应用ncbi查找连续的mrna(含内含子)、cdna、蛋白序列

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1、1．进入NCBI主页：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/在search后面选择Gene，在for后面填写需要查找的基因的名字。如图所示：点击“Go”，出现以下界面：出现了很多基因序列，在每个序列的右边还有“OrdercDNAclone”的链接，这些序列中有些序列是跟你的目的基因同名的，有些是别名（OtherAliases）与你的目的基因一致，根据每个序列的介绍认真选择你的目的基因。上图中我需要的大鼠CTGF是标号为3的序列。点击序列3的ctgf出现页面如下图所示（部分页面）： 2.1查找cDNA序列2.1.1点击Ord

2、ercDNAclone,出现目的页面如图所示：2.1.2点击CloneSequence后面的链接即可得到cDNA序列。点击后如图所示（只抓取其中一部分）：2.2查找mRNA、蛋白序列回到步骤1点击“Go”之后出现的页面，点击目的基因的名字，出现以下页面(只抓取相关部分，即页面的下半部分，即可以获取mRNA和蛋白序列的部分)：找到“NCBIReferenceSequences(RefSeq)”，它分为几个板块，第一个“mRNAandProtein”区可以让我们找到连续的编码mRNA序列和蛋白序列。在mRNAandProtein下面有两个序列代

3、码（中间划有一个箭头），这代表了mRNA序列和蛋白序列。分别点击就可以得到相应的序列页面。点击后如图所示，mRNA序列：其中包括了翻译的蛋白序列蛋白序列如下：NCBIReferenceSequences(RefSeq)的第二个板块是Referenceassembly，它下面显示的是Genomic，点击Genomic下面Referenceassembly对应的Genbank或FASTA即可出现编码的DNA序列（注意：只是编码序列，其中包括内含子，但一般没有5‘非编码区）。这样我们就可以找到基因的cDNA序列、连续的编码mRNA序列、蛋白序列以

4、及含有内含子的编码DNA序列了。相信这些操作对很多人还是有用的。2.3查看蛋白质的三级结构如2.2查找mRNA、蛋白序列中的图1所示（见下图），点击NP_071602.1出现另一界面（见下图）：点击ConservedDomeins即可显示蛋白质的三级结构（见下图）：