基于snp的捻转血矛线虫（h.contortus）遗传多样性分析及p-糖蛋白基因核苷酸差异位点筛选

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1、学校代码：10270分类号：Q95学号：122200858上善崎皮夫爹硕士学位论文基于SNP的捻转血矛线虫（//•contortus)遗传多样性分析及P-糖蛋白基因核苷酸差异位点筛选学院：生命与环境科学学院专业：动物学研究方向：动物生物技术研究生姓名：葛程指导教师：冯新港完成日期：2015年4月上海师范大学学位论文原创性声明本人郑重声明：我恪守学术道德，崇尚严谨学风。所呈交的学位论文，是本人在导师的指导下，独立进行研究工作所取得的成果。除文中已明确注明和引用的内容外，本论文不包含任何其他个人或集体已经发表或撰写过的作品及

2、成果的内容。论文为本人亲自撰写，我对所写的内容负责，并完全意识到本声明的法律结果由本人承担。论文作者签名：翁年（月/曰上海师范大学学位论文版权使用授权书学位论文作者完全了解学校有关保留、使用学位论文的规定，同意学校保留并向国家有关部门或机构送交论文的复印件和电子版，允许论文被查阅或借阅。本人授权上海师范大学可以将本学位论文的全部或部分内容编入有关数据库进行检索，可以采用影印、缩印或扫描等复制手段保存和汇编本学位论文。保密•，在年解密后适用本版权书。本学位论文属于不保密U�校内导师签名：校外导师签名X6rty月论文作者签名

3、：本论文经答辩委员会全体委员审查，确认符合上海师范大学硕（博)士学位论文质量要求。以下答辩委员会签名主席（工作单位、职称）：委员：rKW导师：SchoolCode:10270CLC:Q95StudentNumber:122200858ShanghaiNormalUniversityMasterThesisGeneticvariabilityandSNPscreeninginP-glycoproteingeneofHaemonchusContortusDepartmentCollegeofLifeandEnvironmen

4、tScienceMajorZoologySpecialtyZoologicalbiotechnologyAthorGeChengSupervisorFengXinGangDateApril,2015论文题目：基于SNP的捻转血矛线虫（H.contortus）遗传多样性分析及P-糖蛋白基因核苷酸差异位点筛选学科专业：动物学学位申请人：葛程指导教师：冯新港摘要捻转血矛线虫病是畜群中流行较为广泛的寄生虫病。该病主要由寄生于牛、羊等反刍动物真胃及小肠的捻转血矛线虫引起。此病在世界范围内均有发生，常造成放牧动物贫血、水肿、衰弱和消

5、化紊乱，对畜牧业造成巨大经济损失。目前，捻转血矛线虫病的防控仍然以抗蠕虫类的药物治疗为主要形式，且频繁用药有可能使得抗药性虫株产生与扩散。因此，发现捻转血矛线虫的抗药标记分子、探索其抗药机制，对于合理用药和新药物开发具有重要的指导意义。而抗药性的研究与种群遗传多样性有着密切关系。已有研究显示，线虫种群的遗传多样性明显受地理隔离影响，加之我国放牧动物呈现流动性加强的趋势，因此，研究捻转血矛线虫的种群遗传多样性，将大大有利于揭示其种群遗传差异和指导抗药性相关研究。目前对于捻转血矛线虫种群遗传学和抗药性标记位点的研究，主要是通

6、过单个特征性标记位点实现的，包括微卫星、线粒体基因及核糖体基因等。而这些方法都需要极大的样本数目和多次重复实验来完成，且存在一定的稳定性误差。更为重要的是虫体抗药性的产生往往涉及多基因多性状的适应和变化，因此，如何同时发现虫体的上述多基因变异特征，成为研究者们关注的前沿和亟待解决的难题。近年来，随着下一代测序技术(next-generationsequencing)的发展，为研究者们提供了在基因组范围内探索多基因复杂性状的有力工具。因此，本研究首次采用高通量测序的方法，在全基因组范围内对捻转血矛线虫的单核苷酸多态性(SN

7、P)进行评估，并通过核苷酸差异位点变化来研究种群的遗传多样性及筛选抗药性相关基因或标记分子，旨在为深入探索捻转血矛线虫种群基因组学(populationgenomics)和发现抗药性标志分子提供基础资料。通过基于SNP的方法，选取中国湖北、内蒙、西藏和四川的现场虫株以及英I国的抗药虫株、澳大利亚的标准虫株为研究对象，通过第二代测序技术2b-RAD对不同种群虫株进行测序，获得不同种群的SNP位点，通过比较不同地区或不同株系捻转血矛线虫的SNP数据，分析这些实验虫株的种群遗传多样性特征，发现抗伊维菌素虫株P-糖蛋白基因的抗药

8、性相关位点。结果表明：种群内部存在较低程度的遗传分化；中国地区4个现场株种群间处于中等遗传分化程度，中国地区4个现场株种群、澳大利亚标准株种群及英国抗药株种群之间处于较大的遗传分化程度。说明不同国家地理起源的种群，由于受地理隔离的影响，遗传分化水平较高；而我国国内的不同地理株种群，由于地理隔离水平受限，遗传分化水平适