北部湾二长棘鲷种群衰退的遗传学分析

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1、学校代码：10264研究生学号：M120110206上海海洋大学硕士学位论文题目：北部湾二长棘鲷种群衰退的遗传学分析GeneticanalysisofParargyropseditapopulation英文题目：declineinBeibuGulf专业：水生生物学研究方向：海洋生物保护多样性姓名：杨兵指导教师：李纯厚研究员二O一五年六月上海海洋大学学位论文原创性声明本人郑重声明：我恪守学术道德，崇尚严谨学风。所呈交的学位论文，是本人在导师的指导下，独立进行研究工作所取得的成果。除文中已经明确注明和引用的内容外，本论文不包含任何其他个人或集体已经发表或撰写

2、过的作品及成果的内容。论文为本人亲自撰写，我对所写的内容负责，并完全意识到本声明的法律结果由本人承担。学位论文作者签名：日期：年月日上海海洋大学学位论文版权使用授权书学位论文作者完全了解学校有关保留、使用学位论文的规定，同意学校保留并向国家有关部门或机构送交论文的复印件和电子版，允许论文被查阅或借阅。本人授权上海海洋大学可以将本学位论文的全部或部分内容编入有关数据库进行检索，可以采用影印、缩印或扫描等复制手段保存和汇编本学位论文。本学位论文属于保密□，在年解密后适用本版权书。不保密□学位论文作者签名：指导教师签名：日期：年月日日期：年月日上海海洋大学硕士

3、学位论文北部湾二长棘鲷(ParargyropseditaTanaka)种群衰退的遗传学分析摘要二长棘鲷是我国南海北部湾底拖网渔业的主要捕捞对象，根据2011-2014年调查统计分析，二长棘鲷渔获量在不同季节占北部湾总渔获物的3%-20%，最高渔获量主要出现在冬春季，具有重要的经济价值。近年来北部湾二长棘鲷种群已呈现出小型化、性早熟等衰退特征，但其资源密度却维持在很高的水平。利用传统的渔业生物学理论和方法难以完满解释上述现象，因而难以准确判断该种群的衰退状况。保护遗传学的理论和方法，从维持种群生存力，决定种群衰退进程的内在因素角度分析，可以对传统方法的结果

4、进行补充，从而实现对种群衰退状况更清晰、准确的认识。因此，文章以北部湾二长棘鲷种群为研究对象，开展其种群遗传学特征分析。首先对二长棘鲷进行微卫星标记开发，并精选出一组最优标记；之后，使用精选标记对5个北部湾二长棘鲷地理群体进行遗传多样性检测，并评价其遗传多样性特征，分析其种群遗传结构；最后，通过“有效种群大小估算”、“近亲交配程度检测”、“遗传瓶颈检测”三项检测，对北部湾二长棘鲷种群的衰退状态进行综合分析。本研究取得的主要结果如下：1、二长棘鲷微卫星标记开发对二长棘鲷基因组进行高通量随机测序，共获得二长棘鲷基因组拼接序列0.12Gbp，从中搜索得到侧翼长

5、度≥250bp的微卫星序列292条。根据微卫星序列搜索结果设计PCR引物50对。使用一个二长棘鲷野生群体（样本量48）对上述引物进行筛选和种群遗传学评价，结果共有22个标记通过筛选，其等位基因数的分布范围为2-16，平均值为6.18；表观杂合度（HO）的分布范围为0.245-0.979，平均为0.555；期望杂合度（HE）的分布范围为0.226-0.914，平均为0.617，经过Bonferroni校正后有4个标记（PE24、PE40、PE188和PE284）I上海海洋大学硕士学位论文的等位基因频率背离“哈迪·温伯格”平衡，全部标记间无连锁不平衡现象存在

6、。2、北部湾二长棘鲷种群遗传多样性分析从上述22个标记中精选出8个最优标记，对5个北部湾二长棘鲷地理群体进行遗传多样性检测。结果，5个群体的等位基因数平均值、表观杂合度平均值、期望杂合度平均值分别为66.8、0.696、0.773。在5个地理群体中共检测到80个等位基因，各标记等位基因数分布范围为3-15，平均值为10.00，各群体的等位基因数分布范围为63（B）-69（C）。在所有“群体—标记”组合中，表观杂合度的分布范围为0.333-1.000；期望杂合度的分布范围为0.574-0.918。各群体平均表观杂合度的分布范围为0.677（E）-0.709

7、（A）；期望杂合度的分布范围为0.757（C）-0.784（A）；对40个“群体—标记”组合进行―SequentialBonferroni‖校正，发现有4个组合不符合“哈迪—温伯格”平衡（校正P值≤0.00625）。3、北部湾二长棘鲷种群遗传结构分析计算各地理群体对之间的FST值，并进行显著性检验。结果显示，群体对间FST的最大值仅为0.0450，且所有FST值均为非显著性，说明各地理群体间不存在显著性的遗传差异。对5个地理种群进行个体分配分析，将假设种群数（K）设定为2、3时，所得的结果相似，即5个群体的分配图谱间没有明显的差异，同时从个体分配表中可以

8、看出，每个群体的个体都以近乎相同的比例被分配到各个假定种群中，说明将5个地理种群