microrna生物标志物的数据库构建及生物信息学分析

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1、SOOCHOWUNIVERSITYyvA硕位论文论文题目microRNA生物标志物的数据库构建及生物信息学分析研究生姓名__________________孙占东指导教师姓名__________________沈百荣专业名称________________系统生物学研究方向_____组学数据整合、分析二论文提交日期2015年4月苏州大学学位论文独创性声明本人郑重声明：所提交的学位论文是本人在导师的指导下，独立进行研究工作所取得的成果。除文中已经注明引用的内容外，本论文不含其他个人或集体已经发表或撰写过的研宄成果，也不含为获得苏州大学或其它教育机构的学位证书而使用过的材料。对本文的研宄作出重要贡

2、献的个人和集体，均已在文中以明确方式标明。本人承担本声明的法律责任。苏州大学学位论文使用授权声明本人完全了解苏州大学关于收集、保存和使用学位论文的规定，即：学位论文著作权归属苏州大学。本学位论文电子文挡的内容和纸质论文的内容相一致。苏州大学有权向国家图书馆、中国社科院文献信息情报中心、中国科学技术信息研宄所(含万方数据电子出版社)、中国学术期刊（光盘版）电子杂志社送交本学位论文的复印件和电子文挡，允许论文被查阅和借阅，可以釆用影印、缩印或其他复制手段保存和汇编学位论文，可以将学位论文的全部或部分内容编入有关数据库进行检索。涉密论文口microRNA生物标志物的数据库构建及生物信息学分析中文摘要

3、microRNA生物标志物的数据库构建及生物信息学分析中文摘要microRNA是一类小的非编码RNA分子，广泛存在于真核生物中。由于它们在正常发育和疾病病变过程中，作为基因表达的调控者，因此成为了生物医学领域的研究热点。许多研究已经报道microRNA可作为候选的生物标志物，被应用于疾病或者癌症的诊断、预后和疗效等方面。本论文的研究内容可分了两个部分。第一部分，我们开发了一个高质量的网络数据库用于存储实验验证过的microRNA与癌症之间的相互关系，从而帮助癌症研究者获取更多microRNA标志物信息。miR-abc，一个人工精选的数据库，旨在提供microRNA作为人类癌症生物标志物的全面信

4、息。目前，miR-abc包含了228个microRNA与25种癌症之间的568个关系对。这些数据是通过对PubMed中的2174篇文献进行处理，从其中的430篇文献中提取挖掘出来的。miR-abc的网址为http://sysbio.suda.edu.cn/miR-abc/。第二部分，基于生物信息学模型，我们分析了人类microRNA-mRNA调控网络，识别可用于脓毒症早期诊断的microRNA生物标志物。通过分析microRNA表达数据和microRNA-mRNA的调控网络，我们获得了脓毒症候选的microRNA生物标志物。我们利用通路分析，本体论富集分析，蛋白互作网络分析和ROC曲线分析验证

5、这些microRNA作为生物标志物的可靠性。最终，我们识别了8个新的脓毒症诊断生物标志物。关键词：microRNA，生物标志物，数据库，癌症，脓毒症作者：孙占东指导老师：沈百荣IAbstractDatabaseconstructionandbioinformaticsanalysisformicroRNAbiomarkerDatabaseconstructionandbioinformaticsanalysisformicroRNAbiomarkerAbstractMicroRNAs(miRNAs)aresmallnoncodingRNAmoleculesnaturallyoccurringi

6、neukaryotes,whichhavebecomearesearchhotspotinthebiomedicalareabecauseoftheirfunctionasgeneexpressionmodulatorsduringdevelopmentanddisease.ManystudieshaveshownthatmiRNAsascandidatebiomarkersareusedfordiseaseorcancerdiagnosis,prognosisandtreatmentresponse.Thecontentsofthisdissertationaredividedintotwo

7、parts.Inpartone,wedevelopedahigh-qualityonlinedatabasetostoreexperimentallysupportedmiRNA-cancerrelationship,therebytohelpcancerresearcherstogetmoreresourceonmicroRNAbiomarkers.miR-abc,themanuallycura