魁蚶转录组文库的构建分析及免疫相关基因的克隆、表达、抗菌活性研究

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1、学校代码：10264研究生学号：M120101017上海海洋大学硕士学位论文魁蚶转录组文库的构建分析及免疫相关基因题目：的克隆、表达、抗菌活性研究Construction,AnalysisoftheTranscriptomeLibrary,andCloning,Expression,Antibacterial英文题目：ActivityStudyofImmune-relatedGenesinScapharcabroughtonii专业：水产养殖研究方向：贝类分子免疫姓名：郑利兵指导教师：刘志鸿研究员

2、2015年4月10日谨以此文献给我的导师刘志鸿研究员以及所有关心和支持我的人-------郑利兵魁蚶转录组文库的构建分析及免疫相关基因的克隆、表达、抗菌活性研究学位论文完成日期：指导老师签名：答辩委员会成员签名：上海海洋大学学位论文原创性声明本人郑重声明：我恪守学术道德，崇尚严谨学风。所呈交的学位论文，是本人在导师的指导下，独立进行研究工作所取得的成果。除文中已经明确注明和引用的内容外，本论文不包含任何其他个人或集体已经发表或撰写过的作品及成果的内容。论文为本人亲自撰写，我对所写的内容负责，并完全

3、意识到本声明的法律结果由本人承担。学位论文作者签名：日期：年月日上海海洋大学学位论文版权使用授权书学位论文作者完全了解学校有关保留、使用学位论文的规定，同意学校保留并向国家有关部门或机构送交论文的复印件和电子版，允许论文被查阅或借阅。本人授权上海水产大学可以将本学位论文的全部或部分内容编入有关数据库进行检索，可以采用影印、缩印或扫描等复制手段保存和汇编本学位论文。保密□，在年解密后适用本版权书。本学位论文属于不保密□学位论文作者签名：指导教师签名：日期：年月日日期：上海海洋大学硕士学位论文答辩委员

4、会成员名单姓名工作单位职称备注王清印黄海水产研究所研究员主席李琪中国海洋大学教授委员李军中国科学院海洋研究所研究员委员李富花中国科学院海洋研究所研究员委员庄志猛黄海水产研究所研究员委员吴彪黄海水产研究所助理研究员秘书上海海洋大学硕士学位论文魁蚶转录组文库的构建分析及免疫相关基因的克隆、表达和抗菌活性研究摘要魁蚶（Scapharcabroughtonii）属于软体动物门（Mollusc），双壳纲（Bivalve），蚶目（Arcoida），蚶科（Arcoidae），毛蚶属（Arca））。壳面有42-4

5、8条放射肋，以43条者居多。主要分布于我国渤海及黄海北部。魁蚶因其个体大、生长快，肉味鲜美，富含蛋白质和多种维生素，具有很高的经济价值，是我国出口换汇率较高的水产品之一。近几年来，我们课题组对魁蚶的血细胞形态、免疫功能及种质资源和遗传多样性做过研究，发现魁蚶对鳗弧菌具有较强的抗菌功能。早期野生魁蚶资源丰富，市面上销售的也都是野生捕捞种。近年来，近海养殖规模的不断扩大和人类活动的日渐频繁，导致滩涂生态环境恶化，加之过度捕捞，野生魁蚶群体出现病害和资源量下降的现象。为恢复其资源，魁蚶增殖放流和人工养殖

6、便应运而生，且发展迅猛，为防止魁蚶在规模化养殖过程中爆发病害，需加强魁蚶抗病选育及其免疫机制研究。然而相关研究报道还较少，主要是运用传统分析学方法在细胞水平上对血细胞及其免疫功能等进行一些基础性的研究，有关魁蚶免疫系统作用的分子机制研究在国内外几乎还是空白。魁蚶功能基因的研究可为疾病防治提供理论基础，因此发掘魁蚶免疫基因、加强免疫机制研究显得尤为重要，深入挖掘魁蚶免疫因子对其产业的发展具有重要的理论和现实意义。TM本研究通过IllumiaHiseq2000技术构建并分析魁蚶转录组文库。采用拼接软件

7、Trinity对所得序列进行de-novo组装，共获得86,689条高质量unigenes（>200bp），总长度为71,873,603bp，平均长度829bp，N50长度为2256bp，N90长度是454bp，最长的序列为33,269bp。通过BLAST比对进行基因功能注释：共有22,117（25.51%）条unigenes在Nr数据库中存在相似序列，分别有21,404（24.69%）、21,207（24.46%）条unigenes在GO和PFAM数据库中注释成功，在注释成功的序列中有7,531

8、条序列被定位在31个KEGG的通路当中。结果表明：构建的魁蚶转录组文库质量较高，筛选获得的免疫相关unigenes为魁蚶功能基因的分子克隆和研究奠定基础。采用RACE技术克隆获得魁蚶锰超氧化物歧化酶（MnSOD）基因全长cDNA序列，命名为SbMnSOD。序列结构分析表明：SbMnSOD基因cDNA全长1003bp，I上海海洋大学硕士学位论文5’-和3’-非编码区（UTR）分别为32bp、275bp；开放阅读框长696bp，编码一个由232个氨基酸组成的多肽，预测的蛋白分子量为25