黄海2号中国对虾高通量snp筛选及其与抗wssv性状的关联分析

《黄海2号中国对虾高通量snp筛选及其与抗wssv性状的关联分析》由会员上传分享，免费在线阅读，更多相关内容在学术论文-天天文库。

1、学校代码：10264研究生学号：M100107289上海海洋大学硕士学位论文“黄海2号”中国对虾高通量SNP筛题目：选及其与抗WSSV性状的关联分析High-throughoutScreeningofSNPandItsAssociationwith英文题目：WSSV-resistanceTraitsinFenneropenaeuschinensis“HuanghaiNO.2”专业：动物遗传育种与繁殖研究方向：水产动物遗传育种姓名：逄锦菲指导教师：孔杰研究员二O一三年五月上海海洋大学硕士学位论文上海海洋大学学位论文原创性声明本

2、人郑重声明：我恪守学术道德，崇尚严谨学风。所呈交的学位论文，是本人在导师的指导下，独立进行研究工作所取得的成果。除文中已经明确注明和引用的内容外，本论文不包括任何其他个人或集体已经发表或撰写过的作品及成果的内容。论文为本人亲自撰写，我对所写的内容负责，并完全意识到本声明的法律结果由本人承担。学位论文作者签名：日期：年月日上海海洋大学学位论文版权使用授权书学位论文作者完全了解学校有关保留、使用学位论文的规定，同意学校保留并向国家有关部门或机构送交论文的复印件和电子版，允许论文被查阅或借阅。本人授权上海海洋大学可以将本学位论文的

3、全部或部分内容编入有关数据库进行检索，可以采用影印、缩印或扫描等复制手段保存和汇编本学位论文。保密□，在年解密后适用本版权书本学位论文属于不保密□学位论文作者签名：指导教师签名：日期：年月日日期：年月日上海海洋大学硕士学位论文“黄海2号”中国对虾高通量SNP筛选及其与抗WSSV性状关联分析学位论文完成日期：指导教师签字：答辩委员会成员签字：上海海洋大学硕士学位论文“黄海2号”中国对虾高通量SNP筛选及其与抗WSSV性状的关联分析摘要中国对虾（Fenneropenaeuschinensis）是我国重要的经济虾类，WSSV制约我

4、国对虾养殖业的发展。传统对虾选择育种模式与分子标记辅助育种技术相结合有利于中国对虾抗病品种的选育。单核苷酸多态性（SingleNucleotidePolymorphisms,SNP）被认为是很有应用前景的分子标记技术。本研究在中国对虾转录组454高通量测序的基础上，依据预测的SNP位点设计引物，利用非标记探针HRM（HighResolutionMelting）技术，对单核苷酸突变进行验证开发。利用开发的132个SNP标记（实验室前期开发39个+本论文开发93个），对2008-2012年中国对虾抗WSSV性状测试实验中获得的抗

5、性群体和敏感群体进行了遗传多样性分析，并对各位点基因型与抗WSSV性状进行了关联分析，获得了与抗WSSV性状相关的9个SNP标记。使用RT-PCR结合RACE技术对抗WSSV相关SNP位点Contig1401-67TA所在基因——中国对虾醛缩酶基因（aldolase）进行了成功克隆，并获得了该基因cDNA全长序列。具体内容如下：一、中国对虾多态性SNP位点开发中国对虾转录组454高通量测序、contig的拼装和SNP位点的预测由国家人类基因组南方研究中心完成。依据预测的SNP位点，从造成错义突变（mis-sence）的SNP

6、位点中挑选了530个位点，共设计合成引物378组，筛选得到候选SNP位点301个并设计非标记探针，通过非标记探针HRM分型方法，在96尾2012年人工选育的“黄海2号”中国对虾群体中进行检测和验证，结果共有93个SNP位点显示多态性。每个SNP位点的观测等位基因数（Na）均为2个，有效等位基因数（Ne）分布范围1.0105~2.000，观测杂合度（Ho）的分布范围为0.000~0.9792，期望杂合度（He）的范围为0.0104~0.5026，次要等位基因频率（MAF）分布范围0.0052~0.5000。多态信息含量分析显示

7、93个位点的PIC，其平均值为0.2182，低于标准值0.5。Shannon信息指数分布范围为0.0326~0.6931，平均值为0.3330。研究结果表明，通过HRM技术对中国对虾候选SNP位点进行验证开发是一种有I上海海洋大学硕士学位论文效的方法，开发获得中国对虾SNP位点可用于后续实验研究。二、中国对虾抗WSSV相关SNP位点的筛选及关联分析利用132个SNP位点对“黄海2号”中国对虾抗性群体和敏感群体进行HRM基因分型分析，并对基因型分布频率进行卡方检验。结果显示，有9个SNP位点的10个基因型在抗性群体和敏感群体中

8、分布频率差异显著(P﹤0.05)，其中C1401-67TA的A/A型、C7695-204AG的A/G型、C283-145AG的G/G型、C12355-592CT的C/C型在两群体中差异极显著(P﹤0.01)，C6625-56CT的C/T型、C7911-209CT的T/T型、C9733-23