黄喉拟水龟种群分化与种质资源研究

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1、学校代码：10264研究生学号：D120101002上海海洋大学博士学位论文题目：黄喉拟水龟种群分化与种质资源研究PopulationDifferentiationandGermplasmresearchof英文题目：Asianyellowpondturtle,Mauremysmutica专业：水产养殖研究方向：水产种质资源与遗传育种姓名：赵建指导老师：朱新平研究员二O一五年四月十三日I上海海洋大学学位论文原创性声明本人郑重声明：我恪守学术道德，崇尚严谨学风。所呈交的学位论文，是本人在导师的指导下，

2、独立进行研究工作所取得的成果。除文中已经明确注明和引用的内容外，本论文不包含任何其他个人或集体已经发表或撰写过的作品及成果的内容。论文为本人亲自撰写，我对所写的内容负责，并完全意识到本声明的法律结果由本人承担。学位论文作者签名：日期：年月日上海海洋大学学位论文版权使用授权书学位论文作者完全了解学校有关保留、使用学位论文的规定，同意学校保留并向国家有关部门或机构送交论文的复印件和电子版，允许论文被查阅或借阅。本人授权上海海洋大学可以将本学位论文的全部或部分内容编入有关数据库进行检索，可以采用影印、缩印

3、或扫描等复制手段保存和汇编本学位论文。保密□，在年解密后适用本版权书。本学位论文属于不保密□学位论文作者签名：指导教师签名：日期：年月日日期：年月日II上海海洋大学博士学位论文答辩委员会成员名单姓名工作单位职称备注桂建芳中国科学院水生生物研究所研究员/院士主席中国水产科学研究院罗建仁研究员委员珠江水产研究所洪一江南昌大学教授委员胡成钰南昌大学教授委员余祥勇广东海洋大学水产学院教授委员中国水产科学研究院史燕副研究员秘书珠江水产研究所III上海海洋大学博士学位论文黄喉拟水龟种群分化与种质资源研究摘要黄喉

4、拟水龟是在亚洲曾广泛分布的龟类动物，而目前处于濒危状态。由于其较高的食用、药用和观赏价值，黄喉拟水龟养殖业发展迅速。然而对其种质资源的研究薄弱，其主要种群的遗传多样性和遗传结构不清晰，且其与近缘种安南龟的分类关系一直未能很好的解决。本研究针对黄喉拟水龟种质资源研究中的主要问题，从形态、微卫星标记、线粒体和核基因的不同水平上对黄喉拟水龟遗传资源进行评估，并安南龟与黄喉拟水龟各种群的遗传关系进行了探讨。1.黄喉拟水龟不同种群的形态变异分析本研究收集黄喉拟水龟4个不同种群的初孵稚龟，在相同环境下养殖至30

5、0g左右，进行几何形态分析。发现北方种群与台湾种群相近，南方种群与海南种群相近，而南方龟与北方龟存在较大的差异。台湾种群与北方种群也存在微弱的差异，并可通过主成分分析和判别分析区分开，说明台湾种群与北方种群也存在一定的地理隔离，从而形成了独有的种质特征。南方种群与海南种群差异较小，多数指标均不能明确分开。本研究还发现背甲和腹甲的变异程度是不同的，背甲对不同种群的辨别能力更强，而腹甲则较弱。2.黄喉拟水龟不同种群的微卫星变异分析利用微卫星分子标记对黄喉拟水龟4个主要种群的遗传多样性和遗传结构进行分析。

6、黄喉拟水龟4个种群的期望杂合度为0.7260到0.7862，遗传多样性丰富，其较高的遗传多样性为黄喉拟水龟的选育提供了丰富的种质资源。4个群体间存在显著的遗传分化。其中南方群体和海南群体关系最近，遗传距离仅0.352，且在散点图上有一定重叠，而与北方种群和台湾种群距离较远，北方种群和台湾种群虽然关系较近，但能够完全分开，说明遗传分化较大。进化树表明南方种群和海南种群形成一支，而北方种群和台湾种群形成另一支，与地理分布一致。3.利用线粒体和核基因探讨黄喉拟水龟不同种群与安南龟的进化关系测定黄喉拟水龟4

7、个种群和安南龟的3个线粒体基因序列和2个核基因序列，并进行进化分析。发现线粒体基因的进化速率较快，而核基因进化速度则慢的多，IV上海海洋大学博士学位论文证明线粒体基因组是独立于核基因组之外独自进化的，而龟类线粒体的进化速率慢于其他脊椎动物。黄喉拟水龟的DNA条形码基因COI序列种群间的遗传差异为5.3-6.7%，安南龟与黄喉拟水龟南方种群和海南种群差异小，说明安南龟与黄喉拟水龟南方种群属同一母系来源。海南种群与南方种群未发现明显进化分支，为同一类群，但北方种群与台湾种群存在较明显分化，两个种群形成各

8、自一支，说明台湾种群与大陆的北方种群隔离时间较长。这与其形态和个体大小方面的差异是一致的。在进行物种保护时应予以特别关注，台湾种群应作为单独的保护单元开展保护。基于核基因R35和RAG1研究安南龟与黄喉拟水龟的遗传关系，得出不同的结果，其中R35基因与线粒体分析结果相反，而RAG1基因则支持线粒体基因的分析结果，这说明使用单一基因对进化关系的界定有其局限性。核基因组相对线粒体基因组大得多，所以需要对核基因进行更多的研究，才能得出相对准确的结果。4.黄喉拟水龟各种群及安