microrna深度测序数据分析的生物信息学算法及应用

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2、文档的内容和纸质论文的内容相一致。苏州大学有权向国家图书馆、．中国社科院文献信息情报中心、中国科学技术信息研究所(含万方数据电子出版社)、中国学术期刊(光盘版)电子杂志社送交本学位论文的复印件和电子文档，允许论文被查阅和借阅，可以采用影印、缩印或其他复制手段保存和汇编学位论文，可以将学位论文的全部或部分内容编入有关数据库进行检索。一涉密论文口本学位论文属在．年月解密后适用本规定。非涉密论文口论文作者签名：盔萋日导师签名。-7铲日期：参mr、≯。期：沙Iz·p五zmicmRNA深度测序数据分析的生物信

3、息学算法及，衄用中文摘要microRNA深度测序数据分析的生物信息学算法及应用中文摘要随着深度测序技术的发展，涌现出许多新的软件和工具，它们应用在发现新的microRNA(miRNA)以及对于miRNA表达谱的分析。在这篇论文中，我们对于相关的八款软件，基于它们的公共特点和主要算法做了评估。三组不同的深度测序数据来自于不同的物种，并且用它们来评估计算时间，探测到已矢I]miRNA的敏感性和准确性，以及预测新的miRNA的能力，我们的这项研究为科研人员提供了一个有用的信息，便于选择一个更好的工具来解决

4、实际问题，比如：对于深度测序数据，选择一个适当的软件来发现新的miRNA或者分析miRNA的表达谱。研究方法是选取了线虫，鸡和人的三套深度测序数据。运行平台是使用X一8664bits的Ubuntu8．04．4版本。敏感性的公式是Sensitivity(Sen)=TP／(TP+FN)。准确性的公式Accuracy(Acc)=TⅣ(TP+FP+FN)。线虫，鸡和人的序ylJDAN序列和基因注释来自UCSCGenomeBrowser。使用mfold对于新的miRNA进行二级结构的预测。使用对于三套深度测序

5、数据集，运行时间上miRExpress和mireap所用的时间较短，而miRDeep和MIReNA所有的时间较长。预测已知miRNA的能力从两方面分析：一个是敏感性，另一方面是准确性。敏感性方面，miRExpress和DSAP在预测线虫数据集时，达到最高值，miRExpress，DSAP和mirTools在预测鸡数据集时，达到最高值，miRanalyzer在预测人数据集时达到最高值。敏感性方面，miRDeep在预测线虫时，表现最好，mirTools在预测鸡时，表现最好，而在预测人时，miRExpre

6、ss贝JJ表现最好。对于三个物种，miRDeep，mireap和MIReNA所预测出的已知miRNAs的文氏图：在预测线虫方面，它们有较高的重叠交叉，而在预测鸡和人方面，它们有较低的重叠交叉。这三套软件在预测线虫方面，得出的结果比较聚集，而在预测人方面，得出的结果比较分散。在预测新的miRNA方面，如果它是线虫，首选是MIReNA，接下来可以选择mireap或miRDeep，如果是脊椎动物，首选是mireap，接下来可以选择miRDeep或miRTRAP，如果是哺乳动物，首选是MIReNA，接下来可

7、以选择miRDeep或mirTools。中文摘要microRNA深度测序数据分析的生物信息学算法及应用对于miRNA的深度测序的数据分析，选择一款“合适”的软件是至关重要的，在选择软件之前，一定要确定物种的基因注释是否存在，在这八款软件中，miRExpress可以用于任何物种，但是mfold和RNALogo必须用在新的miRNA的发现。DSAP可以用于比较miRNA基因组。合适的软件的选择还要基于输入和输出文件的要求。关键词：深度测序，miRNA，准确性，敏感性，预测新miRNA的能力Ⅱ作者：李粤指

8、导教师：沈百荣教授BioinformaticsalgorithmsandapplicationformicroRNAdeep-sequencingdataanalysisAbstractalgorithmsandapplicationformicroRNAdeep_sequencingdataanalysisAbstractWiththedevelopmentofnextgenerationsequencing(NGS)technique，manysoftwareto