正常人尿蛋白质组翻译后修饰的鉴定

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1、北京协和医学院硕士学位论文硕士学位论文学校代码：10023学号：$2010005064正常人尿蛋白质组翻译后修饰的鉴定所院：姓名：指导教师：导师小组：学科专业：研究方向：完成日期：中国医学科学院基础医学研究所刘浏高友鹤教授高友鹤教授，杨先达教授，孙伟副教授，徐成丽副教授病理学与病理生理学蛋白质组学方向2013年5月一I删嬲目录摘要辱⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯1第一章绪论⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯51．1蛋白质组学的概况⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．．51．2蛋白质翻译后

2、修饰的研究现状⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯一61．2．1蛋白质翻译后修饰的研究所面临的问题⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯61．2．2磷酸蛋白质组学的研究方法⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯61．2．3糖蛋白质组学的研究方法⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯一111．3本论文的研究内容⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯14第二章正常人尿蛋白质的非富集体内翻译后修饰的鉴定⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯162．1前言⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．162．1．1尿蛋白质组的研究现状⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯

3、⋯⋯．162．1．2尿蛋白质组翻译后修饰的研究现状⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．172．1．3蛋白质翻译后修饰鉴定软件的发展状况⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．192．1．4尿液蛋白质组的研究意义⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯202．1．5尿蛋白质组翻译后修饰的研究意义⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯202．2技术路线⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．．212．3实验方法⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．．2l2．3．1尿液的收集和蛋白样本的准备⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．2l2．3．2蛋白酶切和多肽除盐⋯⋯⋯⋯⋯

4、⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．222．3．3LC／MS／MS方法⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．222．3．4数据处理⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．222．4结果⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．．242．4．1MODa和PEAKS6鉴定的蛋白质翻译后修饰⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯242．4．2由MODa和PEAKS6共同鉴定到的体内翻译后修饰⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．252．5讨论⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．．322．6结论⋯

5、⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．33北京协和医学院硕士学位论文第三章文献综述开放式搜索蛋白质翻译后修饰的生物信息学方法⋯⋯⋯⋯⋯。36附录⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．49在读期间己发表的文章⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．．50致谢⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．51学位论文原创性声明和授权使用说明⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．．52北京协和医学院硕士学位论文摘要肾脏的主要功能之一就是对血液的超滤

6、作用形成原尿，经肾小管重吸收后形成终尿排出体外。正常尿中含有少量的蛋白质成分，如白蛋白、转铁蛋白等，在肾脏疾病中不仅存在尿蛋白量的改变也可能存在尿蛋白成分的改变，因此，完全可以将疾病状态下尿中出现的异常的蛋白成分或者数量出现极大变化的蛋白作为疾病的生物标志物，用于诊断肾脏疾病或者检测疾病的进程。尿蛋白质组学通过高通量、系统性地分析来鉴定尿液中所有的蛋白质分子并研究其生物学功能，这对尿生物标志物的鉴定及其在肾脏疾病的诊断、病情的检测和药物靶点的开发等方面具有重要的实际意义。尿蛋白质组学目前研究的绝大部分工作是在关注蛋白质表达水平的变化。然而，许多至关重要的生命进程不仅由蛋白质的相对丰度

7、控制，更重要的是被那些时空特异分布的翻译后修饰控制的，揭示翻译后修饰的发生规律是理解蛋白质复杂多样的生物功能的一个重要前提。由于翻译后修饰蛋白质在样本中含量低且动态范围广，其相关研究极具挑战性，亲和富集、多维分离等技术与生物质谱的结合为翻译后修饰蛋白质组学的发展提供了契机。目前，有600多种蛋白质翻译后修饰的结构和大小己经被确定，但利用富集技术进行蛋白质组学规模化研究的蛋白质翻译后修饰较少，其中磷酸化和糖基化的研究较多。由于富集技术的限制，大多数翻译后修饰