文献 大规模平行测序法进行胎儿全染色体非整倍体的无创产前检测

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1、Non-invasiveprenataltestingoffetalwholechromosomeaneuploidybymassivelyparallelsequencing大规模平行测序法进行胎儿全染色体非整倍体的无创产前检测DeshengLiang1,WeigangLv1,HuaWang2,LiangpuXu3,JingLiu1,HaoxianLi1,LiangHu1,YingPeng1andLingqianWu1*D.Liangetal.WholechromosomeNIPTbyMPS林湖市，BectonDick

2、inson公司），按照本文所描述的操作步骤离GC)/斜率，此处NCR为经GC含量校正的NCR值，NCR为average_refrefgc心，并将血浆运到北京贝瑞和康生物技术有限公司进行DNA提取未经校正的数值，GC为测试样本的染色体GC含量，GC与大规模平行测序法进行胎儿全染色体average_ref和下游的测序分析。表S1总结了参与者的统计资料，包括其指征斜率分别为参照样本的平均GC含量以及斜率。我们计算了参照ref分类：217例样本来自血清学筛查（49.89%），84例样本来自高龄数据组的NCR均值（μ）和标准偏差（

3、δ）。j样本的i号染色体gcrefref非整倍体的无创产前检测产妇（19.31%），67例样本来自超声波异常，4例样本来自非整倍（i可以是24种染色体中除14号染色体和Y染色体外的任何一种）体妊娠史，还有64例样本是来自具有多重指征的患者。除1例样本的Z值由以下公式计算得出：Z=(x-μ)/δ，此处x为j样本的i号ijijrefrefij为孕11周外，其余样本的孕周范围为15~39周。其中174位参与者染色体的NCR值。对于14号染色体和Y染色体，计算Z值时没有gc为15+0~20+6孕周，260位为21+0~39+6孕

4、周。胎儿细胞的染色体核型针对GC含量做校正。对于任何一个男性胎儿j样本，胎儿DNA的百分析由湖南省妇幼保健院、湘雅医院和福建省妇幼保健院的相应分比基于以下公式估算得出：2*(1-x)，此处x为男性胎儿j样本jj科室进行，核型分析结果见表S2。母血浆DNA测序及结果分析由的X染色体的NCR与女性胎儿参照样本的X染色体的平均NCR之摘要gcgc贝瑞和康公司独立完成，在分析完成之前，所有样本的核型信息间的比例28。目的：探讨基于深度测序的无创产前检测技术，是否能对胎儿所有染色体的非整倍体进行检测。都保持盲测状态。为本研究免费完

5、成测序分析的贝瑞和康公司，是一家提供无创产方法：2009年3月到2011年6月间，在国内三所医院采集了435例唐氏高风险孕妇的血液样本，并对血浆中游离DNA以较低的覆盖度进行了结果前检测和基因测序服务的中国服务商。本文作者在整个课题中进测序。研究发现，每一条染色体的呈现都与其GC含量存在线性关系，利用这种关系，分析了母血浆中24条染色体的拷贝数。参与本研究的孕妇均接受了进一步的产前诊断，所有母体血浆DNA测序结果均有核型对照。行了样本采集、侵入性手术和染色体核型分析、结果揭盲等工作，并参与了最后的数据分析。母体血浆DNA

6、测序结果：在全部435例样本中，共412例样本（94.7%）有完整的核型分析和测序结果。其中检测到21-三体、18-三体、13-三体、9-三体和X本研究共采集了435例外周血样本，提取血浆DNA并进行测序。研单体共67例胎儿染色体非整倍体，经核型验证，达到100％的灵敏度和99.71％的特异性。根据染色体中GC碱基含量比，对染色体进行归母体血浆DNA处理和测序究中，我们对每个样本都进行了标签标记，然后将8-12个样本混一化处理是保证检测结果准确性的关键所在。采集母体血样后的8h内，在4°C条件下以1,600g转速离心10

7、min。将合，装入8通道流动槽的其中一个通道中。为测试通道与通道之间结论：本研究结果表明，通过一次测序可以实现对胎儿所有染色体非整倍体的无创检测。血浆转移至微量离心管中，在4°C条件下以16,000g转速再离心以及每次测序运行之间的差异，我们在每个通道中都加入了2个对10min，以去除剩余的细胞，然后转移到新的离心管中，并置于照样本：一个为二倍体样本（D21），另一个为21-三体样本-80°C保存。每个样本取1ml血浆进行DNA抽提，使用试剂为（T21）。测序结果共产生了543个数据项，其中108个数据项由2Qiagen

8、公司（德国希尔登市）生产的QIAmp循环核苷酸试剂盒。个对照样本产生，各含54个数据点，且各来自于同一个DNA文将得到的血浆DNA作为模板，进行文库构建，所使用的方法为改库。对于每个样本，平均收集到了830万条长度为36bp的DNA序列良的染色质免疫共沉淀测序（ChIPSeq）法13。使用6bp的寡核苷酸信息，并将得