cnhlpp构建蛋白质相互作用连锁图生物信息学的研究论文

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1、摘要中国人类肝脏蛋白质组计划(CNHLPP，ChinaHumanLiverProteomeProject)是一项具有重大实际和前瞻意义的庞大工程。湖北大学参与其中的蛋白质相互作用研究，对430个全长eDNA基因使用酵母双杂交技术进行了大规模高通量的筛库实验，取得了大量的有意义的数据。借助生物信息学的方法，利用PIN软件，利用来自于KEGG数据库的有关信号通路的基因信息，结合人肝脏表达的关键节点蛋白数据，选取了涉及分别属于64个信号通路的185个基因和245个关键节点蛋白基因共计430个全长eDNA基因用于实验研究。然后，借助多个数据库如NCBI，SWISS—PROT

2、，KEGG，EBI，EPRD等，和软件如GeneTool，分析了整个实验过程中产生的数据，最终确认了472个相互作用对，其中422个为未经报道的相互作用对。通过酵母共转化验证得到了222个相互作用对，其中203个为未经报道的相互作用对。最终将数据通过蛋白质相互作用录入系统将未经报道的相互作用对信息提交EBI的INTACT数据库，同时使用Pajek软件对实验结果进行了可视化分析，构建了蛋白质相互作用连锁图。关键词：C1WrILPP；湖北大学；生物信息学；酵母双杂交：蛋白质相互作用AbstractCNHLPP(ChinaHumanLiverProtoomeProject

3、)issuchahugeprojectwhichisspecialandadvanced．HubeiUniversitytookpartintheprotein—proteininteractionsresearch，thenfmishedthebigscalescreenlibrarybyusingyeasttwohybridto430fulllengthcDNAgenes，andobtainedalotofimportantdata．Byusingbioinformaticsmethod，geneinformationaboutpathwayfromKEGOda

4、tabase，PINsoftware，anddatabaseaboutkeyjointproteinswhichCanbeexpressedinhumanliver，Itooktotal430fulllengtheDNAgeneswhich185genesbelongto64pathwaysand245keyjointproteingenesforexperimentresearch．ThenIanalyzedallofdatawhichcamefromexperimentbyusingmanydadabasessuchasNCBI，SWISS—PROT，KEGG，

5、EBI，HPRD，softwaresuchasGeneTool，etc．Atlast，Iconfirmed472interactionpairs，422ofthemarenovelinteractionpairs．222interactionpairswereconfirmedbyyeastretransformation，203ofthemarenovelinteractionpairs．Finally，IsubmittedtheinformationaboutnovelinteractionpairstoINTACTdatabaseinEBIthroughPro

6、teinInteractionEntrySystem．AndIalsovisualizedtheexperimentdatabyusingPajeksoftwaretodrawaprotein-proteininteractionslinkagemap．Keywords：CNHLPP，；HubeiUniversity；Bioinformaties：Yeasttwohybrid；Protein—proteininteractions2刖暑在焉蒸因组时代，缀白质组学的研究已经成为热点。细胞建生命体结构和功能的基本单位，而蛋白质与蛋白质相曩作用网络构成了细胞生命活动的基础

7、。随善越来越多豹稳基因缓建熨弱公毒，绘铡基嚣缝蘩嚣惠懿蛋鑫矮稳互俸焉蹩已成为功能蟹国质组学的黧要内容。生物信息学是一门交叉科学，它包含了生物信息的获取、加工、存储、分配、努援、解释等在表豹联骞方覆，它练舍运震数学、诗舞瓤辩学秘生壤学熬各耱工具，来阐明和解释大量数据所包含的生物学意义。生物信息学不仅是一门新举科，更是一种藏要的研究开发工具。从科学的角度上讲，生物信息举是～门研究生物嚣生物棰关系统中信崽蠹骞与绩意浚舞夔综合系统瓣学。蛋鸯缓缝学戆硬究凌嗣样离不开生物信息学对庞大的数据嫩进行分析、娥理、存储和挖掘。各具特色的基因和鬣自质组数据库为研究的进行提供了极大的便