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《下一代测序技术在表观遗传学研究中的重要应用及进展_沈圣》由会员上传分享，免费在线阅读，更多相关内容在教育资源-天天文库。
1、Hereditas(Beijing)2014年3月,36(3):256―275www.chinagene.cn综述下一代测序技术在表观遗传学研究中的重要应用及进展沈圣,屈彦纯,张军美国德州理工大学医学中心神经科学研究中心,德克萨斯州埃尔帕索79905摘要:下一代测序技术(Nextgenerationsequencing,NGS)的出现,极大地促进了表观遗传学的研究。将NGS技术引入表观遗传学,便形成了以NGS为基础的各种表观遗传学测序及研究方法,如：全基因组亚硫酸氢盐测序法(Wholegenomebisulfitesequencing,WGBS)、简化代表性亚
2、硫酸氢盐测序法(Reducedrepresentationbisulfitesequencing,RRBS)、甲基化DNA免疫共沉淀测序(MethylatedDNAimmunoprecipitationsequencing,MeDIP-seq)、染色质免疫共沉淀测序(Chromatinimmunoprecipitation-sequencing,ChIP-seq)、Tet辅助重亚硫酸盐测序法(Tet-assistedbisulfitesequencing,TAB-seq)、各种染色体构象捕获测序(Chromosomeconformationcapturese-
3、quencing,3C-seq)技术、DnaseⅠ-seq/MNase-seq/FAIRE-seq以及RNA测序(RNAsequencing,RNA-seq)。这些方法的应用和普及改变了人们对多种表观遗传现象的传统认识,使研究人员能够更加全面地深入了解各种表观遗传标志在机体内的广泛分布,以及如何在外界因素的影响下发生相应的动态变化。文章概述了当今主要商业NGS平台的原理和特点,系统介绍了以NGS方法为基础衍生出来的各种表观遗传学测序及研究方法,并在此基础上对近年来应用NGS技术在表观遗传学研究领域中取得的最新研究成果进行了综述。关键词:下一代测序技术;表观遗传
4、学;DNA甲基化;组蛋白修饰;染色质构象捕获TheapplicationofnextgenerationsequencingonepigeneticstudyShengShen,YanchunQu,JunZhangCOEforNeuroscience,TexasTechUniversityHealthSciencesCenter,ElPaso,Texas79905,USAAbstract:Theapplicationofnextgenerationsequencing(NGS)techniquehasagreatimpactonepigeneticstudie
5、s.CoupledwithNGS,anumberofsequencing-basedmethodologieshavebeendevelopedandappliedinepigeneticstudies,suchasWholeGenomeBisulfiteSequencing(WGBS),ReducedRepresentationBisulfiteSequencing(RRBS),MethylatedDNAImmunoprecipitationSequencing(MeDIP-seq),ChromatinImmunoprecipitation-Sequenci
6、ng(ChIP-seq),TAB-seq(Tet-assistedBisulfiteSequencing),ChromosomeConformationCaptureSequencing(3C-seq)andvariousof3C-seqderiv-atives,DNaseⅠ-seq/MNase-seq/FAIRE-seqandRNASequencing(RNA-seq).ThesenewtechniqueswereusedtoidentifyDNAmethylationpatternsandabroadrangeofprotein/nucleicacidin
7、teractions,andtoanalyzechromatinconforma-tion.Withthesenewtechnologies,researchershavegainedabroaderviewandbettertoolstoinvestigatethedistributionsanddynamicchangesofepigeneticmarkersaffectedbybothinternalandexternalfactors.TheprinciplesandcharacteristicsofmajorapplicationsofNGStech
8、nologiesonepigeneti
