蛋白质相互作用相关生物信息学

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1、蛋白质相互作用相关生物信息学俞鸿E-mail:yuhong@scbit.org提纲相关概念蛋白质组相互作用数据库蛋白质相互作用的预测方法蛋白质相互作用的分析相关软件介绍蛋白质相互作用研究背景蛋白质组学的重要研究方向实验数据积累和通量蛋白质相互作用实验技术的出现研究生物学网络和通路，阐明蛋白质功能概念蛋白质A蛋白质B基因蛋白质A蛋白质B转录调控作用结合，剪切，修饰…蛋白质A蛋白质B直接的物理相互作用反应1反应2代谢通路中的蛋白质相互作用研究意义与重要性大部分细胞生命活动在蛋白质水平，而不是DNA、RNA水平生物的生物学功能常常由多个蛋白质的互作共同完成

2、激素-受体结合，核酸抑制，抗原-抗体反应，信号转导，酶的变构效应…蛋白质相互作用研究进一步揭示了生命的本质，涌现出一些重大科研成果。近十年，数个诺贝尔生理学奖与蛋白质相互作用研究有关提纲相关概念蛋白质组相互作用数据库蛋白质相互作用的预测方法蛋白质相互作用的分析相关软件介绍蛋白质组相互作用数据库数据库名说明网址BIND生物分子相互作用数据库http://bind.ca/DIP蛋白质相互作用数据库http://dip.doe-mbi.ucla.edu/IntAct蛋白质相互作用数据库http://www.ebi.ac.uk/intact/index.ht

3、mlInterDom结构域相互作用数据库http://interdom.lit.org.sg/MINT生物分子相互作用数据库http://mint.bio.uniroma2.it/mint/STRING蛋白质相互作用网络数据库http://string.embl.de/HPRD人类蛋白质参考数据库http://www.hprd.org/MPPI脯乳动物相互作用数据库http://mips.gsf.de/proj/ppi/biogrid蛋白和遗传相互作用数据，主要来自http://www.thebiogrid.org/于酵母、线虫、果蝇和人PDZbas

4、e包含PDZ结构域的蛋白质相互作用数http://icb.med.cornell.edu/services/pdz据库/startReactome生物学通路的辅助知识库http://reactome.org/数据库比较之数据量SureshMathivananAnevaluationofhumanprotein-proteininteractiondatainthepublicdomain.BMCBioinformatics2006,7数据库比较之连接度分布基因数疾病相关基因数数据标准PSI-MIProteomicsStandardsInitiativ

5、e(PSI)HUPOMolecularInteractions(MI)MassSpectrometry(MS)SampleProcessing(SP)Gelelectrophoresis(Gel)ProteomicsInformatics(PI)ProteinModifications(Mod)定义蛋白质组的数据表示方式简便数据的比较、交换和检验XML格式参考文档：http://psidev.sourceforge.net/mi/xml/doc/user/PSI-MI的结构参考文档http://psidev.sourceforge.net/mi/xm

6、l/doc/MIF.htmlHPRD(HumanProteinReferenceDatabase)来自于文献而且有实验证据相关信息post-translationalmodifications,subcellularlocalizationproteindomainarchitecture,http://www.hprd.org/tissueexpressionAssociationwithhumandiseases除了蛋白质之间的相互作用蛋白质与核酸的相互作用蛋白质与小分子的相互作用数据格式PSI-MIProteomicsStandardsInit

7、iativeMolecularInteractions数据检索（HPRD）相互作用结果DIP人工从文献中获取的两两相互作用和复杂相互作用JDIP用于显示11,000protein-proteininteractionshttp://dip.doe-mbi.ucla.edu/IntAct有相互作用的详细说明信息，实验方法，文献来源提供了初级和高级的数据检索界面数据格式为PSI-MI(version1.0和version2.5)http://www.ebi.ac.uk/intact/site/index.jsfMINT收集的是实验验证的蛋白相互作用，重点

8、是来自哺乳动物的包括两两间的相互作用和复杂的相互作用相互作用可靠性分值相互作用数目实验类型引文的数目数据格式