《华大基因广告》word版

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1、动植物重测序五大研究方案2013/08/01　　随着越来越多的物种基因组被破译，重测序的应用也日趋广泛。历时半年，华大科技科研团队根据动植物群体样本类型以及研究领域特点，并融合多年的项目经验，隆重推出重测序研究五大方案，为您提供系统全面的一站式服务，助力项目申请和高水平文章的发表！ 方案一：育成动植物驯化基因挖掘方案研究目的：　　针对不同的品种/品系，通过群体内pooling建库的方法，进行全基因组重测序（5X/群体），采用生物信息学方法全基因组范围内扫描变异位点，并进行选择性清除分析（SelectiveSweeps），结合相关区域的基因功能注释信息，挖掘驯化相关的基因，剖析家养动

2、植物的驯化条件、驯化过程及其进化动力。技术路线：  研究方案：样本量选择：家养动植物各品系，及其现存祖先种（每个品系可以选择>10个个体等量DNA混合pooling）；测序策略选择：各品系多个个体poolingDNA样品进行PE101测序；测序深度选择：全基因组重测序>5Xcoverage/品系。 适用范围：驯化动物：如家鹅、家鹅、家鸭、家猫、家牛等；栽培植物：如水稻、玉米、小麦、大豆等粮食作物；苹果、梨、苜蓿、葡萄等经济作物。 方案特色：1、 高效快速：不需要作图群体，只需要驯化动植物的现有各品种的DNA样本；2、 成本降低：通过将同一品系中的多个个体（10个左右）进行pooli

3、ng测序，在兼顾品系代表性的同时最大限度地降低了测序量；3、 可行性高：目前，运用该思路成功完成驯化研究的动物包括家蚕、家鸡和家犬。  经典案例：§样品选取：–      分布于世界各地的不同品系的狼和犬，其中狼7个品系，犬14个品系 §测序策略–     对12只狼的DNA样本进行pooling测序，深度为6.2X；对60只犬的DNA样本进行pooling测序，测序深度为29.8X§分析结果–     识别了380万个遗传变异位点；–     在犬的基因组中共发现36个明显受驯化选择的区域，包含122个基因；–     发现19个与脑发育相关的基因、3个与精子受精过程竞争相关的基

4、因、10个与淀粉和脂肪代谢相关的基因。 参考文献：[1]Rubin,C.J.etal.Whole-genomeresequencingrevealslociunderselectionduringchickendomestication.Nature464,587-591;[2]Leonard,J.A.etal.AncientDNAevidenceforOldWorldoriginofNewWorlddogs.Science298,1613-1616.  方案二：eQTL方案  研究目的： 　　通过测序获得各基因型的表达数据，并作为一个数量性状，进行基因表达的数量定位分析（eQTL

5、），进而寻找控制基因表达的上游调控位点，挖掘受该基因调节的下游基因及与该基因协同作用的基因，并建立基因调控网络，从而在表达及调控两个水平上研究控制复杂性状的遗传基础。技术路线：研究方案：样本量选择：分离群体（DH,RIL,F2，F3,BC等），建议样本数100个以上。测序策略选择：有参考基因组：芯片测序/重测序(3-5X/样品)+RNA-Seq(5Mcleanreads/样品)；无参考基因组：转录组测序(2-4Gcleandata/样品)；项目周期：样本个数≤100，需90个工作日；样本个数＞100，需根据实际项目情况而定。 适用范围：拥有作图群体的动植物。 方案特色：1、更精细的

6、遗传连锁图谱（若分子标记连锁图谱未知）；2、更精确的作物农艺、经济性状（或目标性状）相关候选基因定位；3、更快捷的基因表达调控网络构建；4、可与其他结果或方案（如QTL结果，GWAS方案等）相互衔接。 经典案例：§样品选取–      368份玉米自交系（3个作图群体：Illinoishigh-oil群体，Alexho单籽粒合成群体，北京高油群体）§测序策略–      对样本分别进行转录组测序，平均每个样品6.6Gbrawdata，获得103万个SNP；使用IlluminaMaizeSNP50BeadChip获得56110个SNP，再将两部分SNP数据整合用于后续分析。§分析结果

7、–      利用RNA-seq测序以及IlluminaMaizeSNP50BeadChip的办法获得了一百多万个单核苷酸多态性（SNP）位点；–      利用全基因组关联分析的方法，对籽粒油份相关性状进行了分析，共发现74个基因（loci）与籽粒油份显著关联，其中三分之一是编码油脂代谢的关键酶基因；–      发现26个与玉米籽粒总含油量显著相关的基因，可以解释总油份83%的表型变异，为玉米油合成的遗传机制提供了视角，并有助于高油玉米的分子育种。 参考文献：[1