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《南极磷虾_Euphausiasuperba_线粒体基因组特征及其分子标记应用》由会员上传分享，免费在线阅读，更多相关内容在行业资料-天天文库。
1、第39卷第5期海洋与湖沼Vol.39,No.52008年9月OCEANOLOGIAETLIMNOLOGIASINICASep.,2008南极磷虾(Euphausiasuperba)线粒体基因组*特征及其分子标记应用1,31,31,31,31,3申欣孙松王海青王敏晓任建峰11,2,3①张光涛刘斌(1.中国科学院海洋研究所青岛266071;2.中国科学院北京基因组研究所北京100029;3.中国科学院研究生院北京100039)提要为揭示南极磷虾(Eupahusiasuperba)(甲壳动物：软甲纲：磷虾目)线粒体基因组特征,及通过比较不同海域南极磷虾的线粒体基因组探讨潜在的分子标记,采
2、用LongPCR扩增技术获得采自普里兹湾(PrydzBay)南极磷虾线粒体基因组DNA,综合Primers-walking和Shotgun方法进行测序;通过生物信息学软件(DOGMA、tRNAscan-SE1.21和DnaSP4.10.7等)进行基因预测及序列分析。南极磷虾线粒体基因组全长15498bp以上(部分非编码区未测定),包含13个蛋白编码基因、2个核糖体RNA基因和23个转运RNA基因。与后生动物线粒体基因组标准的基因组成相比,存在1个trnN基因的重复。南极磷虾线粒体基因组的基因排列与泛甲壳动物线粒体基因组的原始排列相比,出现4个转运RNA基因的易位：trnL1、trn
3、L2、trnW和trnI以及1个trnN的重复。比较采自普里兹湾(PrydzBay)和威德尔海(WeddellSea)南极磷虾的线粒体基因组,作者发现在南极磷虾线粒体基因组的主编码基因中,变异最大的是nad2基因,差异位点高达61个,其次是nad5基因,差异位点有12个;而cox1基因的变异位点仅有3个。Nad2基因和nad5基因可作为cox1基因辅助的分子标记,用于分析南极磷虾不同地理种群之间的遗传多样性,为合理利用南极磷虾生物资源提供保障。关键词南极磷虾,线粒体基因组,海洋生态,浮游动物,分子标记中图分类号S968.3磷虾目(Euphausiacea)隶属于甲壳动物亚门捞量高达
4、1亿t,相当于目前全世界每年鱼类和其他(Crustacea)、软甲纲(Malacostraca),是一类海洋大型甲壳类渔获量的总和(0.99亿t),被认为是地球上最浮游甲壳动物。由于具有分布广、数量大等特点,磷大、也是最后一个动物蛋白库,对于人口膨胀、食物虾类在海洋浮游生物中占有重要位置,不仅是众多短缺的当今世界,南极磷虾资源有着无限的应用前经济鱼类和须鲸类的主要饵料,在海洋生态系统中景(孙松,2002)。与此同时,南极磷虾是南大洋海洋发挥着重要作用,而且还直接可以作为渔业捕捞的生物食物链的中心,是维持南大洋海洋生态平衡的对象,用于食用或者提取生物活性物质等(孙松等,关键(孙松,2
5、002;Zhouetal,2004)。在南大洋生物的2001;孙松,2002)。食物链中,如果南极磷虾灭绝或者大幅度减少,则南极磷虾(Euphausiasuperba)是地球上单种生物捕食磷虾的须鲸类和鱼类等也将灭绝或减少,南大资源最大的物种之一,其现存量的最新估计值为洋的生态平衡随之破坏。不幸的是,南极磷虾的丰度6.5—10亿t,形成巨大的潜在渔业资源,每年的可捕变化非常大,在某些情况下南极磷虾较低的丰度会*中国科学院百人计划项目：052417101Q。申欣,博士,E-mail：shenthin@163.com①通讯作者:刘斌,研究员,博士生导师,E-mail：bliu@ms.q
6、dio.ac.cn收稿日期:2007-03-04,收修改稿日期:2008-04-085期申欣等:南极磷虾(Euphausiasuperba)线粒体基因组特征及其分子标记应用447导致企鹅和信天翁雏鸟的大量死亡(Machidaetal,氯仿：异戊醇=25：24：1)抽提2—3遍,然后离心102004)。min(13000r/min),取上清液,加入70%体积异丙醇,如何在高效开发利用南极磷虾生物资源的同时,置于−20℃沉淀基因组DNA,70%乙醇洗涤两次,保持南大洋生态系统的平衡？这需亟待加强对南极1×TE(含Rnase)重悬基因组DNA。通过琼脂糖凝胶电磷虾遗传信息的认识。由于线粒
7、体DNA序列存在较泳检测基因组DNA的质量。高的进化速率,在确定南极磷虾资源管理单元时格外有效。为了更加有效地利用线粒体DNA作为遗传标记,线粒体基因组的信息是十分关键的。Machida等(2004)测定了采自威德尔海WeddellSea(60°25´S,46°12´W;图1)南极磷虾的部分线粒体基因组,初步揭示了南极磷虾(WeddellSea)线粒体基因组的基因组特征;但由于缺乏部分srRNA基因和3个以上tRNA基因的信息,深层次的基因组特征分析以及南极磷虾线粒体
