基于线粒体dna对中国部分地方黄牛群体系统发育的研究

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1、分类号密级UDC单位代码10733甘肃农业大学硕士学位论文基于线粒体DNA对中国部分地方黄牛群体系统发育的研究ApplicationofMitochondrialDNAMarkeronPhylogenyamongSomeNativePopulationsofChineseYellowCattle刘丽指导教师姓名吴建平教授（甘肃农业大学兰州730070）学科专业名称动物遗传育种与繁殖研究方向动物遗传学理论与应用论文答辩日期2015年5月29日学位授予日期2015年6月答辩委员会主席余群力教授评阅人杨具田教授韩向敏教授2015年6月甘肃农业大学

2、2015届硕士学位论文ApplicationofMitochondrialDNAMarkeronPhylogenyamongSomeNativePopulationsofChineseYellowCattleByLiuLiAThesisSubmittedToGansuAgriculturalUniversityinPartialFulfillmentoftheRequirementsForMasterDegreeSupervisor:Prof.WuJianpingFacultyofAnimalScience&TechnologyGansuA

3、griculturalUniversity,Lanzhou,P.R.China730070CommencementinJune,2015I甘肃农业大学2015届硕士学位论文项目资助甘肃省高等学校科研项目：基于mtDNA的周祖农耕文化中早胜牛驯化印迹研究（2013A-069）公益性行业（农业）科研专项：北方作物秸秆饲用化利用技术研究与示范（201503134）公益性行业（农业）科研专项：西北地区荒漠草原绒山羊高效生态养殖技术研究与示范（201303059）中华人民共和国国家外国专家局文教类高端外国专家项目（GDT20156200086）甘肃省

4、农业综合开发科技示范推广项目（2007-2015）II甘肃农业大学2015届硕士学位论文摘要本研究采用PCR扩增产物直接测序法测定了中国6个地方黄牛群体553个个体的线粒体DNAD-环区（mtDNAD-loop）核苷酸长度为417bp的序列（包含高变区），包括宝鸡秦川牛群体（SQB，n=158）、早胜牛（早胜）群体（GZZ，n=148）、早胜牛（和盛）群体（GZH，n=36）、平凉地方牛群体（GPL，n=112）、固原地方牛群体（NGY，n=75）和临夏地方牛群体（GLX，n=24），并引用已经提交到GenBank中的中国其他49个地方黄牛

5、群体611个个体的mtDNAD-loop区的所有序列，进而对中国55个地方黄牛群体的遗传多样性和系统发育展开系统的研究，旨在为中国地方黄牛群体的遗传资源评估、保护与可持续利用提供更多的科学依据。本研究得出结论如下：1.通过对中国55个地方黄牛群体1164个个体的mtDNAD-loop区核苷酸长度为417bp的序列进行分析，在没有考虑碱基的插入和缺失的情况下，总共检测到316个变异位点，核苷酸变异率为75.78%，包括199个单一多态位点和117个简约信息位点。突变类型总共有3种，即转换、颠换及转换与颠换共存，而且主要以转换为主。以上研究结果

6、表明，中国55个地方黄牛群体mtDNAD-loop区遗传变异较高；2.碱基组成分析表明，A+T平均含量为61.3%，显著高于G+C平均含量38.7%，可见中国55个地方黄牛群体mtDNAD-loop区碱基A与T的含量较为丰富；3.基于检测到的316个变异位点，界定了356个单倍型（H1~H356），其中236个为特有单倍型，120个为共享单倍型。研究结果表明，我国地方黄牛群体在遗传结构上虽然具有特殊性，但是也与其他地方黄牛群体存在密切关系，或表明中国地方黄牛群体之间存在广泛的单倍型共享，即中国各个地方黄牛群体之间存在着广泛的基因交流；4.计

7、算了中国55个地方黄牛群体的单倍型多样度（Hd±SD）、平均核苷酸差异数（k）和核苷酸多样度（Pi），并将各个群体的分别与整个群体总体单倍型多样度（Hd±SD）、平均核苷酸差异数（k）和核苷酸多样度（Pi）进行比较，结果显示我国地方黄牛群体拥有十分丰富的遗传多样性；5.构建的系统发育树和中介网络关系分析结果表明，中国地方黄牛群体主要有2种母系起源类型，一种是普通牛型（Bostaurus），另外一种是瘤牛型（Bosindicus）。关键词：地方黄牛群体；线粒体DNAD-loop区；遗传多样性；系统发育III甘肃农业大学2015届硕士学位论文S

8、ummaryMaternallyinheritedmitochondrialDNA(mtDNA)hasbeenusedextensivelytodetermineoriginan