皮肤扩张早期mirna和mrna的变化及关键mirna筛选

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1、上海交通大学医学院硕士学位论文皮肤扩张早期miRNA和mRNA的变化及关键miRNA筛选miRNAandmRNAExpressioninEarlyStageofSkinExpansionandKeymiRNAScreening硕士生：刘文辉学号：1127239447导师：李青峰教授专业：外科学（整复外科）研究方向：创伤修复与体表器官再造项目基金：国家自然科学基金（No.81230042）申请学位级别：硕士培养单位：上海交通大学附属第九人民医院答辩日期2015年4月上海交通大学医学院硕士学位论文皮肤扩张早期miRNA和mRNA的变化及关键miRNA筛选摘要目的建立皮肤扩张模型

2、，探究皮肤扩张早期中miRNA和mRNA表达谱的变化情况。方法取6-8周SD大鼠建立扩张模型，在扩张早期取下扩张皮肤，并利用未扩张皮肤作为对照，采用AffymetrixmicroRNA3.0平台和AffymetrixGeneChipRatGene1.0ST检测扩张早期miRNA和mRNA的表达变化；利用统计学方法初步筛选出表达发生变化的miRNA和mRNA，并根据差异表达的倍数筛选出表达差异较大的关键miRNA。采用TargetScan、miRDB和IPA数据库对关键miRNA进行靶点预测；利用miRNA与靶点mRNA数量变化呈负相关的关系初步明确扩张早期miRNA可能调控

3、的mRNA靶点，建立miRNA-靶mRNA的一一对应关系。对靶点mRNA进行功能分析和通路分析，明确扩张早期关键miRNA-靶mRNA-通路的对应关系。结果筛选出了11个满足统计学差异和表达倍数变化的miRNA，明确了miRNA-靶mRNA之间的相互作用关系；这些miRNA调控的靶点参与TGF-βSignaling、ApoptosisSignaling和PDGFSignaling等通路。结论本研究筛选出了11个皮肤扩张早期的关键miRNA，调控扩张过程中的关键通路，这些miRNA可作为调控皮肤早期扩张的靶点。关键词皮肤扩张miRNAmRNA通路分析上海交通大学医学院硕士学位

4、论文miRNAandmRNAExpressioninEarlyStageofSkinExpansionandKeymiRNAScreeningAbstractObjectiveToestablishearlystagemodelofskinexpansion;todeterminethemiRNAandmRNAexpressioninearlystageofskinexpansion.Methodearlyskinexpansionmodelwasestablishedusing6-8weeksSDrat.Expandedskinsamplesweretakeninthee

5、arlystageandunexpandedskinwasusedascontrol.AffymetrixmicroRNA3.0andAffymetrixGeneChipRatGene1.0STwereundertakentorevealthemiRNAandmRNAexpressionchangeduringearlyexpansionstage.StatisticanalysiswasappliedtofiltratedifferentiallyexpressedmiRNAandmRNA,foldchangeofmiRNAswasalsocalculatedtodete

6、rminekeymiRNAs.TargetScan,miRDBandIPAwereappliedtopredicttargetsofthesekeymiRNAs.NegativecorrelationbetweenmiRNAandmRNAwasusedtodeterminetherealtargetofkeymiRNAsintheearlystageofexpansion.Result11keymiRNAwasdetectedandcorrespondingrelationbetweenmiRNAsandtheirtargetswasalsodetermined.These

7、keymiRNAsregulatepathwayslikeTGF-βSignaling、ApoptosisSignalingandPDGFSignaling.ConclusionPresentstudydetermined11keymiRNAsintheearlystageofskinexpansionandtheyregulatepathwaysplayanimportantroleinskinexpansion.ThesekeymiRNAscouldserveastargetstoimproveexpansio