基于大菱鲆皮肤组织转录组的抗逆基因克隆、表达及功能研究.pdf

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1、学校代码：10264研究生学号：M150150265上海海洋大学硕士学位论文基于大菱鲆皮肤组织转录组的抗题目：逆基因克隆、表达及功能研究Cloning,expressionandfunctionofstress-resistantgenes英文题目：basedonthetranscriptomeofturbot（Scophthalmusmaximus）skintissue专业：渔业研究方向：鱼类遗传育种与抗逆生理姓名：唐启政指导教师：王新安副研究员马爱军研究员二O一八年四月四日上海海洋大学学位论文原创性声明本人郑重声明：我恪守

2、学术道德，崇尚严谨学风。所呈交的学位论文，是本人在导师的指导下，独立进行研究工作所取得的成果。除文中已经明确注明和引用的内容外，本论文不包含任何其他个人或集体已经发表或撰写过的作品及成果的内容。论文为本人亲自撰写，我对所写的内容负责，并完全意识到本声明的法律结果由本人承担。学位论文作者签名：日期：年月日上海海洋大学学位论文版权使用授权书学位论文作者完全了解学校有关保留、使用学位论文的规定，同意学校保留并向国家有关部门或机构送交论文的复印件和电子版，允许论文被查阅或借阅。本人授权上海海洋大学可以将本学位论文的全部或部分内容编入有

3、关数据库进行检索，可以采用影印、缩印或扫描等复制手段保存和汇编本学位论文。保密□，在年解密后适用本版权书。本学位论文属于不保密□学位论文作者签名：指导教师签名：日期：年月日日期：年月日基于大菱鲆皮肤组织转录组的抗逆基因克隆、表达及功能研究Cloning,expressionandfunctionofstress-resistantgenesbasedonthetranscriptomeofturbot（Scophthalmusmaximus）skintissue学位论文完成日期：指导教师签字：答辩委员会成员签字:上海海洋大学硕

4、士学位论文基于大菱鲆皮肤组织转录组的抗逆基因克隆、表达及功能研究摘要大菱鲆（Scophthalmusmaximus）是原产于大西洋东北部、欧洲沿海的一种冷水性鱼类。1992年由雷霁霖院士引进我国，目前已成为我国北方沿海重要的工厂化养殖鱼类。然而北方沿海夏季气温、水温都比较高，大菱鲆发病率、产卵量和死亡率较高，损害养殖效益，不利于大菱鲆工厂化养殖的进一步发展。本课题组从2007年开始对大菱鲆的耐温性状进行遗传改良，选育生长性能优良的耐高温新品系，目前已取得了可喜的进展，选育后代耐温性明显提高。为加快育种进程，挖掘与高温应答相关的

5、功能基因，解析大菱鲆应答高温胁迫的分子机制，本研究通过分析高温胁迫条件下的皮肤组织转录组测序数据，筛选出数个与高温胁迫相关的抗逆基因，利用基因克隆、组织表达分析和原核表达等方法进行解析。以期在全基因组范围内了解大菱鲆应答高温胁迫的分子机制，为全面认识大菱鲆抗逆的分子机理奠定基础，并为大菱鲆耐高温遗传育种新标记的开发提供新的理论基础和研究方向。1.分析大菱鲆高温皮肤转录组数据库，对原始数据进行过滤，剔除了低质量数据后将cleanreads进行混合拼接，得到217609条Unigene作为参考序列用于后续分析；采用Nr，Nt，Sw

6、iss-Prot，KEGG，GO，KOG和Pfam七大数据库对拼接的转录本进行功能注释，并对Unigene进行KEGG，GO和KOG功能分类；利用DESeq软件对实验组和对照组的差异基因筛选，得到3497个差异基因，其中包括2043个上调基因和1454个下调基因。通过标注的基因功能，进一步筛选出10个与高温胁迫相关的上调表达基因，设计简并引物，PCR扩增ORF序列，测序验证，得到6个序列正确的基因，分别为PDIA3、PDIA6、FTH1、HSP90β、SERPINH1、HSP70。2.利用RACE技术克隆上述6个基因，结果得到

7、大菱鲆PDIA3、PDIA6完整基因序列。其中PDIA3cDNA序列全长为2083bp，开放阅读框为1479bp，5′非编码区(UTR)和3′非编码区分别为85bp和519bp；该基因ORF区可编码一个由492个氨基酸残基组成的蛋白质，相对分子质量为54.92kD，理论等电点为5.40，包含一个由17个氨基酸组成的信号肽；目前该基因序列已经提交至NCBI，I上海海洋大学硕士学位论文Genbank登录号为MG765516。PDIA6基因cDNA序列全长为2018bp，其中开放阅读框为1326bp，5′非编码区(UTR)和3′非编

8、码区分别为95bp和597bp；该基因ORF区可编码一个由441个氨基酸残基组成的蛋白质，相对分子质量为47.72kD，理论等电点为5.01，包含一个由19个氨基酸组成的信号肽；目前该基因序列已经提交至NCBI，Genbank登录号为MG787152。3.通过qPCR分析6个