《遗传图绘制》PPT课件

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1、基因组学生物信息学院黄飞飞Tel:18725619016教材：杨金水.基因组学（第二版）北京:高等教育出版社，2007参考书：T.A.布朗著，袁建刚译著，基因组（3rd版）北京：科学出版社，2009教材和教参考核方式考试：课程论文：基因组学基本概念基因（gene）基因组（genome）基因组学（genomics）作为所有多细胞动物代表的人类基因组由两个独立的部分组成。FishinginaMoreEffectiveWay!结构基因组学功能基因组学比较基因组学基因组学的发展：从序列到功能结构基因组学结

2、构基因组学：基因组计划基因定位基因组作图测定核苷酸序列功能基因组学功能基因组学：后基因组学（postgenomics)利用结构基因组学提供的信息和产物，在基因组系统水平上全面分析基因的功能的一门学科。比较基因组学比较基因组学：研究不同物种之间在基因组结构和功能方面的亲源关系及其内在联系的学科。基因组学的最新研究PLoSONE：大量非灵长类动物基因组数据受到了人类DNA的污染2011-2-1815:23:232月16日发表在《公共科学图书馆综合》PLoSONE期刊上的一份研究报告称康涅狄格大学的遗传

3、学家MarkLongo及同事发现由顶级公共测序机构提供的测序结果构建的基因组数据库中的大约1/5的细菌、植物和非灵长类动物基因组数据受到了人类DNA的污染。样品处理有可能是导致DNA数据库广泛污染的最主要原因。这一研究报告引起了生物研究人员及各大权威媒体的高度关注，《科学家》TheScientist杂志以及《自然》Nature杂志均在其官方网络上第一时间对这一事件进行了报道。DNA Res：日科学家破译麻风树基因组日本一个研究小组日前在DNAResearch杂志网络版上报告说，他们破译了有“生物柴

4、油树”之称的麻风树的基因组日本千叶县上总DNA研究所、国立遗传学研究所和大阪大学组成的研究小组把麻风树的基因组分成小片段，分析DNA序列。研究人员破译得出，麻风树基因组共包含约4万个基因，并且拥有许多与脂质合成及抗病相关的基因。研究人员认为，这些都是麻风树不断适应干燥环境，最终获得的性质。麻风树别名南洋油桐，广泛分布于亚热带及干热河谷地区，其果实有毒，不能食用，但含油率高达60％至70％，是一种非常有潜力的油料作物。经改性后的麻风树油可适用于各种柴油发动机。Nature：猩猩基因组测序结果发布通过

5、对人类、黑猩猩和红毛猩猩三种基因组的对比发现，人类基因组更类似于红毛猩猩的基因组，而不是黑猩猩的基因组。这反映了人类和黑猩猩从同一个祖先进化而来，两个物种拥有相同的红毛猩猩DNA，但是，经过成千上万年，人类和黑猩猩分别进化，在这个过程中，黑猩猩因为某些原因失去了猩猩的DNA，人类则保留了这个DNA.Nature Genetics：草莓和可可树基因组图谱出炉据美国物理学家组织网12月26日报道，在26日出版的《自然—遗传学》杂志上，两组科学家表示，他们分别解开了野生草莓和克里奥洛可可树的基因密码，新

6、发现有助于育种专家培育出品质更高的草莓和可可树品种。高通量测序方法日渐成熟第2章遗传图绘制学习要点：1.遗传图谱与物理图谱2.遗传作图的标记3.遗传作图的方法结构基因组的研究策略为何要绘制遗传图与物理图1)基因组太大,必需分散测序,然后将分散的顺序按原来位置组装,需要图谱进行指导。2)基因组存在大量重复顺序,会干扰排序,因此要高密度基因组图。3)遗传图和物理图各有优缺点,必须相互整合校正DNA测序有一个极大的局限性：即使是最精确的技术，在一个反应中也很难测出大于750bp的序列。这就需要将大分子分

7、解为片段。问题：分析基因组的重复区域时会发生错误。因此，必须首先建立一个基因组的图谱，通过标明基因和其他显著特征的位置，为测序提供指导。一旦得到了基因组的图谱，测序阶段可以采用以下方法进行：全基因组鸟枪法（whole-genomeshotgunmethod）全基因组鸟枪法是一种快速获得真核基因组的方法。2.克隆重叠群法（clonecontigmethod）：（作图法测序，限制测序）。这种逐步测序的方法花时间多，但精确。全基因组鸟枪法测序和克隆重叠群法测序最后都必须将DNA序列回归到基因组图上，因此

8、基因组图的绘制是基因组测序和组装的核心内容之一，是基因组全面测序的必要前提。传统上将基因组作图方法分为两类。1.遗传作图2.物理作图2.1遗传图谱与物理图谱1）遗传作图（Geneticmapping）：采用遗传学分析方法将基因或其它DNA序列标定在染色体上构建连锁图。这一方法包括杂交实验，家系分析。遗传图距单位为厘摩(cM),每单位厘摩定义为1%交换率。2）物理作图（Physicalmapping）：采用分子生物学技术直接将DNA分子标记、基因或克隆标定在基因组实际位置。物理图的距