草鱼感染嗜水气单胞菌mirna筛选及其功能分析

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1、学校代码：10264研究生学号：D120101001上海海洋大学博士学位论文草鱼感染嗜水气单胞菌miRNA筛选及其题目：功能分析ScreeningandFunctionalCharacterizationof英文题目：MicroRNAinGrassCarpinResponsetoAeromonashydrophilaChallenge专业：水产养殖研究方向：水产动物种质资源与种苗工程姓名：徐晓雁指导教师：李家乐教授、吕利群教授二O一五年六月上海海洋大学学位论文原创性声明本人郑重声明：我恪守学术道德，崇尚严谨学风。所呈交的学位论

2、文，是本人在导师的指导下，独立进行研究工作所取得的成果。除文中已经明确注明和引用的内容外，本论文不包含任何其他个人或集体已经发表或撰写过的作品及成果的内容。论文为本人亲自撰写，我对所写的内容负责，并完全意识到本声明的法律结果由本人承担。学位论文作者签名：日期：年月日上海海洋大学学位论文版权使用授权书学位论文作者完全了解学校有关保留、使用学位论文的规定，同意学校保留并向国家有关部门或机构送交论文的复印件和电子版，允许论文被查阅或借阅。本人授权上海海洋大学可以将本学位论文的全部或部分内容编入有关数据库进行检索，可以采用影印、缩印或

3、扫描等复制手段保存和汇编本学位论文。保密□，在年解密后适用本版权书。本学位论文属于不保密□学位论文作者签名：指导教师签名：日期：年月日日期：年月日上海海洋大学博士学位论文答辩委员会成员名单姓名工作单位职称备注陈立侨华东师范大学教授主席卢大儒复旦大学教授委员委员成永旭上海海洋大学教授委员施志仪上海海洋大学教授委员邱高峰上海海洋大学教授牛东红上海海洋大学教授秘书上海海洋大学2015年答辩地点答辩日期水产与生命学院C2176月10日上海海洋大学博士毕业论文草鱼感染嗜水气单胞菌miRNA筛选及其功能分析摘要草鱼(Ctenopharyn

4、godonidellus)产量及产值在最近几年一直位居我国和世界养殖鱼类前列。人工养殖条件下的草鱼病害较多，提高草鱼抗病力是增加养殖产量的重要途径之一。草鱼抗病性能差异与遗传有关。从转录组水平探索草鱼易感和抗病群体间的差异表达基因，对于解析不同群体间的差异及揭示形成该差异的分子机理具有重要作用。本论文通过嗜水气单胞菌人工感染草鱼，分别构建草鱼易感和抗病群体。利用高通量测序技术分析草鱼易感和抗病群体肾脏脾脏中的差异表达miRNA和mRNA。筛选其中的关键miRNA和mRNA，对其调控关系和功能进行分析鉴定。主要研究结果如下：1.

5、草鱼易感和抗病群体转录组测序分析利用Hiseq2000技术平台对草鱼易感和抗病群体肾脏脾脏文库进行高通量测序，在易感和抗病群体文库分别获得了7.09G和6.13G数据量。对测序数据进行过滤、拼接和组装后共获得199,554个转录本，其中28,311个转录本注释为己知功能蛋白。在草鱼易感和抗病群体中共有721个显著差异表达的基因。相对于易感群体，在抗病群体中有475个差异基因为上调表达，246个为下调表达。生物学功能和信号通路富集分析表明，差异表达基因主要富集到免疫相关信号通路。2.草鱼易感和抗病群体脾脏关键miRNA筛选鉴定利

6、用Hiseq2000技术平台对草鱼脾脏易感与抗病群体2个smallRNA文库进行高通量测序和表达模式分析。通过比对miRbase19.0数据库，获得61个已知miRNA，预测得到124个新miRNA。分析这185个miRNA表达情况，表明miR-451在易感群体中表达量最高，miR-101a在抗病群体中表达量最高，cid-miRn-85在两个群体中的差异倍数最大(4.12倍)。在草鱼易感和抗病群体中，共发现21个miRNA表达情况具有显著差异，其中5个miRNA在易感群体显著高表达，16个在抗病群体显著高表达。21个差异表达m

7、iRNA共预测得到287个靶基因，对这些靶基因的功能进行富集发现其中有35条通路与免疫功能相关。I上海海洋大学博士毕业论文对草鱼易感群体中高表达的5个miRNA进行后续分析。草鱼组织表达模式分析表明，lei-7i和cid-miRn-118在免疫相关组织肾脏和脾脏高表达，cid-miRn-3和miR-451在血液中高表达。细菌感染草鱼过程中，let-7i、cid-miRn-118、cid-miRn-3和miR-451均呈现出动态表达模式。使用miRanda软件预测lei-7i和cid-miRn-118在草鱼中的潜在靶基因。利用双

8、荧光素酶报告系统和过表达试验，验证lei-7i和cid-miRn-118通过靶向Citlr4和Cinfil3-6基因3‘非编码区抑制Citlr4和Cinfil3-6基因表达。组织表达谱分析发现，草鱼Citlr4基因在脾脏和肾脏中显著高表达。细菌和病毒均可影响Citlr4的表达