基于全基因组测序探究大熊猫种群历史及适应

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1、密级：中国科学院大学UniversityofChineseAcademyofSciences博士学位论文作者姓名：指导教师：学位类别：学科专业：研究所：2013年04月申请博士学位论文舢IlllIlUlIlullIIIIIlY2431759基于全基因组测序探究大熊猫种群历史及适应博士研究生：郑萍萍(2008级)导师：魏辅文(研究员)专业：生态学中国科学院动物研究所二零一三年四月一苓一二年凹月．Whole-genomesequencingofgiantpandasprovidesinsights．．intodemographichistoryandlocalada

2、ptationZHENGPingpingADissertationSubmittedtoTheUniversityofChineseAcademyofSciencesInpartialfulfillmentoftherequirementForthedegreeofDoctorofPhilosophyInstituteofZoology,ChineseAcademyofSciencesApril，2013本人郑重说明：所呈交的学位论文，是本人在导师的指导下，独立进行研究工作所取得的成果。除文中已经注明引用的内容外，本论文不含任何其他个人或集体己经发表或撰写过的作

3、晶成果。对本文的研究做出重要贡献的个人和集体，均已在文中以明确方式标明。本人完全意识到本声明的法律结果由本人承担。学位论文作者签名：日期：任何收存和保管本论文各种版本的单位和个人，未经本论文作者及导师授权，不得将本论文转借他人并复制、抄录、拍照、或以任何方式传播。否则，引起有碍作者著作权益之问题，将可能承担法律责任。致谢本论文是在我的导师魏辅文研究员指导下完成的。非常感谢魏老师带领我进入种群遗传学和基因组学的领域，也非常感激魏老师提供的轻松愉快的学习环境和良好的实验平台。在过去四年多的时间中，受益于老师的教诲、鼓励、支持和信任。在此我谨向魏老师致以最诚挚的谢意。

4、在大熊猫种群基因组学分析过程中，我学习了很多。首先感谢魏老师和深圳华大基因(BGI)王俊老师提供了这样一个学习的平台，感谢两位老师对项目的支持和指导。感谢动物生态与保护遗传学实验室的师兄们在大熊猫重测序项目中的密切配合：詹祥江师兄的不屈不挠的科研精神、吴琦师兄不分昼夜的数据分析、朱立峰师兄在样品收集以及在项目第一期的积极贡献、胡义波师兄的种群遗传学建议，令人印象深刻。感谢BGl种群遗传学小组的精诚合作，非常感谢董珊珊不厌其烦地尝试各种软件工具和认真细致地解析数据，感谢赵山岑带来的活力与惊喜。感谢BGI何伟明、李东、陈诠、郭晓森、张雪梅、蒋慧、梁惠卿、王博、黄亚琳

5、、席凤、林楚瑜、王光杓、赵美茹、张庆辉、田埂等在数据和实验分析中的帮助。感谢李波的北极熊小组友情提供数据。感谢翦敏等在项目协调上做的努力。感谢王威、依娜、田中明、黄果娴、李晶晶、张卷彬等在生活上的照顾。感谢BGI前DNA实验平台和群体遗传学小组的所有成员，我们一起度过了快乐而充实的三年时间。感谢动物生态与保护遗传学研究组这个大家庭给予的温暖和融洽，本实验室的艳丽老师、张保卫师兄、吴华师兄、詹祥江师兄、吴琦师兄、朱立峰师兄、胡义波师兄、齐墩武师兄、张雷师兄、冯甜甜师姐、聂永刚师兄、周江老师、陈伟才师兄、单磊、周智鑫、王冠楠、韦伟、韩菡、董文博、王潇、郑小光、马天笑

6、、刁鲲鹏、杨天友、熊丽娟、冯菲菲、马帅、陈子君在过去几年中给予了许多帮助、支持和理解。感谢未曾谋面的孟涛师兄帮忙处理地形图。感谢本中心的李明老师、陶毅老师、戴家银老师对我学习上的指导和关心。感谢中心秘书王丽老师和公共实验室曹红老师给予的诸多帮助。感谢灵长类研究组的老师和同学：任宝平老师、刘志瑾师兄、郝艳丽师姐、常宗飞师兄、杨邦和、王博石、罗茂芳、李腾飞、程琛、周旭明、张云冰、刘广建、史芳磊。感谢本研究所的博士学位论文：基于全基因组测序探亢大熊猫种群历史及适应王倩师兄、刘辉师兄。同时感谢广西9币范大学的孙涛、曲阜师范大学的刘丹、贵州师范大学的陈媛。感谢室友陈文、马

7、荣钠、刘文博、谢文娟的帮助和关怀。在此，我还想表达对我的祖父母和姑父母的敬意和感激。感谢我的家人至始至终的包容和支持。尤其感谢我的弟弟给予的理解和支持。感谢我的爱人廖波达一路以来的陪伴和鼓励，感谢公公婆婆对我无微不至的照顾。在论文即将脱稿之际，再次向所有关心和帮助我的人们表示感谢和感激!Ⅱ郑萍萍2013年4月于北京摘要大熊猫(Ailuropodamelanoleuca)是我国特有的珍稀濒危物种，被誉为“活化石”，其支系起源于晚中新世的始熊猫“ilurarctoslufengensis)，历经大熊猫小种口iluropodamicrota)和巴氏亚种口iluropo

8、damelanoleuc