海鞘microrna基因识别及其靶标预测

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3、增殖、发育进程、器官形成、信号转导以及疾病等方面都有重要的调控作用。虽然近年来对动物的miRNA报道层出不穷，但对玻璃海鞘miRNA的研究还是有限的。研究表明，miRNA的数量大约在其总基因数量的O．5％一1．5％，但是在miRBage上发表的玻璃海鞘miRNA只有34个，所以对miRNA的挖掘工作是十分重要的。由于传统的实验方法受到miRNA基因表达特异性的限制，最近几年许多miRNA的发现更多是利用生物信息学的预测方法，大大提高了人们发现miRNA及其靶基因的效率。本文首先采用同源片段搜索的方法，以线虫、

4、果蝇、文昌鱼和人类的miRNA为探针，与海鞘的基因组序列进行比对，同时结合miRNA二级结构特征及SVM假阳性分析来挖掘新的miRNA基因。其次通过对靶基因的预测以及基因功能的比较，研究miRNA的调控功能，最后对miRNA家族进行了进化分析。研究结果如下：1．基于同源片段搜索的方法，除去已公布的miRNA，在玻璃海鞘中共预测出10个新的miRNA基因。2．对新的miRNA基因进行比较分析，证明他们大部分位于基因间区，同源miRNA在进化中高度保守。3．透过miRNA二级结构图的直观证明，miRNA成熟体在发

5、夹结构中的位置存在多样性变化。4．将新miRNA基因与EST进行了对比，进一步证实实验的可靠性。5．利用miRanda方法预测出新miRNA的靶基因，结果显示miRNA所作用的靶基因数目各不相同，差异很大。6．将预测如来的miRNA靶基因按照GO功能分为三大类，进一步研究这些miRNA靶基因在生物学过程、细胞组成、分子功能等方面受到miR_NA的调控作用。7．对新miRNA家族和已知miRNA家族在进化方面进行了比较分析。关键词：miRNh；玻璃海鞘；生物信息学预测；靶基因海鞘MicroRNA基因的识别及其靶

6、标预测IdentificationofnovelmicroRNAgenesandpredictionoftheirtargetgenesfromseasquirtAbstractMicroRNAs(miRNAs)areclassesofsmallnon—codingRNAs，about20～22nt,whichnormallybindto3'UTRoftargetgenetoregulateexpression．Asanewkindofregulatoryfactors，inbothanimalsandpla

7、nts，miRNAplaymanyimportantrolesrangeovertissuedifferentiation,cellproliferation,embryonicdevelopment，signaltransductionanddiseases．Inrecentyears，althoughmanyresearchesofmiRNAinanimalwerereported,worksofCionaintestinaliswerevery．1imited．Researchshowsthatappr

8、oximate0．5—1．5％ofgenomeismadeupofmiRNA,butonly34miRNAofCionaintestinaliswerereportedonmiRBasewhichmeansfindingnewmiRNAisveryimportant．AstraditionalexperimentalmethodWaslimitedbythespecificexpressionofm