华大基因运用戴尔刀片服务器打造世界顶级的基因研究计算平台

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1、硬碰硬，选戴尔——华大基因运用戴尔刀片服务器打造世界顶级的基因研究计算平台“基因研究对HPCC的计算能力要求极高，为此我们一直在筛选客户需求品质过硬的服务器来构建我们的HPCC平台。在选择服务器时，选择性能“强悍”、价格经济的服我们‘聚焦’于两个指标，一是性能，二是价格。这两个指标都是务器，升级已有的HPCC平台。硬指标，都能够落实在数据上。在AMD‘伊斯坦布尔’六核处理解决方案器问世后，我们基于上述两个指标，对各大厂商的服务器进行全面引入戴尔M605刀片服务器。了严格的测试和对比，最终戴尔M605刀片服务器在测试中胜出，成为我们新一代基因研究HPCC

2、平台的主力。应用效果――方林，深圳华大基因研究院高性能计算主任计算能力提升两倍，每天产出约10个T的科研数据。华大基因研究院：世界领先的基因研究机构华大基因成立于1999年9月9日，自成立后，先后完成了国际人类基因组计划“中国部分”（1%）、国际人类单体型图计划（10%）、水稻基因组计划、家蚕基因组计划、家鸡基因组计划、抗SARS研究、炎黄一号等多项具有国际先进水平的科研工作，在《Nature》和《Science》等国际一流的杂志上发表多篇论文，为中国和世界基因组科学的发展做出了突出贡献，奠定了中国基因组科学在国际上的领先地位。目前华大基因的测序能力及

3、基因组分析能力处于世界领先地位。在多年的发展中，华大基因建设了一支具有世界一流水平的、年轻的产学研队伍，开展了广泛的国际国内科技合作与交流，开创了科学、技术、产业相互推动的发展模式，在基因组科学和产业发展领域再现了深圳速度和深圳奇迹。为加快研究进度，计划筛选最“强悍实用”的服务器来升级HPCC系统高性能计算集群（HPCC）是基因研究工作的重要工具，基因的测序、数据处理、比对分析和结果提取等，都要在HPCC上进行。“基因研究可以比喻为破译生命的终极密码，而HPCC则是这个密码的破译机。”华大基因高性能计算主任方林介绍说，“这个破译机的计算能力必须要足够强

4、大，否则根本无法支持基因研究工作的开展。以人的基因为例，如果把人的基因组都转化为数据并放在文件里，这个文件的大小约为3G，如果把与人的基因有关的辅助数据放在另外一个文件里，这个文件的大小要高达30个T。可以想象，如果把这两个文件的数据都放在计算机里进行比对和测序，将是何种的计算规模。正因为如此，为了确保基因研究工作能够高效进行，华大基因对HPCC系统的建设非常重视。”就在最近，随着研究项目的增多，华大基因之前建设的HPCC平台开始逐渐显得有些“不胜重负”，为此华大基因计划引入先进的服务器产品，升级HPCC平台。在服务器的选型上，华大基因主要关注两个核心

5、指标。第一，性能。如果把华大基因比作是一个工厂，那么HPCC就是生产车间，构成HPCC的服务器则是这个车间内的生产设备。这些生产设备的性能直接决定华大基因科研工作每天的数据产出量，直接决定着各项科研项目的进度。为此，华大基因对服务器的性能高度重视，要求必需采用先进技术和顶级配置。更重要的是，必需要通过华大基因的实际检测。也就是说，不管设备提供商“号称”其产品有多么先进和强大，或Benchmark（基准测试）的得分有多高，都不能作为最终的参考依据。而必须要把设备拿到机房，运行一些基因计算的实际工作负载，在现场测试计算能力和计算速度，然后从中选择“实际性能

6、”最强的产品。第二，价格。华大基因提出，在单台设备上少花一些钱，就意味着能够多引进一些设备，多提高一些计算能力。因此华大基因要求，在确保性能的前提下，一定要引入那些价格合理的产品，以此提高资金的利用率。除了关注产品本身价格外，华大基因还要求服务器产品的能耗要低，易用性要好，要能够很好地控制电力成本和管理成本，从而尽可能地降低降低长期使用成本。全面引入戴尔M605刀片服务器基于以上选型标准，华大基因对市场上的新一代服务器进行了全面的对比分析，更结合实际工作进行了深入的测试。最终，华大基因决定全面引入戴尔M605刀片服务器，来升级HPCC系统。2009年8

7、月，根据华大基因的需求，戴尔提供了68片M605刀片服务器和5个M1000e刀片服务器机箱，这些刀片服务器的配置具体为：AMD六核皓龙2435处理器（代号“伊斯坦布尔”，2.6GHz）；16GB内存（8×2GB）；一块146GB的SATA硬盘。这些半高的M605刀片服务器全部被插装在M1000e机箱内，每个M1000e机箱可以插装16片M605。68片M605全部插装完毕后，M1000e机箱还有一些空闲的空间。由于M1000e机箱的兼容性非常好――既能支持半高的刀片，又能支持全高的刀片；既能支持基于AMD处理器的服务器，又能支持基于英特尔处理器的服务器

8、――为此华大基因又在M1000e机箱剩余的空间内插装了之前购买的全高的戴尔M710刀片服务器（