绪论 - biometric research program (brp)

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1、BRB-ArrayToolsVersion3.7User’sManualbyDr.RichardSimonBiometricsResearchBranchNationalCancerInstituteandAmyPengLamTheEMMESCorporationNovember,2008TranslatedbyYujianDec,2008-64-目录目录2绪论4软件目的4软件功能概览4单通道实验须知7软件安装7系统需求7安装软件7加载到Excel整理数据8整理过程概览8整理过程中的数据输入9使用整理对话框14整理步骤的输出22筛选数据24

2、点样筛选24数据转化25基因筛选27基因子集27注释数据28使用基因列表定义基因注释28自动导入基因注释30GeneOntology30数据分析32散点图工具32层次聚类分析工具33样本的多维尺度化37使用分类预测工具37分类比较分析38分类预测分析43生存分析49数量性状分析50预测分析、生存分析和数量性状分析工具中的某些可用选项51随机方差模型51用于控制假阳性比例和个数的多元置换检验51-64-指定重复实验和配对样本53GO数据库的观测值与期望值分析54ArrayTools中的可编程插件55已预装的插件55更多帮助56一些小技巧56安

3、装问题答疑59汇报问题61参考文献62感谢63写在最后64绪论-64-软件目的BRB-ArrayTools是一款为了DNA基因芯片数据分析而设计的集成软件包，由Dr.RichardSimon所领导的生物识别小组所开发（隶属于美国国家癌症研究所癌症治疗与诊断分部）。BRB-ArrayTool能够处理来自多种实验的表达谱数据，包括可视化、多维尺度、聚类基因和样本、分类预测样本等等。BRB-ArrayTools可以通过匹配DNA芯片的CloneID、GenBank号、UniGene编号连接NCBI数据库，或者通过芯片的ProbesetID连接Af

4、fy公司的NetAffy站点获取探针的详细信息。BRB-ArrayTools可以被用来分析单、双通道的基因芯片数据。该软件便携易用，表现为不受任何特定芯片平台、扫描仪器、图像分析软件或数据库的限制。ArrayTools以Excel加载宏的形式呈现，所以用户界面对于生物学家来说非常熟悉。具体的计算由Excel外部的复杂且强大的分析工具负责，对于用户则不可见。现有的工具组件会随着分析方法的发展而不断更新。软件功能概览BRB-ArrayTools可执行以下功能：整理数据向程序导入用户数据并且比对整理来自不同实验的基因。软件可以载入无限多的基因，而

5、在实验方面，之前最多导入249个的限制已在3.4版本中移除，当然，具体数目肯定会受限于计算机内存。所有探针可以只来自于一张芯片，或者最多（重复）分布在5张芯片，用户可以选择是否对每个重复分布的基因取均值，且单（例如Affymetrix）双通道芯片均适用。数据导入向导会提示输入数据的详细格式，或者使用为NCI或Affymetrix芯片特制的用户界面。一般数据应为以“tab分隔符”格式存储的文本文件（译注：NCI和Affymetrix当然可以例外）。Excel工作簿格式的数据也可以使用，但会在导入时被ArrayTools自动转换为“tab分隔符

6、”的文本格式。基因标注数据可以通过识别号被Affymetrix或Source数据库自动标注，标注内容会随着分析输出结果一同呈现，并且GeneOntology（GO）的分类名称可被用于分类比较分析、分类预测、生存分析和数量性状分析。GO的结构文件可以从GO站点自动更新。筛选，标准化和取基因子集ArrayTools可以基于通道的信号强度对点样/探针组进行筛选（通过排除某些点或设定信号强度阈值）并进行标记。Affymetrix数据可以通过所谓的“探测认定”（DetectionCall）进行筛选。对于双通道实验，芯片的标准化通过芯片间取中位数中心化

7、进行，具体方法是或减去基于LOWESS平滑的红、绿两通道对数均值（subtractingoutalowess-smootherbasedontheaverageoftheredandgreenlog-intensities），或指定一系列对数比值的中位数为0的管家基因。对于单通道实验，芯片通过一参照芯片进行标准化，使得其它芯片上所有基因（或仅指定部分管家基因）对于该参照芯片差值的中位数为0。参照芯片可由用户指定，或自动选择一中位数芯片（即该芯片对数比值的中位数为所有其它芯片对数比值中位数的中位数）。每张芯片的标准化单独进行。异常值可以被截断

8、（译注：即通过设定阈值进行筛选，见后文筛选数据一节）。-64-基因可以通过人为设定阈值进行筛选，比如其表达量位于所有芯片表达量中位数两侧的某个比例外，某个差值外，或缺失值在所有芯