小蛋白数据库的构建与整合分析

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1、硕士学位论文密级：作者姓名：越燧指导教师：昱焦妞副研塞虽盟±主国型堂陵羔丝塞基固组巫塞匮学位类别：翌堂亟±学科专业：生物值皇堂研究所：生国型堂陵j量塞基固堑硒塞压2013年4月ByDAIChanADissertationSubmittedtoUniversityofChineseAcademyofSciencesInpartialfulfillmentoftherequirementForthedegreeofMasterofBioinformaticsBeijingInstituteofGenomicsChineseAcademyofSciencesApri

2、l，2013关于学位论文使用授权的说明本人完全了解中国科学院北京基因组研究所有关保存、使用学位论文的规定，即：中国科学院北京基因组研究所有权保留学位论文的副本，允许该论文被查阅；中国科学院北京基因组研究所可以公布该论文的全部或部分内容，可以采用影印、缩印或其他复制手段保存该论文。(涉密的学位论文在解密后应遵守此规定)学位论文作者(签字)：蓟—年日期：妒哆J·∥关于学位论文原创性声明本人郑重声明：所呈交的学位论文是本人在导师指导下，独立进行研究工作所取得的成果。尽我所知，除文中已经注明引用的内容外，本学位论文的研究成果不包含任何他人享有著作权的内容。对本论文所涉

3、及的研究工作做出贡献的其他个人和集体，均已在文中以明确方式标明。学位论文作者(签字)：毯鄹辱日期：卯1．s·心致谢三年前新生开学典礼还历历在目，转瞬间，我的研究生生活即将结束，这期间成长了许多，也收获了不少，简言之是欢笑远多过苦楚，磨砺远胜于懈怠，这些将成为我人生中最宝贵和美好的回忆。首先，衷心感谢我的导师吴佳妍副研究员和肖景发研究员在学习、工作及生活上对我的孜孜教诲、精心指导和悉心关怀。很庆幸能够成长在两位老师带领的科研团队里，老师们严谨的科研作风与良好的科学素养时刻鼓励和鞭策着我不断进步，老师们对大家开放式管理和教育给实验室带了强大的凝聚力与和谐氛围。两位

4、导师对学生们的责任感和细心也让我深为敬佩和感激，从论文的开题报告到最后的终稿，处处都倾注着老师们心血，只有严师才能出高徒。借此机会，我向二位导师表达自己浓浓的谢意，感谢你们长时间以来的精心培育和指导。其次，衷心感谢实验室的师兄、师姐、师妹们以及同级同学们的关怀和支持，尤其是赵东宇、赵永兵、张再超师兄和陈梅丽师姐等在学习上对我的帮助，非常感谢你们。感谢研究生办公室王彩平、陈婧和陈著老师们在这三年之中对我学习生活的悉心帮助和支持，同时也由衷地感谢中科院北京基因组研究所给我提供的科研和生活的平台。再次，感谢我的大学同学在考研时对我物质上的支持和精神上的鼓励，与你们相

5、识是我大学期间获得的最珍贵的财富之一。感谢2010级的同学们、亲密玩伴们和我亲爱的室友们，相聚相识是难得的缘分，谢谢你们三年来的鼎力相助和陪伴，一起欢乐，一起分担，一起进步，愿大家都有一个美好的前程。感谢我的家人，感谢你们给予我的自由，对我学习、工作与生活上的各种包容和支持。感谢那些出现在我生命中的如同亲人般的朋友们，谢谢你们的相知、相伴和共同成长。最后，真心感谢这次的评阅老师、答辩老师以及答辩秘书们，谢谢你们付出的辛勤和汗水。戴婵2012年4月小蛋白数据库的构建与整合分析Ⅱ摘要小蛋白(氨基酸数目不超过100的蛋白质)在生物代谢和进化过程中起着非常重要的作用，

6、其涉及的范围非常广泛，例如，能量代谢，蛋白质脂类，陪伴蛋白，压力蛋白，转运、转录调节，核酸、核糖体蛋白等。作为蛋白家族的重要成员之一，小蛋白在生物体生存和进化过程中起到非常关键的作用，承担着不可或缺的生物功能。因此，关于小蛋白特性的分析也是生物信息学研究的一个重要组成部分。然而，目前各类数据库中包含了大量的基因组和蛋白质组数据，也有很多关于蛋白特性的数据库，像SWISS．PROT，PDB，SCOP，Pfam等等，但并没有整合了全部小蛋白序列信息和蛋白特性的专用型数据库，本论文的研究工作将填补这方面的空白。我们从NCBI的genomes(邱：／／邱．ncbi．n

7、m．gov／genomes／)中收集和筛选出拥有基因组信息的2078个原核和真核生物共约76万条小蛋白，通过Perl程序的处理，筛选出小蛋白的一些关键数据信息，例如，蛋白质的GI号，Accessionnumber，序列信息，功能描述，物种进化分类信息等。并根据得到的数据信息，在相关统计分析基础上，对小蛋白的保守性、同源性和功能分类做进一步研究。分析结果表明，在生物体中氨基酸长度在60．100之间的蛋白在整个小蛋白中所占比例很高，并且氨基酸数目与对应小蛋白数目成正比。蛋白的保守性与蛋白的长度紧密关联，氨基酸序列长的小蛋白的保守性比序列短的小蛋白保守性好。从进化角

8、度看，高等生物的小蛋白保守性总体上比低