新生儿肠道菌群分布特征及其影响因素

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1、上海交通大学硕士学位论文新生儿肠道菌群分布特征及其影响因素NEONATALINTESTINALFLORADISTRIBUTIONPROFILEANDINFLUNENCINGFACTORS学科专业：儿科学作者姓名：胡润芳学号：1127259586指导教师：张建华研究方向：呼吸道感染与免疫申请学位：硕士培养单位：上海交通大学附属第六人民医院指导成员：吴良霞郭盛基金资助项目：国家自然科学基金资助项目（81172887）关键词：新生儿；早产儿；肠道菌群；PCR-DGGE；高通量测序答辩日期：2015.4.29I上海

2、交通大学学位论文原创性声明本人郑重声明：所呈交的学位论文，是本人在导师的指导下，独立进行研究工作所取得的成果。除文中已经注明引用的内容外，本论文不包含任何其他个人或集体已经发表或撰写过的作品成果。对本文的研究做出重要贡献的个人和集体，均已在文中以明确方式标明。本人完全意识到本声明的法律结果由本人承担。学位论文作者签名：日期：2015年5月5日II上海交通大学学位论文版权使用授权书本学位论文作者完全了解学校有关保留、使用学位论文的规定，同意学校保留并向国家有关部门或机构送交论文的复印件和电子版，允许论文被查阅

3、和借阅。本人授权上海交通大学可以将本学位论文的全部或部分内容编入有关数据库进行检索，可以采用影印、缩印或扫描等复制手段保存和汇编本学位论文。保密□，在年解密后适用本授权书。本学位论文属于不保密□√。（请在以上方框内打“√”）学位论文作者签名：指导教师签名：日期：2015年5月5日日期：2015年5月5日III新生儿肠道菌群分布特征及其影响因素摘要第一部分DGGE分析新生儿期肠道菌群多样性及影响因素目的：利用PCR-DGGE技术，研究新生儿肠道菌群多样性的动态特征，分析影响肠道菌群多样性的相关因素。方法：采集

4、157例足月儿和72例早产儿生后第3、5、7天及3周的粪便标本，提取细菌总DNA，对其16SrDNA的V3可变区进行PCR扩增，扩增产物经DGGE电泳后计算丰富度和Shannon指数，进行统计学分析。结果：（1）新生儿肠道菌群随时间动态变化，3天到3周的丰富度均随时间增多（6.17±2.23，10.34±2.60，13.04±3.82，13.86±3.81），1周内的Shannon指数随时间上升（1.33±0.34，1.74±0.25，1.80±0.31），第3周较第7天的多样性无明显变化（P>0.05）。

5、第5天丰富度及Shannon指数明显高于第3天（P<0.001）。（2）出生方式的影响：剖宫产儿生后第3天的丰富度和Shannon指数（5.63±2.05，1.24±0.35）明显低于顺产儿（6.82±2.28，1.44±0.30，P<0.001）；第5天Shannon指数也低于顺产儿（P<0.05），1周和3周两组无差异。（3）喂养方式的影响：1周和3周时母乳喂养Shannon指数（1.75±0.32，1.79±0.32）较非母乳喂养低（1.88±0.29，1.92±0.35，P<0.05)，丰富度无差异

6、（P>0.05）。（4）胎龄的影响：足月儿3、5、7天的丰富度和3、5天的Shannon指数均明显高于早产儿。第3周两组无明显差异。结论：新生儿期肠道菌群多样性随时间呈动态性变化，3-5天为菌群发展最迅速时期。剖宫产新生儿早期的肠道菌群多样性低于顺产儿。母乳喂养多样性低于非母乳喂养。早产儿肠道菌群多样性低下，定植延迟。第二部分Illumina高通量测序分析胎龄及喂养方式对早产新生儿期肠道菌群分布特征的影响目的：应用Illumina高通量测序技术，研究胎龄及喂养方式对早产儿肠道菌群分布特征的影响。IV方法：（

7、1）选取剖宫产、母乳及人工喂养的早产儿35名入喂养组；选取剖宫产、人工喂养早产儿22名入胎龄组。（2）将粪便细菌DNA等浓度等比例混合，扩增16SrDNAV3区，应用IlluminaMiseq平台测序，分析肠道菌群组成特征。结果：（1）早产儿肠道菌群以两个细菌门类--Firmicutes、Proteobacteria、三个纲--Bacilli、Clostridia、Gammaproteobacteria为主。在科水平以Streptococcaceae、Veillonellaceae、Enterobacter

8、iaceae占主要优势。整个观察期未检出Bacteroidetes和Bifidobacterium。（2）喂养方式的影响：两种喂养方式对主要菌门和菌属的相对丰度的影响无明显差异。低丰度水平上，母乳喂养儿比人工喂养儿拥有更丰富的物种，研究发现Lactobacillus母乳组显著高于人工喂养组（P<0.05）。而Escherichia甚至在人工喂养组未能检出。另外，在不同时间点两组菌群结构也存在差异，门水平的差异主要