一步一步教你使用ncbi查找dna、mrna、cdna、protein、promoter、引物设计、blast序列比对等

一步一步教你使用ncbi查找dna、mrna、cdna、protein、promoter、引物设计、blast序列比对等

ID:23213508

大小:1.14 MB

页数:19页

时间:2018-11-05

一步一步教你使用ncbi查找dna、mrna、cdna、protein、promoter、引物设计、blast序列比对等_第1页
一步一步教你使用ncbi查找dna、mrna、cdna、protein、promoter、引物设计、blast序列比对等_第2页
一步一步教你使用ncbi查找dna、mrna、cdna、protein、promoter、引物设计、blast序列比对等_第3页
一步一步教你使用ncbi查找dna、mrna、cdna、protein、promoter、引物设计、blast序列比对等_第4页
一步一步教你使用ncbi查找dna、mrna、cdna、protein、promoter、引物设计、blast序列比对等_第5页
资源描述:

《一步一步教你使用ncbi查找dna、mrna、cdna、protein、promoter、引物设计、blast序列比对等》由会员上传分享,免费在线阅读,更多相关内容在应用文档-天天文库

1、一步一步教你使用NCBI查找DNA、mRNA、cDNA、Protein、promoter、引物设计、BLAST序列比对等最近看到很多战友在论坛上询问如何查询基因序列、如何进行引物设计、如何使用BLAST进行序列比对……,这些问题在NCBI上都可以方便的找到答案。现在我就结合我自己使用NCBI的一些经历(经验)跟大家交流一下BCBI的使用。希望大家都能发表自己的使用心得,让我们共同进步!我分以下几个部分说一下NCBI的使用:Partone如何查找基因序列、mRNA、PromoterParttwo如何查找连续的mRNA、cDNA、蛋白序列Partthree运用STS查找已经公布的引物序列Pa

2、rtfour如何运用BLAST进行序列比对、检验引物特异性特别感谢本版版主,将这个帖子置顶!从发帖到现在,很多战友对该帖给与了积极的关注,在此向给我投票的(以及想给我投票却暂时不能投票的)各位战友表示真诚的感谢,谢谢各位战友!请大家对以下我发表的内容提出自己的意见。关于NCBI其他方面的使用也请水平较高的战友给予补充Firstofall,还是让我们从查找基因序列开始。第一部分利用Mapviewer查找基因序列、mRNA序列、启动子(Promoter)下面以人的IL6(白细胞介素6)为例讲述一下具体的操作步骤1.打开Mapviewer页面,网址为:http://www.ncbi.nlm.n

3、ih.gov/mapview/index.html在search的下拉菜单里选择物种,for后面填写你的目的基因。操作完毕如图所示:2.点击“GO”出现如下页面:3.在步骤二图示的右下角有一个QuickFilter,下面是让你选择的几个复选框,在Gene前面的小方框里打勾,然后点击Filter.出现下图:说明一下:1、染色体的红色区域即为你的目的基因所处位置。2、下面参考序列给出了三个,是不同的部门做出来的,经我验证,序列有微小的差异,但总体来说基本相同。尽管你分别点击后,序列代码、序列代码等有所差异,但碱基基本一致,不影响大家研究分析序列。现在普遍采用的是最上面的那个序列,这一条是世界

4、范围的生物科学家用计算机合成的一个序列。我也推荐大家使用这个序列。4.点击上述三条序列第一条序列(即reference)对应的"Genesseq",出现新的页面,页面下方为:5.点击上图出现的“Download/ViewSequence/Evidence”,即下载查看序列等功能,结果如图所示:先对上面这张图做点简要的说明,在SequenceFormat(序列输出格式)后面是一个下拉式选择菜单,默认的为FASTA格式,还有一个是GenBank格式。我推荐大家选择GenBnak格式,因为这个格式提供了很多该基因的信息,而FASTA格式只有基因序列。6.在SequenceFormat后选择Ge

5、nBank,然后点击下面的Display,目的基因的相关信息和序列就出现在眼前了。点击后如图所示(网页较大,只抓取一小部分以作示范):在上述打开的网页中,你可以看到基因长度,基因序列,以及这个基因是如何被报道出来的等各种信息。你会看到:mRNAjoin(3598..3678,3841..4031,5090..5203,5911..6057,7803..8394)这代表了从基因的3598位开始就是转录区了,即我们常说的mRNA片断,由于内含子的存在,所以mRNA在DNA序列上分成了几段。CDSjoin(3660..3678,3841..4031,5090..5203,5911..6057,

6、7803..7970)CDS代表编码序列,即蛋白编码区是从3660开始的(ATG),由于剪接作用所以CDS区也是不连续的。说到这里,可能很多朋友都已经明白了promoter即启动子区域在哪里了。但我还是再唠叨几句:转录起始位点前面是基因的调控区,启动子区没有明显的位置定义,大家也只是猜测它的大体位置,如果你要研究promoter区的话,建议你选择转录起始位点前的2000个碱基进行研究,一般默认的是这样。当然你如果觉得长度太长不好研究的话,也可以只研究-1000到0这一千个碱基,因为一般情况下,启动子区的变异都在这个区域内。这样大家就可以找到自己的目的基因序列和启动子了,这种方法可能使用的

7、人不是很多,但我个人比较喜欢,因为它最大的优点是可以找到启动子区域和其他调控区域。希望大家可以发帖交流,让我们把NCBI用的更好!6第二部分如何查找连续的mRNA、cDNA、蛋白序列(依然以人类的IL6为例)1.进入NCBI主页:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/在search后面选择Gene,在for后面填写需要查找的基因的名字。如图所示:出现了很多基因序列,在每个序列的右边还有“OrdercDNAclone

当前文档最多预览五页,下载文档查看全文

此文档下载收益归作者所有

当前文档最多预览五页,下载文档查看全文
温馨提示:
1. 部分包含数学公式或PPT动画的文件,查看预览时可能会显示错乱或异常,文件下载后无此问题,请放心下载。
2. 本文档由用户上传,版权归属用户,天天文库负责整理代发布。如果您对本文档版权有争议请及时联系客服。
3. 下载前请仔细阅读文档内容,确认文档内容符合您的需求后进行下载,若出现内容与标题不符可向本站投诉处理。
4. 下载文档时可能由于网络波动等原因无法下载或下载错误,付费完成后未能成功下载的用户请联系客服处理。