稻瘟病菌无毒基因AVRPii物理图谱的构建

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1、中国农业大学硕士学位论文稻瘟病菌无毒基因AVR-Pii物理图谱的构建姓名：肖进申请学位级别：硕士专业：植物病理学指导教师：彭友良20040601中文摘要由子囊菌MagnaporthegY2"SeH引起的稻瘟病是世界性的水稻病害之～，危害严重。防治该病的有效措施是栽培抗病品种，但更重要的方面是要广泛分析我国现有水稻品种的抗瘟基因型、了解田间菌群中无毒基困的种类、数量和分布并及时监测其变化。这将有助于了解病原菌小种的变异机理；有利于建立稻瘟病菌小种快速鉴定的分子技术，在实践上用于指导抗瘸品种的合理布局

2、平II轮换，以更有效地控制瘸害的发生。本研究在张国珍博士获得与无毒基因AVR-Pii连锁的两个RAPD标记(并转化为SCAR标记1：OPl07100和OPMl0⋯J的基础上进行染色体步移，旨在克隆AVR．Pii无毒基因。首先，采埘PCR的方法对两个SCAR标记进行分析发现在SCAR标记OPMlol3i4处菌株P131与Y34存在差异；不过，在SCAR标记OPl07Ⅲ处菌株P131与Y34不存在差异。用标记OPMIOlⅢ的SCAR引物在菌株P13l与Y34中分别扩增出了1314bp与16fulbp的

3、两条不同长度的DNA片段，测序后发现后者是在1314bp中插入了一段350bp的重复序列。基因组Southern杂交及数据库BLAST表明：标记OPl0770a在P131与Y34基因组是单拷贝的．SCAR标记OPMIOlsl4的13

4、4bp中有重复序列。对两个SCAR标记和AVR-Pii基因在染色体上的定位分析表明它靠】位于稻瘟病菌基因组第1J号染色体的端粒附近位置。其中无毒基因AVR-Pii较两个标记更靠近端粒。同时它们都在supercontiglll上(supercontiglll上～共有15

5、4个contigs，从Conti92．513到Contii92．360)，其中Comi92，360是在端粒位置。SCAR标记OPMlol314被定位在Conti92．387上，OPl07700被定位在Conti9238I上。通过两个标记相良进行染色体步移，构建了两个SCAR标记区域的物理图谱，由3个禽有晟小重叠的TAC克隆覆盖了两个标记区域，分析两个标记问的物理距离大约为90Kb，根据两个标记间的遗传距离为3．16cM，可以推算出在该区域一个遗传单位相当于28Kb的物理距离。比Farman等发现的

6、一个遗传单位相当于50Kb的物理距离要小：比Zhu等发现的一个遗传单位相当于4iKb的物理距离也小，而与AFRI．C039区域～个cM对应33．5Kb的物理距离耜近。推澳4可能是由于该区域在染色体端粒的位置，重组事件发生的多的缘故。同时也可以知道近的SCAR标记OPl07700到目的基因的距离约是186Kb。在此基础上向目的基因进行染色体步移，用4个含商最小重叠的TAC克隆向目的基因前进了约210Kb，由遗传图谱与物理图谱的对应关系知道已经覆盖了无毒基因AVR-Pii医域。这些工作为无毒基因AFR

7、-Pii的克隆奠定了基础。关键词：稻瘟病菌Magnaporthegrisea；无毒基因；物理图谱；遗传图谱AbstractFirstly,thetwoSCARmarkersOPl077∞andOPMlol314wasanalyzed．theresultshowthatthestrainsofriceblastfungusP131andY34havediscrepancywheretheplaceoftheSCARmarkerOPMlOisl4．ThePeRamplificationproducts

8、are1314bpinP131andI664bpinY34．butnothingin70-15respectivlywiththeprimeroftheSCARmarkerOPMl01314,Then，the1664bpDNAbandwasclonedandsequenced，Theresultshowthatthesequenceof1664isinsertinga350bprepeatedsequenceintothesequenceof1314．Thereisnodiscrepancybet

9、weenthestrainsofriceblastfungusPI3I，Y34and70·15wheretheplaceoftheSCARmarkerOPl077130．GenomicSouthernBlotandBLASTusingthetwoSCARmarkersOPl07700andOPMl01314．showthatthemarkerOPl07700isasinglecopyinPl31andY34genome，andthemarkerPMl01314havesomerep