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时间:2019-03-12
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1、‘犬?^it技大爱DALIANUNIVERSITYOFTECHNOLOGY硕士字位i£文MASTERALDISSERTATIONw环糊精与持久性有机污染物相互作用的分子模拟生物化工学科专业作去姓戈贺红德指忌救肺贾凌云教授.2015年6月答辩日期硕士学位论文环糊精与持久性有机污染物相互作用的分子模拟MolecularSimulationoftheInclusionComlexesofCyclodextrinspwithPersistentOrganicPolluta
2、nts作者姓名:贺红德学科、专业:生物化工学号:21218128指导教师:贾凌云教授完成日期:2015年6月大違理工大營DalianUniversityofTechnology大连理工大学学位论文独创性声明作者郑重声明:所呈交的学位论文,是本人在导师的指导下进行研究工作所取得的成果。尽我所知,除文中已经注明引用内容和致谢的地方外,本论文不包含其他个人或集体巳经发表的研究成果,也不包含其他已申请学位或其他用途使用过的成果一。与我同工作的同志对本研究所做的贡献均已在论文中做了明确的说明并表示了谢意。若有
3、不实之处,本人愿意承担相关法律责任。学位论文题目:碰IIM■胁練_聊悔伽作者签名:T-期:月日^像日_2^年_£」^雄理工大学硕士学位论文摘要持久性有机污染物(PersistentOrganicPollutants,POPs)污染土壤修复的主要难点。在于POPs以吸附态存在于土壤有机质中,生物修复效率极低已有通过轻丙基环糊精作为增溶剂提高土壤中多环芳经生物修复效率的报道,但相关研宄多局限于部分较易生物降解的污染物,对疏水及生物毒性更强的POPs还缺乏相关研宄。论文的研宄目的在于构建不同的环糊精衍生物(Cyclodextrins
4、,CDs)并从中寻找能够提高土壤中多种POPs分子向微生物的传递效率的CDs,最终加快土壤污染物修复效率。本研究首先考察了MOPAC、Gaussian两种软件的不同优化条件、优化方法对环糊精的优化情况。经过与标准结构的RMSD及能量比较,并结合相关文献报道,最终确定釆用Gauss-ian软件依次进行m3、hf7631的优化方法。并以此为基础构建出所需的pgCDs及POPs结构。分子对接部分,考察了30种不同结构的CDs与240种POPs的包合效果。以三乙---环糊精和磺丁基--cd-0醜基PP环糊精为代表,其对節并[123花的结合能分别为1.6
5、0,,]---kcal/moK8.87kcal/mol环糊精对其结合能仅为.10kcl/mol。,而未经修饰的P7a对接分析表明,在环糊精的2位与6位轻基修饰物中,2位修饰更有利于提高其包合稳定性。-26-0-甲基-环糊精在包合效果和水溶性上其中磺丁基环糊精与全(,均满足实际要求。,)P--动力学计算部分,以CHARMM、CSFF力场为基础,补充并完成了購丁基环糊p--精的力场制作。在周期性水环境中考察了P-环糊精、横丁基P环糊精对花的相互作用。---相对位置分析发现.6%,擴丁基P环糊精在94的情况下可以稳定包合客体分子,而P。环糊精
6、仅在79.9%的情况下稳定包合-----30-0-环糊精-0-擴丁基-0最终,从种CDs中挑选出2擴丁基P、6P环糊精、(2,6--甲基环糊精三种CDs,其均能与POPs形成稳定包合物。同时通过侧链对环糊精包合)P效果分析显示,CDs的包合效果不仅与侧链结构和其取代位置、取代度有关,还与POPs分子结构存在相关性。因此,釆用POPs的在实际生物修复中,应针对污染物组成,制定个性化的环糊精使用方案。该研宄工作,尝试建立了CDs衍生物结构构建方法、编写了对接结果批处理脚本,并完成了CDs缺失力场参数的补充。可以为评价CDs在促进土壤中POPs污染物生物
7、利用率、批量对接数据处理、力场缺失状态下的动力学计算等工作提供参考。:环糊精关键词;持久性有机污染物;分子对接;动力学包合物;--I环糊精与持久性有机污染物相互作用的分子模拟MolecularSimulationoftheInclusionComlexesofCclodextrinspywithPersistentOranicPollutantsgAbstractThemaindifficultyfortheremediationof
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