基于全基因组测序的肺结核病原学诊断

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1、基于全基因组测序的肺结核病原学诊断产品介绍泽塔生物科技（上海）有限公司二零一七年二月肺结核病原全基因组测序诊断断成为现实。通过对培养阳性的分枝杆菌进行全简介基因组测序，不仅可以获得直接的一线和二线抗耐药结核(Drug-resistanttuberculosis)是控结核药物的耐药信息，还可以获得高分辨率分子制结核病一个重要的挑战。除耐多药结核(MDR-分型。TB)外泛耐药结核(XDR-TB)也在近年出现。现实中的感染，由于相当比例的NTM的存耐药结核的临床管理十分复杂。处方药物在，进行菌种特异性的遗传突变-表型推测变得困有耳毒性，肾毒性，肝毒性，致

2、泻，呕吐及生理难。ZetaBio使用自行开发的通用微生物基因组鉴失调等副作用。在没有获得药物敏感试验结果之定及分析系统MicrobeTrakr完成微生物WGS数据前，患者可能被迫接受无效并带有副作用的化学分析工作。使用ZetaBio的专利技术可以跳过传统治疗。如果有一种病原检测方法，可以一次性进的培养鉴定步骤，直接利用WGS数据得到可靠的行所有的药物抗性测试，并且在临床所需要的短微生物鉴定(根据FDA/CDC/NIST正在建立的标准时间内返回医师富有诊断价值的信息，那么这对)。得到可靠的物种识别后，MicrobeTrkar使用其患者是十分有益的。分

3、枝杆菌的耐药性基本上是内嵌的的物种特异性遗传突变知识库进行表型推其自身的遗传突变导致的，这使得遗传学检测能断。知识库中，所有的蛋白序列及突变知识全部够得到可靠的表型信息。根据已发现的遗传突变经过专家人工和计算机程序校订。开发，已经有商业化的，经过FDA许可，WHO推MicrobeTrkar是通用微生物鉴定分析系统，荐的结核分枝杆菌遗传检测试剂盒出售。由于技所以无论输入的检材实际是何种微生物，都可以术本身的局限，市场销售的基于探针/引物的分得到正确的鉴定及表型推断。这使得NTM，口腔子诊断，药物敏感试验只检测有限的几个目标区寄生菌污染造成的MGIT培

4、养阳性得到区分，提供域，得到有限的药物敏感测试结果。史无前例的诊断分辨力。为快速获阳性培养，我们目前建议使用分枝21-34-621-3DST




杆菌快速培养生长指示管（MycobacterialGrowthMGITMGITDSTMGITMGITDST     IndicatorTube，MGIT）进行原始检材的微生物DST()()培养工作，然后对培养阳性的样本进行微生物2
4-6
DST全基因组测序检验。MicrobeTrakr现在可以接MGIT  受1Illumina®及2P

5、acBio®RS系列测序设备WGS文库策略的测序输出数据。尚不接受3OxfordNanopore®MGIT/MiSeq2
MiSeq系统的原始数据，但可接受基因组拼装。MGIT 5-9
1IlluminaInc.的注册商标10-16
2PacificBiosciences的注册商标图1:全基因组测序和现有鉴定药敏手段周期比较3美国牛津纳米孔公司的注册商标微生物全基因组测序方法使得结核一站式诊2全基因组测序线性探针4GeneXpertMGIT液体培养固体培养实验通量高中低较高中药敏检测一线、二线药物INH/RIFRIF一，二和三线药物一，

6、二和三线药物NTM鉴定是否否否否基因分型是否否––测试成本较高中较高较低低污染影响较小小小大中检验周期2-3周2-3天2-3小时3-4周6-8周表1:病原学诊断手段比较•识别分枝杆菌假阳性业务模式•比培养节省30天时间ZetaBio提供微生物WGS的数据分析API服•完全评估32个耐药相关基因务，同时接受数据递交方式的数据分析工作。如•数据分析通量每天196个样本果客户单位没有测序能力，ZetaBio可以使用自身•帮助制定合理的化疗方案的供应链提供收样测试服务。如果提供生物样本，需要根据有关规范对其进行灭活处置。蛋白位置突变及影响INHA94S→A

7、:造成INH和ETH抗性步骤周期INHA148D→G:造成吡啶霉素抗性MGIT培养阳性样本7-10dINHA158Y→A:催化活性降低1500倍提取培养基总DNA2hINHA158Y→F:催化活性降低24倍IlluminaMiSeq/HiSeq测序3-7dINHA158Y→S:不影响催化活性数据传输及分析1-2h表3:精细可靠的突变知识库总周期3w表2:技术流程（拥有测序设备的诊断实验室）结核分枝杆菌耐药相关蛋白RS12UPPPLPRGPAND性能FLQE2RPOBCH10GYRASIGFWHB7AEMBCDRRA微生物全基因组测序在诊断性能上超过

8、任何BLACEMBANATDNAK其他检验手段。除了可以直接鉴定感染的是何A85BAFTARECALEXA种分枝杆菌（47