《多态性和分子进化》PPT课件

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1、分子进化常用方法华大基因：郑洪坤zhenghk@genomics.org.cn大纲理论背景分子进化简介物种基因组数据比较基因组学发展常用系统进化树构建方法NJ邻接法MP最大简约法ML最大似然法选择压力Ka/KsKa,Ks的概念Ka,Ks的作用和意义常用软件系统进化树构建软件列表：PhylipClustalwPAML－Codml其他选择压力ka/ks计算软件列表：PAML－yn00Kaks_calculatorK-estimator其他snp搜索软件列表：polyphredSNPdetectorBGI-Variationanalysispackage其他大纲理论背景分子进化简介物种基

2、因组数据比较基因组学发展常用系统进化树构建方法NJ邻接法MP最大简约法ML最大似然法选择压力Ka/KsKa,Ks的概念Ka,Ks的作用和意义常用软件系统进化树构建软件列表：PhylipClustalwPAML－Codml其他选择压力ka/ks计算软件列表：PAML－yn00Kaks_calculatorK-estimator其他snp搜索软件列表：polyphredSNPdetectorBGI-Variationanalysispackage其他Picturecomeform:http://www.ensembl.org/index.html物种基因组数据相关数据可以参考公共数据库

3、NCBI，UCSC或者ensembl等随着基因组数据的不断丰富，比较基因组学也在蓬勃发展。比较基因组学发展大纲理论背景分子进化简介物种基因组数据比较基因组学发展常用系统进化树构建方法NJ邻接法MP最大简约法ML最大似然法选择压力Ka/KsKa,Ks的概念Ka,Ks的作用和意义常用软件系统进化树构建软件列表：PhylipClustalwPAML－Codml其他选择压力ka/ks计算软件列表：PAML－yn00Kaks_calculatorK-estimator其他snp搜索软件列表：polyphredSNPdetectorBGI-Variationanalysispackage其他理

4、论背景之NJ邻接法(neighbourjoining)MP最大简约法(maximalparsimony)ML最大似然法(maximallikelihood)常用系统进化树构建方法NJ邻接法（neighbourjoining）是距离法中的一种，这种方法并不检验所有可能的拓朴结构，但在物种聚合时要应用最小进化原则。ACDB134652理论背景常用系统进化树构建方法之(((1,2),3),(4,(5,6)))MP最大简约法（maximalparsimony）假设4种核苷酸或者20中氨基酸可以突变为与其自身不同的任何一种，这样对于任何一个给定的拓朴结构，可以推断每个位点的祖先状态。对这一拓

5、朴结构，可以计算出用来解释整个进化过程所需核苷酸或者氨基酸的最小替代数。对所有可能正确的拓朴结构进行这种计算，并挑选出所需替代数最小的拓朴结构作为最优系统树。C1T2T3A5A6T4CTTATATTabcde理论背景常用系统进化树构建方法之在该拓朴结构下，最小的替代数是3。ML最大似然法（maximallikelihood）在ML法中，以一个特定的替代模型分析既定的一组序列数据，使所获得的每一个拓朴结构的拟自然率最大，挑选出其中拟自然率最大的拓朴结构作为最终树。1234v1v2v3v4v5v6650把每个节点变成其他节点的概率分别相乘,取概率最大的拓朴结构和枝长.理论背景常用系统进

6、化树构建方法之较好数学理论支持大纲理论背景分子进化简介物种基因组数据比较基因组学发展常用系统进化树构建方法NJ邻接法MP最大简约法ML最大似然法选择压力Ka/KsKa,Ks的概念Ka,Ks的作用和意义常用软件系统进化树构建软件列表：PhylipClustalwPAML－Codml其他选择压力ka/ks计算软件列表：PAML－yn00Kaks_calculatorK-estimator其他snp搜索软件列表：polyphredSNPdetectorBGI-Variationanalysispackage其他进化选择压力Ka/Ks理论背景之Ka,Ks的概念Ka,Ks的作用和意义SNP的

7、分类位点的分类Ka,Ks的概念TCG(Ser)ACG(Thr)CCG(Pro)GCG(Ala)TAG(stop)TTG(Leu)TGG(Trp)TCC(Ser)TCT(Ser)TCA(Ser)Phase0Phase2Phase1S0=0S1=0S2=1N0=1N1=1N2=0TCG(Ser)GCG(Ala)非同义TCG(Ser)TCA(Ser)同义理论背景进化选择压力Ka/Ks之Ks=同义突变SNP数/同义位点数Ka=非同义突变SNP数/非同义位点数同义突变SNP数=