拟南芥和玉米incrnas的比较基因组分析

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1、分类号Ｑ２８密级学号１２２０７０硕：ｔ学位论文（学术型）题目拟南芥和玉米ｉｎｃＲＮＡｓ的比较基因组分析作者宿姐指导教师李广林副教授－级学科名称生物学二级学科名赖细胞生物学提交日期二〇—五年五月学位论文原创性声明本人声明所呈交的学位论文是我在导师的指导下进行研巧工作所取得的研巧成果？尽我所知，除文中已经法明引用的内容和致谢的地方外，本论文不包含其他个人或集体已经发表或撰写过的研宛成果，也不包含本人或他人已申请学位或其他用途使用过的成果。財本文的研巧做出重要贡献的个人和集

2、体，均己在文中作了明确说明并表示谢意。一本学位论文若有不实或者侵犯他人权利的，本人愿意承担切相关的法律责任。療艇作者签名：日撕年月日学位论文知识产权及使用授权声明书本人在导师指导下所完成的学位论文及相关成果，知识产权妇属陕西师范大学。本人完全了解陕西师范大学有关保取使用学位论文的规定，允许本论文坡査阅和借阅，学校有权保留学检路文并向国家有关部口或机构送交论文的纸质版和电子版ｉ，有权将本论文的全部或部分内容窺入有关务姬库进斤检索，可＾＾ｌ采用任何复制手段保存和汇编本论文。本人保证毕业离校后，发表本论文或使用

3、本论文成果时著名单位仍为陕西师范大学。保密论文解密后适用本声明。作者签名：裔脈日期！年月日摘要一长链非编码ＲＮＡ一ｎ（ＩｎｃＲＮＡｓ）是类新型的ＲＮＡ分子，其长度般大于２００ｔ，并且缺乏编码能力。长链非编码ＲＮＡ可在转录和转录后水平调节基因的表达，它们可作为信号分子、诱巧分子、引导分子和支架分子来发挥其对鞭基因的调控作用。植物中长链非编码ＲＮＡ在各种生物过程中都发挥重要作用，尤其是参与到植物生殖发育和胁迫响应过程中。随着高通量测序技术的快速发展，越来越多植物中的ＩｎｃＲＮＡｓ已经或者正在被发现。然而，目前的研

4、究大多集中在ＩｎｃＲＮＡｓ的初歩鉴定和功能方面，尚未见关于植物ＩｎｃＲＮＡｓ基因自身的转录调控研巧。拟南芥（双子叶植物）和玉米（单子叶植物）作为科学研巧的模式生物，目前己经在其生理、生化、遗传发育、基因组和转录组，甚至于ＩｎｃＲＮＡｓ方面积累。了大量的数据，这为我们在拟南芥和玉米中进行ＩｎｃＲＮＡｓ的系统分衍提供了可能本文拟站在基因组学和比较基因组学的角度，对拟南芥和玉米中的虹ｃＲＮＡｓ，利用序列和保守性、多态性和进化，Ｗ及ＩｎｃＲＮＡｓ的上游启动子等分析手段，来揭示ＩｎｃＲＮＡｓ的转录调控和分子进化机制。我们的研究结果表明

5、：１．序列特征结果表明拟南芥和玉米ＩｎｃＲＮＡｓ的长度分布并不集中，碱基组成和ＧＣ含量也明显不同；２０８Ｉｎｃ．拟南芥２７条和玉米６６８条ＲＮＡｓ中只有７５对ＩｎｃＲＮＡｓ中的十几个碱基匹配一ｃｓ；进步分析拟南芥亲缘关系较近的５个物种，只有３０条ＩｎＲＮＡ是５个物种共有的，共有的ＩｎｃＲＮＡｓ比对结果表明ＩｎｃＲＮＡｓ的全局保守性较差，但部分区段保守性高；３．通过全长ｃＤＮＡ法我们仅预测了拟南芥和玉米中１４和３８条虹ｃＲＮＡｓ的转录起始位点ｃ－ｋ。利用两个物种ＩｎＲＮＡｓ上游区域的ＧＣｓｅｗ，在拟南芥和玉米中分别预测

6、出２３５６和６６０条ＩｎｃＲＮＡｓ的转录起始位点；利用ＰｌａｎｔＣＡＲＥ在拟南芥和玉米ＩｎｃＲＮＡｓ上游分别找到１５９和１４６种顺式作用元件，两物种顺式作用元件差异性很小。４＞．３０１１１〇脚乂５可＾１２９条保守性较高的，！分为类，构建其进化树结果表明亲缘关系较近的物种ＩｎｃＲＮＡｓ的同源性也不高，ＩｎｃＲＮＡｓ的进化速度较快。：ｃＲＮＡｓＩｎｃＲＮＡｓ结论拟南芥和玉米中的虹序列分析表明，物种间的保守性很差。即使把２７０８条拟南芥ＩｎｃＲＮＡｓ与其亲缘关系较近的５个物种进行比乾其保守性也是较低的，只有３０条ｃＲＮＡｓ是５个

7、物种共有的（占１１．１％）。启动子Ｉｎ分析结果表明，拟南芥和玉米共有的顺式作用元件有１４６个，它们包括环境胁迫Ｉ相关顺式元件、、激素响应相关元件、光循环相关元件、发育相关元件、核屯启动、子相关元件位点结合相关元件、其他元件Ｗ及未知功能元件八种，主要参与昼夜节律生物钟、与环境的相互作用、胁迫响应、通过激素调节植物的生长和发育等生物学过程。我们的研究结果为今后利用实验手段验证ＩｎｃＲＮＡｓ基因自身的转录调控和功能提供了很好的参考。关键词：长非编码ＲＮＡ，拟南芥Ｉ玉米，保守性，启动子ＩＩＡｂｓｔｒａｃｔＬｏｎｇｎｏ

8、ｎｃｏｄｉｎＲＮＡＩｎｃＲＮＡｉｓｎｅｗｔｅｏｆＲＮＡｓｗｈｉｃｈｈａｖｅａｌ