水样本中ⅰ型pks基因的初步筛选鉴定与功能分析

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1、万方数据微生物学通报Microbiologytongbao@im．ac．cnSEP20，2008，35(9)：1359-1366@2008byInstituteofMicrobiology，CAS东海洋山港沿岸土壤、海水样本中I型PKS基因的初步筛选鉴定与功能分析董晓毅王梁华孙铭娟宗英焦豫良焦炳华4(中国人民解放军第二军医大学基础医学部生物化学与分子生物学教研室上海200433)摘要：为考察土壤和海水中I型聚酮合酶(polyketidesynthase，PKS)基因的多样性和差异，本研究自行设计了一套针对PKS基因中酮缩合酶(ketosynthase，KS)B段的简并引物，使用PCR方法

2、直接克隆东海洋山港沿岸土壤和海水DNA样本中的KS片段，去除重复序列后，共获得了23条不同的KS片段(长度为630bp．690bp)，提交GenBank皆获登录号，其中19条来自土壤(DQ640993，DQ640997、DQ641926、DQ641927、DQ673137一DQ673151)，4条来自海水(DQ673151，EF554859一EF554861)，由核苷酸序列推断出的氨基酸序列保守，与GenBank中已知KS基因片段的相似度在45％到85％之间，种系发生分析表明，其中14条KS片段(来源于海水的KS片段皆在其中)应来源于典型的KS群，而剩余9条则来源于杂合的PKSmRPS(

3、Non—ribosomalpeptidesynthetase，非核糖体多肽合成酶)群。另外，几条KS基因特征明显，可用于进一步的研究。关键词：未获得培养微生物，聚酮合酶，酮缩合酶，土壤，海水Screening，IdentifyingandFunctionAnalysisofPolyketideSynthaseIDomainsfromSoilandSeawaterofYangshanHarborDONGXiao—YiWANGLiang-HuaSUNMing—JuanZONGYingJIAOYu．LiangJIAOBing—Hua4(DepartmentofBiochemistryandMo

4、lecularBiology，FacultyofBasicMedicalScience，SecondMilitaryMedicalUniversity，Shanghai200433)Abstract：TodkecflyaccesstypeIpolyketidesynthases(PKS)genediversityfromsoilandseawater,asetofdegenerateoligonucleotideprimersweredesignedtOamplifytheketosynthasefragments(KSs)belongtothePKSIgenesfromthesoila

5、ndtheseawaterDNAsamplesobtainedfromtheYangshanHarbor(Shanghai，China)．Alltheunique23fragments(rangedfrom630bpto690bpaftercuttingofftheprimerandvectorsequences)obtainedwe托belongingtotheconservedKSdomainsinPKSIgenes．Amongthem19fragmentswereamplifiedfromsoil(DQ640993，DQ640997，DQ641926，DQ641927，and基金项

6、目：国家“863计划”(No．2006AA092434)；国家自然科学基金(No．30670043)资助}通讯作者：Tel：021—25070303；陋jiaobh@uninet．com．cn收稿日期：2008．01．18；接受日期：2008．03．06万方数据1360微生物学通报2008，V01．35，No．9DQ673137一DQ673151)and4fromtheseawater(DQ673151andEF554859～EF554861)．mpredicatedaminoacidsequencesshowed45％to85％identifiestotheknownKSsgenesi

7、ntheGenBank．Phylogeneticanalysisshowedthat14ofthembelongedtothenormalKSdomaiasthatcatalyzedthecondensationoftheacylgroupsandtheother9KSfragmentsbelongedtothehybridPKS，NRPSgroups．SeveralKSfragmentswereendowedwithsomedis