肠道细菌基因间重复序列基因分型方法研究副溶血性弧菌的基因多态性

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1、·12中华微生物学和免疫学杂志2012年1月第32卷第1期ChinJMicrobiolImmunol，January2012，Vo1．32，No．1．坌田菌学．肠道细菌基因间重复序列基因分型方法研究副溶血性弧菌的基因多态性宋启发徐景野朱国良沈玄艺章丹阳【摘要】目的采用肠道细菌基因问重复序列(enterobacterialrepetitiveintergenicconsensus，ERIC)基因分型技术对副溶血性弧菌进行分型，评估其基因多态性，探讨其在鉴别该菌散发和暴发中的应用。方法采用ERIC-PCR分型方法对187例分离自患者、海产品和

2、环境中的副溶血性弧菌基因组模板进行扩增，根据PCR产物中不同产物片段组合模式获得基因型，采用进化树分析软件直观评价不同基因型的相似性，并根据离散程度分为不同的族，同时进行血清分型。结果187例菌株可获得产物长度160—2780bp共16种大小不同的PCR产物片段，所有菌株根据扩增片段分布可分为59种基因指纹模式，通过进化树软件可分为12族，血清分型结果表明03：K6为86％(161／187)，02、04和012占4％(8／187)，10％(18／187)无法分型。结论ERIC—PCR分型结果表明，我国分离的副溶血性弧菌具有较高基因多态性，

3、ERIC—PCR具有高分辨力，可用于快速基因分型。【关键词】副溶血性弧菌；细菌分型技术；肠道细菌基因间重复序列StudyofgenepolymorphismofVibrioparahaemolyticusbasedonenterobacterialrepetitiveintergenicconsensussequencessONGQi-fa，XUJing—ye，ZHUGuo—liang，SHENXuan—yi，zHANGDan—yong．De—partmentofMicrobiology，CentreforDiseaseControlan

4、dPrevention，Ningbo315010，ChinaCorrespondingauthor：

5、s0ⅣGQi-fa，Email：songqf@nbcdc．org．ca【Abstract】objectiveToevaluatethegenotypepolymorphismofparahaemolyticususingenter—obacterialrepetitiveintergenicconsensus(ERIC)一PCRandexploreitsapplicationindistinguishingthespo—radicorou

6、tbreakeasesofparahaemolyticus．Methods0Behundredandeighty．sevensamplesofparahaemolyticusisolatedfrompatients．seafood．marineandestuarineenvironmentsinNingbocityweretypedwithbothanti—seraandERIC．PCR．TheERIC．PCRtypingresultswereanalyzedwithclusteranalysismethodtoevaluatetheva

7、riationinERICsequencesofparahaemolyticus．ResultsSixteendifferentsizesofDNAbandsvaryingfrom160bpto2780bpweredetectedin187isolatesbyERIC．PCR．Thesesamplesweregroupedinto59fingerprintpatternsaccordingtothedistributionofamplifiedDNAbands，whichwereclassifiedinto12diferenttypesw

8、ithclusteranalysis．03：I(6wasthemostpopularserotypeaccountingfor86％(161／187)．About4％(8／187)ofthesampleswereotherserotypes(02，04，and012)whileabout10％(18／187)couldnotbetypedbyantisera．ConclusionOurstudyshowedthatERIC．PCRiSasuitablerapidtypingmethodforparahaemolyticuswithhigh

9、lydiscriminativeabilityandthatparahae—molyticusinChinaisgenomicallydiversifiedconcerningERICsequ