利用古代dna信息研究家鸡起源驯化模式

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1、分类号：单位代码：密级学号：学位论文利用古代信息研究家鸡起源驯化模式研究生：向海指导教师：赵兴波教授申请学位门类级别：农学博士专业领域名称：动物遗传育种与繁殖研究方向：动物遗传资源与进化生物学所在学院：动物科技学院二一五年五月分类号单位代码：密级学号：学位论文利用古代信息研究家鸡起源驯化模式研究生向海指导教师赵兴波教授申请学位门类级别农学博士专业领域名称动物遗传育种与繁殖研究方向动物遗传资源与进化生物学所在学院动物科技学院二〇一五年五月GraduateDissertationThepatternofchickenoriginanddomesticationr

2、evealedbyancientDNAanalysesGraduateStudent:HaiXiangSupervisor:Prof.XingboZhaoMajor:Animalgenetics,breedingandreproductionChinaAgriculturalUniversityBeijing100193May2015本研究得到以下项目资助国家重点基础研究发展计划项目编号：独创性声明本人声明所呈交的学位论文是我个人在导师指导下进行的研究工作及取得的研究成果。尽我所知，除了文中已经注明引用和致谢的内容外，论文中不包含本人和其他人已经发表或撰写过

3、的研究成果，也不包含为获得中国农业大学或其它教育机构的学位或证书而使用过的材料。与我一同工作的同志对本研究所做的任何贡献均已在论文中作了明确的说明并表示了谢意。学位论文作者签名：〈、时间：咖‘年月日关于学位论文使用授权的说明本人完全了解中国农业大学有关保留、使用学位论文的规定。本人同意中国农业大学有权保存及向国家有关部门和机构送交论文的纸质版和电子版，允许论文被查阅和借阅；本人同意中国农业大学将本学位论文的全部或部分内容授权汇编录入《中国博士学位论文全文数据库》或《中国优秀硕士学位论文全文数据库》进行出版，并享受相关权益。学位论文作者签名：时间：年月曰导师签

4、名时间：口《年月摘要现代家鸡起源于原鸡，但其驯化地、驯化时间及扩散路线等驯化模式问题已经争论了一个多世纪，其争论的主耍焦点是做为现代家鸡祖先的红原鸡的野生种目前的栖息地主要集中在亚洲南部地区，而世界上最早的家鸡遗骸却出土于黄河中游地区。要解析家鸡起源驯化模式，必须澄清黄河中游地区的古代遗骸的物种属性及与现代家鸡的遗传关系。通过环介导引物介导的方法，我们对个鸡骨残骸进行了分析。样本分别来自黄河流域中下游距今约年的南庄头遗址、距今约年的磁山遗址和距今约年的王因遗址，以及长江中游距今约年的九连缴战国楚墓遗址。我们还对南庄头遗址、磁山遗址的骨骼样品进行了碳〗年代测定

5、。研究结果表明：（南庄头遗址的古代样本来自新石器时代早期文化堆积层距今约年；磁山遗址的古代样本来自典型的新石器时代磁山文化堆积层距今约年；（获得了来以上个遗址的个样品的线粒体基因序列。通过与鸡形目个属的条基因同源序列的遗传分析发现古代样本均源于原鸡属群体；获得了来自以上个遗址的个样品的线粒体控制区序列，通过与条发表的古序列和条来自个原鸡种的同源序列的聚类分析，发现现代家鸡的祖先单倍型群类型在距今约一万年的新石器时代黄河流域中游地区的古代群体中就已经存在，揭示出黄河流域的原始种群是现代家鸡的祖先之一，并证明了中国北方地区曾经存在早期家鸡驯化事件；（全新世早期以

6、来华北平原地区气候和环境变化巨大，南庄头遗址和磁山遗址出土的大量热带动植物证明全新世早期中国北方的环境适合原鸡生存。最早的粟类栽种及猪、狗驯化说明当时的生产力发展水平足以进行家鸡驯化。新石器时代早期家鸡遗传多样性丰富反映其驯化的早期阶段，揭示出华北地区从南庄头遗址转型农业到磁山遗址成熟农业的逐渐发展过程；（亚洲南部地区的原鸡和现代家鸡群体拥有独特的单倍型，综合农业起源证据，认为家鸡是多地区多物种起源，但亚洲南部的家鸡驯化开始时间还有待进一步探寻。本研究建立了适用于古代家鸡考古样本研究的技术平台，首次报道了距今超过年的古代家鸡样本序列，并获得了世界上最古老的家

7、鸡样本序列，发现中国北方地区是除南亚东南亚地区之外另一个重耍的家鸡起源地，其驯化时间从距今大约年的新石器时代早期就已经开始。关键词：古代，鸡，起源，驯化，黄河流域AbstractThemoderndomesticchickenisoriginatedfromancientjunglefowls,yettheoriginallocations,timingsanddispersalhavebeenremainingcontroversialformorethanacentury.Thefocalpointofthedisputeisthatmoderngall

8、usarelivinginareaofsouther