生物分子数据库1

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1、生物信息学第二章分子生物信息数据库7/16/20211生物信息学第一节分子生物信息数据库第二节核酸与蛋白质序列格式转换简介7/16/20212生物信息学第一节、分子生物信息数据库一、分子生物信息数据库简介二、各大类主要数据库介绍7/16/20213生物信息学一、分子生物信息数据库简介生物分子数据高速增长分子生物学及相关领域研究人员迅速获得最新实验数据建立生物分子数据库7/16/20214生物信息学一、分子生物信息数据库简介生物分子数据库应满足5个方面的主要需求（1）时间性（2）注释（3）支撑数据（4）数据质量（5）

2、集成性7/16/20215生物信息学一、分子生物信息数据库简介生物分子数据库几个明显的特征：（1）数据库的更新速度不断加快，数据量呈指数增长趋势；（2）数据库使用频率增长更快，接近500％；（3）数据库的复杂程度不断增加；（4）数据库网络化；（5）面向应用；（6）先进的软硬件配置。7/16/20216生物信息学一、分子生物信息数据库简介7/16/20217生物信息学二、各大类主要数据库介绍基因组数据库核酸序列数据库蛋白质序列数据库蛋白质结构数据库蛋白质结构分类数据库功能数据库生物信息学数据库导航系统7/16/20218

3、生物信息学二、各大类主要数据库介绍基因组数据库基因组数据库的主体是模式生物基因组数据库，其中主要有世界各国人类基因组研究中心，测序中心构建的各种人类的基因组数据库。还有模式生物基因组数据库，如小鼠、线虫、果蝇、酵母等。一些动物与植物基因组数据库也纷纷上网。基因组信息资源除了基因组本身信息外，还包括染色体、基因突变、遗传疾病、分类学、比较基因组、基因的调控与表达、放射杂交、基因图谱等各种数据库7/16/20219生物信息学二、各大类主要数据库介绍基因组数据库（一）GDBTheGDBHumanGenomeDatabaseh

4、ttp://www.gdb.org/于1990年由美国JOHNSHOPKINS大学建立，现在由加拿大儿童医院生物信息学中心负责管理。基因组数据库(GDB)为人类基因组计划(HGP)保存和处理基因组图谱数据。GDB的目标是构建关于人类基因组的百科全书，除了构建基因组图谱之外，还开发了描述序列水平的基因组内容的方法，包括序列变异和其它对功能和表型的描述7/16/202110生物信息学二、各大类主要数据库介绍基因组数据库（一）GDBTheGDBHumanGenomeDatabasehttp://www.gdb.org/目前G

5、DB中有：人类基因组区域(包括基因、克隆、amplimersPCR标记、断点breakpoints、细胞遗传标记cytogeneticmarkers、易碎位点fragilesites、EST序列、综合区域syndromicregions、contigs和重复序列)；人类基因组图谱(包括细胞遗传图谱、连接图谱、放射性杂交图谱、contentcontig图谱和综合图谱等)；人类基因组内的变异(包括突变和多态性，加上等位基因频率数据)。7/16/202111生物信息学二、各大类主要数据库介绍基因组数据库7/16/202112

6、生物信息学二、各大类主要数据库介绍基因组数据库7/16/202113生物信息学二、各大类主要数据库介绍基因组数据库7/16/202114生物信息学二、各大类主要数据库介绍基因组数据库（二）人类基因组数据库Ensemblhttp://www.ensembl.org/Ensembl试图跟踪所有人类基因组的序列片段，并将序列片段组装成单个长序列，进而分析这些经过组装的DNA序列，搜索其中的基因，发现生物学家或医学工作者感兴趣的特征。Ensembl包括所有公开的基因组DNA序列，如人类基因组、小鼠和大鼠基因组等。通过注释形成的

7、关于序列的特征。基因就是一种特征，基因或者是通过实验发现的，或者是通过Ensembl的程序预测的。Ensembl所用的基因预测程序为GenScan。其他的特征包括单核苷酸多态性（SNP）、重复序列与其它序列高度相似（或同源）的序列。7/16/202115生物信息学二、各大类主要数据库介绍基因组数据库（二）人类基因组数据库Ensembl7/16/202116生物信息学二、各大类主要数据库介绍基因组数据库（二）人类基因组数据库Ensembl7/16/202118生物信息学二、各大类主要数据库介绍基因组数据库（三）其他基因组

8、数据库1、EcoGene大肠杆菌(E.coli)K-12的序列http://bmb.med.miami.edu/2、MITOMAP人类线粒体基因组http://www.mitomap.org/3、SGD酵母基因组数据库http://genome-www.stanford.edu/Saccharomyces7/16/202119生物