南海短尾大眼鲷（priacanthus macracanthus）种群判别分析

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1、学校代码：10264研究生学号：M120110204上海海洋大学硕士学位论文南海短尾大眼鲷(Priacanthusmacracanthus)种题目：群判别分析PopulationanalysisofPriacanthusmacracanthusin英文题目：SouthChinaSea专业：水生生物学研究方向：种群分子分析姓名：熊丹指导教师：李永振陈作志二○一五年六月一日上海海洋大学硕士学位论文上海海洋大学学位论文原创性声明本人郑重声明：我恪守学术道德，崇尚严谨学风。所呈交的学位论文，是本人在导师的指导下，独立进行研究工作所取得的成果。除文中已经明确注明和引用的内容外，本论文不包含任何其

2、他个人或集体已经发表或撰写过的作品及成果的内容。论文为本人亲自撰写，我对所写的内容负责，并完全意识到本声明的法律结果由本人承担。学位论文作者签名：日期：年月日上海海洋大学学位论文版权使用授权书学位论文作者完全了解学校有关保留、使用学位论文的规定，同意学校保留并向国家有关部门或机构送交论文的复印件和电子版，允许论文被查阅或借阅。本人授权上海海洋大学可以将本学位论文的全部或部分内容编入有关数据库进行检索，可以采用影印、缩印或扫描等复制手段保存和汇编本学位论文。保密□，在年解密后适用本版权书。本学位论文属于不保密□学位论文作者签名：指导教师签名：日期：年月日日期：年月日I上海海洋大学硕士学位

3、论文上海海洋大学硕士学位论文答辩委员会成员名单姓名工作单位职称备注研究员主席教授委员研究员委员研究员委员研究员委员研究员委员秘书答辩地点答辩日期I上海海洋大学硕士学位论文南海短尾大眼鲷(Priacanthusmacracanthus)种群判别分析摘要鱼类种群是鱼类分类学的基本单位，鱼类资源变动研究也是以种群为单位，是鱼类生物学研究的基础。近年来，由于全球渔业捕捞能力过剩，海洋生态破坏和环境污染，很多鱼类都面临资源威胁，作为南海重要经济鱼种之一的短尾大眼鲷的资源量也正在下降，迫切需要加强资源的合理开发和与国内外的共同管理。本文以南海短尾大眼鲷(Priacanthusmacracanthu

4、s)为研究对象，利用线粒体DNA序列分析方法判别南海北部和南部不同地理位点的短尾大眼鲷群体归属，为保护南海短尾大眼鲷资源及今后周边各国的共同开发和捕捞配额管理提供基本依据。主要研究内容如下：1.利用在南海北部陆架和南沙西南陆架采集的224尾短尾大眼鲷样品，采用线粒体控制区(mtDNAD-loop区)序列对其进行种群遗传结构分析，并探讨6个采样位点之间短尾大眼鲷种群归属关系。所得224条同源序列D-loop片段(729bp)中碱基A、C、T、G的含量分别是31.8%、19.1%、34.1%和15.0%，A+T含量为65.9%，C+G含量为34.1%，显示明显的AT偏好和反G偏倚。检测到了

5、101个突变位点和94个核苷酸多态位点，定义了172种单倍型；遗传多样性表现出高单倍型多样性(0.9805~0.9971)和低核苷酸多样性(0.0482~0.0609)的特点；单倍型网络图发现优势单倍型为Hap10、Hap29和Hap39，但没有发现显著的地理分化特征。成对的Fst分析显示各群体间的Fst值在−0.0126~0.0146之间，均小于0.05。系统发育分析和分子方差分析分析也显示各群体之间有较高的遗传同质性，遗传分化不显著，没有出现明显的地理分支或聚簇；中性检测和不对称分布分析发现南海短尾大眼鲷群体在更新世晚期发生过种群扩张。结果表明，所有采样地点采集的短尾大眼鲷群体属于

6、同一种群。2.在前面取样的基础上增加了北部湾湾内一个采样点的22尾短尾大眼鲷，一共246尾，对其群体的线粒体细胞色素b基因(cytochromeb,cytb)序列进行了扩增分析，获得了长度为684bp的同源序列，碱基A、T、C、G含量分别为22.7%、28.4%、I上海海洋大学硕士学位论文33.4%、15.5%，A+T与C+G含量分别为51.1%和48.9%。共检测到多态位点92个，占全部序列的13.45%，定义了90个单倍型。遗传多样性表现出高单倍型多样性(0.8130~0.9012)和低核苷酸多样性(0.0040~0.0053)的特点；单倍型网络图发现优势单倍型为Hap1、Hap2

7、、Hap4和Hap6，但未见有显著的地理分化特征。成对的Fst分析显示，只有南沙采样点与三亚和北部湾等三处样品的值超过0.05，分别为显著的0.0654、0.0887、0.0624，其余各群体间的Fst值在−0.0185~0.0372之间，均小于0.05，且值不显著。分子方差分析(AMOVA)表明，群体间的遗传变异仅占总遗传变异的1.25%，98.75%的遗传变异源于群体内。短尾大眼鲷群体间的分化指数(Fst)仅为0.012，群体间分化程度很低