDB）、基因组在线数据库

3、（GOLD）基因表达数据库:基因表达库（GEO）、斯坦福微阵列数据库（SMD）、ArrayExpress第二节核酸序列数据库国际上权威的核酸序列数据库（1）欧洲分子生物学实验室的EMBLhttp://www.embl-heidelberg.de（2）美国生物技术信息中心的GenBankhttp://www.ncbi.nlm.nih.gov/Web/Genbank/index.html（3）日本遗传研究所的DDBJhttp://www.ddbj.nig.ac.jp/信息资源共享，以天为基础进行数据库之间的序列数据交换，三个数据库中的数据基本一致，仅在数据格式上有

4、所差别属于国际合作项目，这三个几乎一致的数据库称为国际核酸序列数据库（INSD）这三个数据库是综合性的DNA和RNA序列数据库，每条记录代表一个单独、连续、附有注释的DNA或RNA片段GenBank由美国国家医学图书馆的国家生物技术信息中心(NCBI)构建、维护和管理,NCBI位于美国马里兰国家健康研究所（NIH）。GenBank数据库的序列数据来源于序列发现者提交的序列、批量提交的表达序列标签（expressedsequencetag,EST）基因组测序序列（genomesurveysequence,GSS）和其他测序中心提供的高通量数据，还包括美国专利商标

5、局提供的已发表专利的序列数据。一、NCBI简介/GenBank数据库GenBank（http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/）数据库包含30万余种不同物种生物的核酸序列，这些数据主要来源于全世界不同实验室和大规模测序计划项目大约12％来源于Homosapiens排列前6的物种：Homosapiens、Musmusculus、Rattusnorvegicus、Bostaurus、Zeamays、Daniorerio(zebrafish)GenBank核酸序列格式Locusname（位点名,座位名，同Accession）每条序列有三

6、种专有标识符（identifier）和一个版本号GenInfoidentifier（GI）/NucleotideID（NID）Accessionnumber（登陆号，流水号，编号，注册号）10位字符属名第一字母＋种名第一字母＋6位字符的注册号2个字母＋6个阿拉伯数字（presentform）Version（与登录号相同，后面有数字1,2,3…）Note：序列发生变化时，GI号改变，登录号不改变，但是版本号会发生改变GenBank核酸序列检索NCBI检索首页检索窗口的数据库选项下拉菜单Entrez集成检索系统检索栏（for）输入“IL-2human”Entrez

7、Gene检索结果摘要格式显示页面EntrezGene全文报告页面（前部分）EntrezGene全文报告页面（后部分）GenBank核酸序列提交欧洲生物信息学研究所（EBI），是欧洲分子生物学实验室（EMBL）的一部分，EMBL-EBIEMBL-EBI的许多数据库是生物学家们熟知的，包括：EMBL-Bank（DNA和RNA序列）、Ensemble（基因组）、ArrayExpress（基于微阵列的基因表达数据）、UniProt（蛋白质序列）、InterPro（蛋白家族、域和基序）、Reactome（传导通路）和ChEBI（小分子），新的资源帮助研究者不仅了解构成生

8、物体的分子部件，还了解这些部件是如何组