基于多基因位点的长江流域及淮河流域沙塘鳢属鱼类遗传多样性与种群遗传结构分析

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1、学校代码：10264研究生学号：M120110255上海海洋大学硕士学位论文基于多基因位点的长江流域及淮河流域题目：沙塘鳢属鱼类遗传多样性与种群遗传结构分析Multilocusgeneticdiversityandpopulation英文题目：structurefortheOdontobutisdistributedinYangtzeriverbasinandHuaiRiver专业：生物学研究方向：鱼类分子系统进化姓名：李强刘至治副教授指导教师：李晨虹教授二O一五年六月三十日1上海海洋大学学位论文原创性声明本人郑重声明：我恪守学术道德，崇尚严谨学风。所呈交的学位论

2、文，是本人在导师的指导下，独立进行研究工作所取得的成果。除文中已经明确注明和引用的内容外，本论文不包含任何其他个人或集体已经发表或撰写过的作品及成果的内容。论文为本人亲自撰写，我对所写的内容负责，并完全意识到本声明的法律结果由本人承担。学位论文作者签名：日期：年月日上海海洋大学学位论文版权使用授权书学位论文作者完全了解学校有关保留、使用学位论文的规定，同意学校保留并向国家有关部门或机构送交论文的复印件和电子版，允许论文被查阅或借阅。本人授权上海海洋大学可以将本学位论文的全部或部分内容编入有关数据库进行检索，可以采用影印、缩印或扫描等复制手段保存和汇编本学位论文。保

3、密□，在年解密后适用本版权书。本学位论文属于不保密□学位论文作者签名：指导教师签名：日期：年月日日期：年月日2上海海洋大学硕士学位论文答辩委员会成员名单姓名工作单位职称备注赵金良上海海洋大学教授主席程起群东海水产研究所研究员委员鲍宝龙上海海洋大学教授委员姜佳枚上海海洋大学讲师秘书答辩地点图文中心512答辩日期201506053上海海洋大学硕士学位论文基于多基因位点的长江流域及淮河流域沙塘鳢属鱼类遗传多样性与种群遗传结构分析摘要本研究采集了17个地理种群163尾个体的沙塘鳢属（Odontobutis）鱼类，依次为中华沙塘鳢5个种群：宜都种群（YiDoupopulat

4、ion，简称“YD”）8尾、宜昌当阳种群（DangYangpopulation，简称“DY”）10尾、荆州种群（JingZhoupopulation，简称“JZ”）10尾、岳阳洪湖种群（HongHupopulation，简称“HH”）6尾和鹰潭种群（Yingtanpopulation，简称“YT”）10尾；河川沙塘鳢12个种群分别为：六安种群（LuAnpopulation，简称“LA”）10尾、巢湖种群（ChaoHupopulation，简称“CH”）10尾、宣城种群（XuanChengpopulation，简称“XC”）10尾、黄山种群（HuangShangpo

5、pulation，简称“HS”）9尾、淮安种群（HuaiAnpopulation，简称“HA”）10尾、扬州种群（YangZhoupopulation，简称“YZ”）10尾、高邮种群（GaoYoupopulation，简称“GY”）10尾、靖江种群（JingJiangpopulation，简称“JJ”）10尾、湖州九里桥种群（HuZhouJiuliqiaopopulation，简称“HZJ”）10尾、湖州太湖种群（HuZhouTaihupopulation，简称“HZT”）10尾、苏州种群（SuZhoupopulation，简称“SZ”）10尾和上海种群（Shan

6、gHaipopulation，简称“SH”）10尾。通过线粒体分子标记（线粒体全长与D-loop区）和核基因标记（3个EPICs标记与微卫星标记）的扩增，分析了我国长江流域及淮河流域沙塘鳢属鱼类的种群遗传多样性与遗传结构，并探讨了这种遗传多样性差异性分布的空间格局成因以及与地理环境之间的关系。主要结果如下:1.长江流域沙塘鳢属鱼类线粒体基因组重排与分子标记筛选采用引物步移法PCR扩增，获得全长为16846bp的河川沙塘鳢(Odontobutispotamophila)线粒体全基因组（mtDNA），并对其基因结构、重排机制及在系统发育中的应用进行了分析。主要结果为：

7、(1)河川沙塘鳢mtDNA由37个基因和一个非编码控制区组成；除ND6和8个tRNAs外，其他基因都编码在重链(H)上；tRNA基因因发生滑移重排(shuffling)，将经典的线粒体基因组HSLHisserLeuserLeuHis(tRNA-tRNA-tRNA)排序变成了SLH(tRNA-tRNA-tRNA)排列，造LeuHisSer成在tRNA与tRNA、ND4与tRNA之间分别插入了320bp和42bp的两个“匿名IV上海海洋大学硕士学位论文区”。（2）检测的112种鲈形目(Perciformes)鱼类中，仅有13种(11.61%)发生了mtDNA基因重排现

8、象，而沙塘