RAD技术 华大基因

《RAD技术 华大基因》由会员上传分享，免费在线阅读，更多相关内容在行业资料-天天文库。

1、RAD技术华大基因白洁2012-2-24RAD技术RAD（restrictionassociationsiteDNA）是与酶切位点相关的DNA。RAD可以做为一种标签用做定位。通过对RADtag的测序可以获得RADtag上的SNP，用于遗传图谱的构建，从而进行数量性状位点QTL定位。RAD是基于新一代测序的一种快速而且高通量的基因分型技术。它能够降低基因组的复杂度，同时不受参考基因组的限制，操作简便，能够快速的鉴定出高密度的SNP位点，可以广泛应用于群体的遗传学研究。RAD应用领域RAD-Seq基因组survey（杂合度、重复序

2、列）RAD-SeqMap（遗传图谱构建）RAD-Seq（群体进化）RAD-Seq其它应用RAD作图方案RAD实验流程1、DNA提取、RNase处理2、酶切处理3、P1adapter连接4、样品的pooling5、P1接头DNA片段随机打断5、胶回收300-500bp、500-700bp片段6、末端修复7、加“A”8、连接P2adapter9、PCR扩增10、高通量测序RAD信息分析流程分析方案基本信息分析•测序数据基本分析•RADtag产出数据统计•个体RADtag聚类高级信息分析•群体RADtag聚类•SNP检测•遗传图

3、谱构建定制化信息分析•QTL定位（需提供表型数据）•遗传图谱整合（需提供原图谱数据）SNP分型案例交付指标SE51测序PE91测序二倍体物种，基因组大小为Nbp，基因组大小为4*108bp—3.5*109bp。与同类技术相比优劣势技术特点和优势不需要参考基因组；时间快：完成图谱构建只需要2~3个月的时间；图谱精度相对较高；所需测序的数据量低，所需费用低。特别适合于大样本的研究。RAD技术发表文章①Miller等（GenomeResearch,2007）应用RADmarkers在果蝇作图群体中将一个重组位点快速定位在150

4、kb范围区域。②Baird等（PLoSone,2008）通过三刺鱼（96个F2子代加亲本）选用SbfI酶分别对双亲和子代进行RAD-Seq，总计获得13,000SNPs，并且定位得到两个重要性状。③Baxter等（PLoSone,2011）通过对小菜蛾的24个个体（22个回交1代群体，2个亲本）进行RAD-Seq测序将小菜蛾多杀菌耐药性（孟德尔性状）定位到W/Z性染色体上，并利用2,878个RADalleles构建连锁图谱，获得31个连锁群。④Chutimanitsakun等（BMCgenomics,2011）利用RAD-Seq技术

5、对93株大麦DH作图群体进行研究，获得530个SNPmarkers，应用其中的445个SNP，结合之前的marker构建连锁图谱，QTL定位。RAD应用于进化研究RAD-seq在表达水平的应用