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《核酸-蛋白质互作的生物化学研究方法》由会员上传分享，免费在线阅读，更多相关内容在教育资源-天天文库。
1、HEREDITAS(Beijing)2009年3月,31(3):325―336ISSN0253-9772www.chinagene.cn技术与方法DOI:10.3724/SP.J.1005.2009.00325核酸－蛋白质互作的生物化学研究方法张金璧,潘增祥,林飞,马雪山,刘红林南京农业大学动物科技学院,南京210095摘要:研究核酸－蛋白质的互作是揭示生命活动机理的基础,文章简要综述了用于研究核酸－蛋白质互作的各种生物化学方法。从体内、体外两个研究角度,针对核酸、蛋白以及复合物3个研究水平,概述了
2、硝化纤维膜过滤实验、足迹法、EMSA、Southwestern杂交等经典分析方法的原理、发展和运用。还着重介绍了最近在表观遗传学领域中广泛运用的nChIP、xChIP等基本染色质免疫沉淀(ChIP)技术及其衍生出的ChIP-on-chip等方法。关键词:核酸;蛋白质;互作;足迹;染色质免疫沉淀BiochemicalmethodsfortheanalysisofDNA-proteininteractionsZHANGJin-Bi,PANZeng-Xiang,LINFei,MAXue-Shan,LIUH
3、ong-LinCollegeofanimalscienceandtechnology,NanjingAgriculturalUniversity,Nanjing210095,ChinaAbstract:InvestigationofDNA-proteininteractionsisfundamentaltounderstandthemechanismunderlyingavarietyoflifeprocesses.Inthisarticle,varioustypesofbiochemicalmet
4、hodsinDNA-proteininteractionstudyinvivoandinvitroatthelevelofDNA,protein,andthecomplex,respectivelywerebrieflyreviewed.TraditionalassaysincludingNitrocellulosefilter-bindingassay,Footprinting,EMSA,andSouthwesternblottingweresummarized.Inaddition,chroma
5、tinimmunopre-cipitationtechniquesincludingnChIP,xChIP,andChIP-on-chip,whichwerewidelyusedinepigenetics,wereparticularlyintroduced.Keywords:nucleicacid;protein;interaction;footprinting;chromatinimmunoprecipitation(ChIP)核酸－蛋白的互作在生命活动中发挥着广泛而生物化学法主要利用酶或其他化
6、学制剂,通过重要的作用,二者的协作是各种生命现象的基础。切割、修饰等作用来分析或分辨存在相互作用的核将细胞或细胞器中的蛋白质、核酸等生物大分子的酸和蛋白复合物,研究其间潜在或实际的结合能力相互作用联系起来,是综合研究一个完整的生物学和结合方式。其中DNaseⅠ、ExoⅢ足迹法以及更加[1]途径的核心内容。近半个世纪以来,研究者们在核精练的足迹技术,如羟基自由基足迹分析、保护/干酸－蛋白质复合物的构成和分解过程中进行了大量扰实验等,在鉴别潜在的DNA靶点的基础上可进一探索,发展了一系列研究其互作关系的
7、方法技术,步用于研究DNA-蛋白复合物中的DNA构成;消化其中,生物化学相关方法一直是重点与主流。纤维膜过滤法、凝胶阻滞分析以及Southwestern印收稿日期:2008−07−18;修回日期:2008−12−08基金项目:国家重大科学研究计划项目(编号:20007CB947403)和南京农业大学青年基金项目(编号:KJ07011)资助作者简介:张金璧(1985−),女,硕士研究生,研究方向:动物遗传与发育生物学(表观遗传学方向)。Tel:025-4395278;E-mail:2007105010
8、@njau.edu.cn通讯作者:刘红林(1966−),教授,博士生导师,研究方向:胚胎发育与分子遗传学。Tel:025-4395278;Fax:025-4395314;E-mail:liuhonglin@njau.edu.cn万方数据326HEREDITAS(Beijing)2009第31卷迹等能用作结合位点确定后相关蛋白的分离分析;的片段长度,其基本原理与DNA化学测序法相似,随着表观遗传学的兴起,建立在DNA-蛋白交联基首先将待测双链DNA片段进行标记,然后加入
