计算系统生物学1. 概述[1]tds

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1、计算系统生物学王勇中国科学院数学与系统科学研究院http://zhangroup.aporc.org课程信息•http://www.aporc.org/doc/wiki/Course001•Containsallcourse-relatedmaterials(lectureslides&furtherreadings),regularlyupdated课程信息•答疑&讨论:课后或思源楼1003•对课程的意见和建议邮件：ywang@amss.ac.cn推荐书目•AnintroductiontoSystemsBiol

2、ogy:DesignPrinciplesofBiologicalCircuitsbyUriAlonJune2006,Chapman&Hall/CRC,TaylorandFrancisGroup•SystemsBiology:PropertiesofReconstructedNetworksbyBernardPalssonJanuary2006,publishedbyCambridgeUniv.Press•SystemsBiologyinPractice:Concepts,ImplementationAndAppl

3、icationKlipp,Eetal.JohnWiley&SonsInc.2005•SystemsBiology:ATextbookEddaKlipp,etal.2009http://www.systems-biology.orgState-of-Arts•AlertsfromScience,Nature,Cell,PNAS•NatureMolecularSystemsBiology•BMCSystemsBiology•IETSystemsBiology•Otherrelatedjournals•Google,W

4、ikiWefocusonbiomolecularnetworksLuonanChen,Rui-ShengWang,Xiang-SunZhang.BiomolecularNetworks:MethodsandApplicationsinSystemsBiology.JohnWiley&Sons,Hoboken,NewJersey.July,2009.http://zhangroup.aporc.org6Whattopics?大纲1.基因调控网络重建2.转录调控网络重建3.转录因子合作网络预测4.蛋白质相互作用网络预

5、测5.生物分子网络分析6.生物分子网络比对7.生物分子网络motif,模块分析8.生物活性通路与网络标记物识别系统生物学http://zhangroup.aporc.org系统生物学《Nature》1953《Science》2001DNA双螺旋结构发现，人类基因组计划完成系统生物学开启分子生物学研究195019902002生物信息学http://www.sagebase.orgGoPubMed是款新的垂直搜索引擎，内容涉及生命科学的方方面面。输入相应的关键词，即可获得带有高亮显示的搜索结果条目。左侧栏还有分类显示

6、目录，标注不同的检索方式。应该说界面相当友好，且很精致，有需要的可以保存供日后使用。什么是系统生物学？•内涵？•外延？•问题？SystemsBiology•Networkingthewholebiologicalsystem,ratherthanstudyingitsisolatedparts.•Integratinglargeamountsofdatainthecontextofbiologicalnetwork(Sequence,structure,function,geneexpression,protei

7、nexpression,proteininteraction,protein-DNAinteraction,andliteraturedata).14Procedure---SystemsBiologySystemPerturbationGeneratingofcomprehensiveglobaldataIdentificationofkeymoleculesNetworkmodellingGenerationofhypothesesValidationofhypotheses•Journalclu

8、bAPredictiveModelforTranscriptionalControlofPhysiologyinaFreeLivingCellRichardBonneauet.al.Cell,Vol131,1354-1365,28Dec.2007InstituteforSystemsBiology,Seattle,WA98103,USACenterforGenomics&