离子条件下rna折叠稳定性的理论研究

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1、⑧万方数据论文作者签名指导教师签名论文评阅人1：评阅人2：评阅人3：评阅人4：评阅人5：答辩委员会主席：委员1：委员2：委员3：委员4：委员5：委员6：万方数据JIIIIIHIglIWEUillfY2663883Author'ssignatureSupervisor’ssignature：ExternaIReviewers：ExaminingCommitteeChairperson：ExaminingCommittee坠坐坐∑鱼Dateoforaldefence：』垡!)[12。至Q!垒万方数据浙江大

2、学研究生学位论文独创性声明本人声明所呈交的学位论文是本人在导师指导下进行的研究工作及取得的研究成果。除了文中特别加以标注和致谢的地方外，论文中不包含其他人已经发表或撰写过的研究成果，也不包含为获得．．逝姿盘堂或其他教育机构的学位或证书而使用过的材料。与我一同工作的同志对本研究所做的任何贡献均已在论文中作了明确的说明并表示谢意。)学位论文作者签名：彳扛签字日期：-2。l配年7月fz日学位论文版权使用授权书本学位论文作者完全了解逝姿盘堂有权保留并向国家有关部门或机构送交本论文的复印件和磁盘，允许论文被查阅

3、和借阅。本人授权监盟可以将学位论文的全部或部分内容编入有关数据库进行检索和传播，可以采用影印、缩印或扫描等复制手段保存、汇编学位论文。(保密的学位论文在解密后适用本授权书)学位论文作者签名：导师签名：椭缪坛签字日期：山c华年7月，2日签字日期：勾l≯年7月l乙日万方数据知识产权保护声明本人郑重声明：我所提交答辩的学位论文，是本人在导师指导下完成的成果，该成果属于浙江大学理学院物理系，受国家知识产权法保护在学期间与毕业后以任何形式公开发表论文或申请专利，均需由导师作为通讯联系人，未经导师的书面许可，本人

4、不得以任何方式，以任何其它单位作全部和局部署名公布学位论文成果本人完全意识到本声明的法律责任由本人承担学位论文作者签名日期：加f够年7月／2日万方数据致谢近5年的博士学>-j生涯即将结束，本篇博士学位论文是我攻读博士期间，在美国学习阶段的一个总结，而此致谢是对我整个博士阶段指导我、帮助我、支持我和理解我的所有人的感谢。首先感谢我的导师，叶高翔教授。他的深厚的学术造诣，严谨的治学风格、精益求精的工作态度都令我折服。叶老师一直教育我们要勇于创新，敢于接受新的挑战。在叶老师的支持和鼓励下，我到了美国，进入了

5、一个全新的研究领域。在美国学>--j期间，叶老师在繁忙的工作之余，依旧关注着我的学>-j进度，并一如既往地鼓励我要勇于创新，敢于突破。正是基于叶老师的鼓励和支持，我才有可能完成这篇博士学位论文的研究和写作。同时，我要特别要感谢在美国学>--j阶段的导师，陈世杰教授。是他引领我进入了一个全新的研究领域。陈老师帮助我制定了翔实有效的研究计划，让我能够较快地认识了这一新的领域；陈老师用其深厚的造诣和渊博的学识耐心地指导着我，让我逐步了解这一领域；用深邃的洞察力，发现研究热点，指引我开展研究工作。陈老师几十年

6、如一日，对学术的专注和努力不懈，让我在敬佩之余更是深受感染，正是在陈老师的言传身教下，我才有可能在美国学习期间，潜心研究这一领域内的问题，在较短时间内完成这部分研究工作。还要特别感谢李宝兴教授。在他的悉心指导和帮助下，我发表了博士期间的第一篇文章。虽然这篇论文和我的博士论文的内容并不是一个领域，但他的治学方式和研究领域，极大地开拓了我的视野。感谢陈世杰教授实验室的许晓军博士、何兆剑博士后和赵培楠博士后，在我美国学>--j期间，他们给了我极大的帮助和有益的讨论。感谢浙江大学真空镀膜实验室的张初航博士、吕

7、能博士、潘启发、程毅及实验室其他同学的帮助。最后，要特别感谢我的妻子和儿子。感谢他们对我的理解与支持，没有他们的支持，我也不可能完成博士的学习，不可能完成这篇博士论文。本工作的所有计算都在密苏里大学完成，感谢密苏里大学的支持。感谢所有其他帮助我，支持我和理解我的人!万方数据摘要核糖核酸(RNA)的结构特征与折叠稳定性决定了其生物细胞功能。研究表明：RNA的折叠稳定性对其所处溶液环境中的离子条件十分敏感。为了深入了解离子促进RNA折叠的机理，并准确预测离子与RNA折叠稳定性之间的定量关系，许多理论致力于

8、研究离子与RNA之间的相互作用对RNA折叠稳定性的影响。紧束缚离子(TBI)模型以三维RNA全原子结构为研究对象，在计算离子与RNA相互作用时，考虑了束缚离子之间的两两相互作用及束缚离子的涨落，因而在预测多价离子调控的RNA折叠稳定性上，较其他基于平均场的理论模型(如PoiSson—Boltzmanntheory，PB)更为准确。四碱基环与受体的对接结构(tetraloop-receptor)是常见的RNA三级结构基本单元，了解其形成的机理有助于深入理解