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1、学报178JournalofChinaPharmaceuticalUniversity2008,39(2):178-182化合物脂水分配系数计算软件及比较研究3苏笠,杨劲,王友群,王广基(中国药科大学药物代谢与动力学研究中心,南京210009)摘要目的:介绍几种常用的化合物脂水分配系数计算软件,并比较它们的准确度和适用范围等。方法:从分子结构出发,运用CLOGP、ACD/LogP、Pallas和Molinspiration4种计算软件获得logP值,比较其计算准确度。结果:本文选择的4种计算软件均能比较准确的计算出化合物的logP值。结
2、论:运用软件计算的方法得到大批量化合物的logP值,有助于计算机辅助药物设计。关键词定量构效关系;计算机辅助药物设计;脂水分配系数;分子结构;CLOGP;Pallas;ACD/LogP;Molinspiration中图分类号R911文献标识码A文章编号1000-5048(2008)02-0178-05Introductionandcomparisonofsoftwaresusedincalculatinglipid/waterpartitioncoefficientofcompounds3SULi,YANGJin,WANGYou2qun
3、,WANGGuang2jiCenterofPharmacokineticsandDrugMetabolism,ChinaPharmaceuticalUniversity,Nanjing210009,ChinaAbstractAim:Tointroducetheavailablesoftwaresusedtocalculatethelipid/waterpartitioncoefficientsofcompoundsandtocomparetheestimationaccuracy.Methods:Basedonthemoleculars
4、tructuresselected,thevaluesoflogPwerecalculatedusingsoftwaresCLOGP,Pallas,ACD/LogPandMolinspiration,andtheestima2tionaccuracywasassessedonebyone.Results:ThefoursoftwarescouldaccuratelycalculatethevaluesoflogP.Conclusion:ApplicationofthesesoftwaresinthecalculationoflogPva
5、luesofcompoundsfacilitatescomputer2aideddrugdesign.KeywordsQSAR;computer2aideddrugdesign;lipid/waterpartitioncoefficient;molecularstructure;CLOGP;Pallas;ACD/LogP;Molinspiration脂水分配系数(logP)是用来表示化合物的亲1基础与原理脂性、透过生物膜的性能及与受体(包括酶)间疏水性结合力的一种参数。疏水性影响药物吸收、生脂水分配系数(logP)为化合物在非水相中的物
6、活性、疏水性药物受体相互作用、分子代谢变化平衡浓度与其在水相中的中性形式平衡浓度的比[1,2]毒性等,在定量构效关系的研究中很重要。新值的对数,公式表达如下:药开发过程中,可以所得定量构效和构动相关式为logP=log(co/cw)基础,设计生物活性好并具有良好药动学参数的化其中,co和cw分别表示化合物在非水相中的合物。在分子设计阶段,可以预先计算所设计分子平衡浓度与其在水相中的中性形式的平衡浓度,的logP值,进行虚拟筛选,从而节省大量的时间logP值越大则脂溶性越强。和财力,提高工作效率。总之,用计算的方法得到logP数值的获得有
7、实验法和计算法两种。实化合物的logP值的目的之一就是为新药设计验法可靠,但花费较大,并需要预先合成化合物,不[3]服务。能进行虚拟筛选;计算法简便快捷,但是计算结果不够精确。3收稿日期20072092163通讯作者Tel:025-83271386E2mail:yangjingqw@2631net第2期苏笠等:化合物脂水分配系数计算软件及比较研究179LogP的计算方法有两种:一是通过有机化合物影响最后的计算值。目前,ProLogP710有3个根的片断加和性来进行计算,二是通过化合物其他物理据不同方法建立的基本数据库:CDI2Rekke
8、r、化学参数以及其与脂水分配系数的内在联系来计算。Atomic和Atomic5。片断加和法的原理是将分子划分为基本片断,CD2Rekker数据库是根据Rekker对化合物疏[5]每种特定的基本片断具有特定的
